נולד בפאס שבמרוקו לאביו רבי יוסף. את תורתו קיבל מרבני העיר פאס ומרבי יהודה בן עטר.[2] תחילה שימש כסופר בית הדין, אך עד מהרה נמנה לדיין לא רשמי בפאס עם רבי יעקב אבן צור, רבי שלם אדרעי, רבי סעדיה אפלאלו, ועוד. דייני פאס מתעדים החל משנת ה'תצ"ב, כי רבי יעקב החל להתנהג בצורה שאינה מכבדת את רבי יהודה בן עטר לשיטתם. עוד ייחסו לו חבריו הדיינים נטייה קיצונית לרצון להנהגה ושררה.[3] עד שסילקוהו מן הרבנות ומן העיר בכלל.[4] באותה העת נחשב לבר פלוגתא של רבי יעקב אבן צור.[5]
עקב כך, בשנת ה'תצ"ד (1734) נאלץ רבי יעקב לנדוד לעיר תטואן. בשנת ה'תק"ג לערך החל לכהן כדיין שלישי בבית הדין בראשות הרב מנחם עטיאה לצד רבי שלמה אבודרהם. מאוחר יותר, התמנה לאב בית הדין ונמנה עם הדיינים: רבי אפרים מונסונייגו, רבי יהודה אבודרהם, רבי יהודה קורייאט, רבי יהודה הלוי. הרבה להתכתב עם בתי הדין בערים שונות ברחבי מרוקו כמקובל אז באותם הימים. לימים בשנת ה'תצ"ח כשנדד רבי יעקב אבן צור לתטואן בעקבות הרעב השורר בפאס, קיבל מעמד מכובד מצד רבי יעקב אבן מלכא, עד שהיה חותם ראשון בפסקי הדין. יחסי כבוד וידידות נהגו בין השניים.[6]
כמו כן ידוע שרבי יעקב עסק בתורת הקבלה, וזכה לתואר "המקובל האלהי".[7] כמו כן עסק בכתיבת פיוטים.[8]
נפטר בשנת בשנת ה'תקל"א. רבי דוד בן חסין כתב קינה לכבודו בה הוא מציין את מידת היושר והאמת של רבי יעקב מבלי שהיה מתחנף לאיש.[9] כמו כן עד היום קיים בית הכנסת שבנה בעיר, קרוי על שמו.[10]
לאחר פטירתו החליף אותו סגנו רבי אפרים מונסונייגו בתפקיד אב בית הדין.
חיבוריו
שו"ת נר מערבי לרבי יעקב אבן מלכא
כתב פסקי דין רבים, שחלקם עוד נותרו בכתבי יד, וחלקם הודפסו בקובץ תשובות שו"ת נר מערבי חלק א' (ירושלים ה'תרצ"ה) שנאסף ונערך על ידי רבי יעקב כלפון, והודפס על ידי נכדיו. המאופיין בפסקי הדין של דייני העיר תטואן. פסקי דין נוספים מובאים בשו"ת של חכמי מרוקו מתקופתו. כמו כן, כתב הגהות על השולחן ערוך, בהם הוא מביא ציטוטים מפסקים של רבני מרוקו הקדומים לו, כדוגמת רבי יעקב הלוי.[11]
