Der kleine um 1785 Windkeim genannte Gutsort hieß nach 1785 Klein Windkeim[1] und wurde 1874 in den neu errichteten AmtsbezirkPohren (russisch Rasdolnoje) im ostpreußischenKreis Heiligenbeil eingegliedert.[2] 1910 zählte Klein Windkeim 59 Einwohner.[3]
Am 30. September 1928 gab der Gutsbezirk Klein Windkeim seine Eigenständigkeit auf und schlosse sich mit den Nachbarorten (Groß) Windkeim[4] und (Adlig) Pohren (russisch Rasdolnoje) zur neuen Landgemeinde Windkeim zusammen.[2]
In Kriegsfolge fiel Klein Windkeim 1945 mit dem gesamten nördlichen Ostpreußen an die Sowjetunion, als sich aber schon bald die Spur des Ortes verlor: weder ist eine russische Namensgebung noch die Zugehörigkeit zu einem Dorfsowjet nach 1945 bekannt. So wie (Groß) Windkeim ist wohl auch Klein Windkeim nicht wieder besiedelt worden, der Ort verwaiste und gilt heute als untergegangen. Seine Ortsstelle liegt heute im Rajon Bagrationowsk (Stadtkreis Preußisch Eylau) in der russischenOblast Kaliningrad (Gebiet Königsberg (Preußen)).
Die Ortsstelle Klein Windkeims liegt südöstlich der Regionalstraße 27A-020 (ex A 194, frühere deutsche Reichsstraße 1) unweit der ebenfalls nicht mehr vorhandenen Ortsstelle von (Groß) Windkeim.