נולד בתטואן לאביו רבי יצחק שהיה מחכמי העיר ומפרנסי הקהילה. משפחת נהון הייתה משפחה של חכמים שכיהנו בתפקידים רשמיים בעיר במשך כמה דורות. למד אצל חכמי העיר. רכש השכלה כללית, בהיסטוריה, ומדעים כלליים, וידע עברית, צרפתית וספרדית.[2] כמו כן התעניין במצבם של יהודי רוסיה ואירופה, ובהתפתחות לשון העברית כשפה מדוברת בקרב יהודי העולם.[2] בשנת ה'תרמ"ו שיכל את בנו ומאז הפסיק להתעטף בטלית גדול.[3]
פועלו החינוכי
החל משנות השישים של המאה התשע העשרה, היה מעורב בפעילות החינוכית של ילדי העיר, ושיתף פעולה עם האליאנס. פעל לשם האחדת לימודי הקודש והחול, בבית הספר, ובכך רצה לשרש את התפישה כי ההשכלה נוגדת את היהדות.[4]
רבנותו
בהמשך, התמנה לרבה של העיר ולאב בית הדין בה. חברי בית דינו היו רבי שמואל ישראל, ורבי שם טוב בן וואליד.[5] בית הדין היווה כתובת להתייעצות עם שאר בתי הדין שבאזור מרוקו הספרדית.[6] ובכלל, בית דינו התכתב בענייני הלכה עם שאר חכמי מרוקו מהערים השונות.[7] כמו כן בתפקידו היה דרשן וספדן, והספיד אישים שנפטרו בעיר, כדוגמת רבי וידאל ישראל.[8]
בשאלת הגיור לשם אישות, צידד רבי שמואל להחמיר, בשונה מתלמידו רבי מרדכי בן ג'ו שצידד להקל.[9]
תיאור מיוחד של הרב שמואל נהון התפרסם על ידי העיתונאי אליעזר דב שפירא:
עוד ביום בואי הלכתי לראות את פני הרב ר' שמואל נהון. דרך פתח נמוך באתי אל חצר קטנה ובחצר חדר צר מלא ספרים מפה לפה. על יד שולחן קטן יושב איש כבן שבעים שנה. הדרת השיבה חופפת עליו, עינים מאירות לו וזקן יורד על פי מדותיו, ידיו רועדות מעט, פניו לבנים ודקים, וממעל למצחו הרחב מבלי קמטים, כמעט באמצע הראש, שערות כסף וכובע קטן. מתחת להקפטן הפתוח נראו מכנסים רחבים לבנים, וממעל להמטפחת השחורה בעלת נקודות לבנות אשר אזרה אותו ועד הצואר, מעיל רחב לבן מרוקם חוטי משי לבנים ומעוטר צעצועים משני עבריו. ובאמצע עובר לארכן זר כפתורים עגולים עשוים חוטים עבים לבנים כחמשים במספר. בחריצותו הגדולה, ברוחב דעתו ובשכלו הזך רכש לו הרב ר' שמואל נהון את לב כל אנשי העיר, ושמעו הטוב יצא בכל ארץ מרוקו. בכל מקום מוקטר לשמו, וגם רבים מן המושלמים יכבדוהו ויעריצוהו מאד ויבאו לקבל את ברכתו.ואמנם נפלא הרב הנכבד הזה, יחיד ומצוין במינו, והרושם אשר עשה עלי היה חזק מאד. ידיעותיו רבות ורחבות בתלמוד ומדרשים, בחקירה וקבלה, בחכמת הטבע ודברי הימים, וכל אלה למד מעצמו בעזרת ספריו הרבים ומבלי עזוב אף פעם את עירו הקטנה. את השפה הספרדית ואת השפה הצרפתית למד בלכתו לשבת יחד את הילדים על ספסל בית-הספר, אשר אלמלא השפעתו הרוחנית על אנשי עירו לא היה יכול להתקיים. מצב היהודים בכל המקומות ובכל הזמנים ידוע לו היטב, וככה נגע בשיחתו בענינים רבים מחיי היהודים בארץ רוסיה רומניה ואמריקה. ביחוד התאמץ לשמוע מפי דברים נכונים ונאמנים על דבר מצב המושבות והאכרים בארץ הקדושה, ואם הדבור העברי כבר נתפשט שם במדה מרובה בין בני הדור החדש. הרב ר' שמואל נהון הוא עתה האחד בכל ארץ מרוקו ואולי גם האחון באחרונים בין נושאי דגל חכמת המערב, אשר אצלם היה נכר עוד שביב אור קטן משמש ההשכלה המערבית בימי הדורות התיכוניים.
נפטר בד' אלול ה'תר"ס, בתטואן. הנהלת כי"ח וחכמי טבריה שלחו אגרת ניחומין למשפחה.[11] כמו כן הספידוהו יהודי פאס.[12]
בן נינו של הרב שמואל נהון, הרב יעקב גרשון, שימש מספר שנים כרבה של האגודה הישראלית של ונצואלה בקראקס ולאחר מכן כרבה של הקהילה הספרדית בסאו פאולו, ברזיל וכמנהל בית הספר יבנה בעיר זו.
בשנת ה'תשמ"ח, הקים בן נין נוסף, הרב משה גרשון, כולל בירושלים בשם 'קרן בן שמן', כשם ספרו של אביו רבי יצחק גרשון, מאחרוני חכמי תטואן ונין הרב שמואל נהון.[13] שמו של רבי שמואל רמוז בשם הספר וכולל האברכים (קרן בן שמ"ן= שמואל נהון).
בן נוסף של רבי יצחק, אברהם גרשון, הקים על שמו את קהילת 'בית שמואל' בקראקס, ונצואלה.
חיבוריו
פסקי דין - נדפסו בספרים שונים של חכמי מרוקו, ועוד מצויים בכתבי יד.
^תאריך הפטירה ידוע לנו, ראה להלן. תאריך הלידה המדויק לא ידוע, אך ב'עיתון הדור' קרקוב, 1901, מובא תיאור של אליעזר דב שפירא שפגש בו, ומציין שהרב היה כבר בן שבעים. ולא היה זה בשנה האחרונה לפטירתו, אלא קודם לכן. ולכן נולד לפני ה'תק"ץ, 1830.
