נולד בטיטואן לרבי ישעיה בן נאים. סמוך ללידתו, עלו הוריו לארץ ישראל והשתכנו בחיפה.[1] מחוסר מורים בעיר, וכן מחוסר אמצעים, נשלח לעבוד אצל חנווני במקום, ובמקביל אביו לימדו תורה זמן מה. לאחר מכן, בעת שביקר רבי דוד בן שמעון בחיפה, עמד על כישוריו של הנער, וביקש לשולחו ללמוד בטבריה, ואף מימן זאת מכספו. בשנת תרי"ח, עם הגיעו לגיל בר מצווה, החל ללמוד אצל רבי חיים שמואל הכהן קונורטי, שהיה רבו המובהק.[2] בשנת תר"כ חלה במחלה קשה, ובעקבות זאת נוסף לו השם 'רפאל'. מספר ימים לאחר התייתם מאימו.
בשנת תרכ"א, בהיותו כבן 16, נשא את רחל בת הרב שמואל ישראל. לאחר נישואיהם התגוררו בטבריה. מתלמידיו בטבריה נמנה הרב יעקב חי זריהן.[3]
בשנת ה'תרל"ד נשלח על ידי רבני טבריה כשד"ר לטורקיה, יוון ומצרים. לאחר ששאשתו נפטרה בשנת תרמ"ג, יצא שוב לשליחות לארצות המגרב: אלג'יריה, תוניסיה, ומרוקו. בשנת תרמ"ו הגיע לטיטואן עיר מולדתו. שם התחתן שנית עם בת דודו רבי משה בן נאים. בשנת ה'תר"ן הוצע לו לכהן כרבה של טבריה, אך סירב להצעה, ונענה במקומה להצעת הרבנות בגיברלטר. במקביל שימש כמורה הצדק של קהילת ליסבון בענייני אבן העזר וחושן משפט.[4]
בכ"א שבט ה'תרמ"ד שיכל את בנו שמואל בגיל 17. בן זה חיבר מספר חיבורים, רובם אבדו. כמו כן, שיכל בחייו את בנו ישעיה.
בסוף ימיו סבל ממחלה בעיניים. נפטר בי"ג אב ה'תר"פ, ונקבר בגיברלטר. לאחר פטירתו כיהן רבי שלמה אלמליח כרבה של גיברלטר.[5]
דרכו ההלכתית
בין פסקיו, מפורסמת התנגדותו לטחינת קמח למצות בריחיים המונעים על ידי קיטור. הרב רפאל חיים משה כתב על כך קונטרס 'קול טחנה - קול תחנה'. לאחר כשנתיים הוציא קונטרס נוסף בשם 'בשפל קול תחנה', כתגובה שנייה לתשובות המתירים שבראשם עמדו הרב חיים בלייח והרב אליהו בן גיגי. תשובות המתירים נאגדו על ידי הרב בן גיגי בקונטרס 'קול צעקת הרועים' (ירושלים תרע"ה). היקל לגייר לשם אישות.[6]
בשנת תרס"ח נשאל מאת הרב דוד צבאח על היחס למנהגים תמוהים, והשיב:
"ואני טרם אחל"ה לדבר אגידה ואספרה כי אני עני נודד הייתי בכל ערי מצרים וסוריא וטורקייא אנדול ואורמילי ובורגלייא וגרסייא וסרבייא ורומאנייא ומערב הפנימי ולישבואה, וברוב המקומות אשר התהלכתי מצאתי מנהגים שונים וזרים בערך מנהג אה"ק ת"ו. ומעולם לא מלאני לבי להרהר אחריהם מדעתי עלי פחות שבערכין, ונגד זה ידעתי כי כל המנהגים ממקום קדוש יהלכו רבני וגאוני הזמנים החולפים אשר משאתם יגורו אלים אשר קטנם עבה ממתני. רק לפרקים הייתי חוקר מהמורה אם נמצא שם. ואם אין, אמרתי אני כי בודאי נתייסד עפ"י ותיקין. ומה גם דקיי"ל מנהג עוקר הלכה וכו' ואפי' בכפרים קטנים חדשים, קבלו מסביבותיהם".
— שו"ת שושנים לדוד (צבאח) או"ח סימן מב
משפחתו
בתו אסתר נישאה לרבי משה כלפון, מרבני טבריה.
בנו רבי דוד, כיהן כרב קהילת 'עץ חיים' בגיברלטר וכן כקונסול כבוד מטעם מדינת ישראל בגיברלטר.
נכדו הרב יעקב בן נאים הקים לזכרו את ישיבת נחלת משה בירושלים.
