סמוך לפטירת אביו, בשנת תרצ"ב החל לכהן כדיין רשמי בבית הדין שבמקנס בראשות הרב יהושע בירדוגו. לאחר מספר שנים, הצטרפו להרכב בית הדין הרב יוסף משאש והרב ברוך אברהם טולידאנו. במסגרת תפקידו הרבני, נהג להשתתף בכינוסים שקיימה מועצת רבני מרוקו מעת לעת. באספה החמישית של המועצה, קרא לייסד חינוך עצמאי תחת השגחת הרבנים, שישולבו בו לימודי חול עד לקבלת תעודה מתאימה.[1]
בישראל
בשנת תשכ"ג (1963) עלה הרב טולידאנו לישראל. הוא התיישב בבני ברק, תחילה בשכונת זיכרון מאיר ובסוף ימיו בשכונת רמת אהרון. דרש דרשות התעוררות וחיזוק בקרב עולים ממרוקו בישראל והשפיע עליהם לשלוח את בניהם לישיבות.
היה מזוהה עם אגודת ישראל. השתתף בכנסייה הגדולה החמישית בשנת תשכ"ד (1964) ונשא בה נאום שבו ביכה את מצב הנוער הספרדי העולה לארץ ונוטש את מורשת אבותיו. הוא הטיל את האחריות על הציבור החרדי וזעק: ”איך אעלה אל אבי והנער איננו אתי”.
אחר פטירתו קראה עיריית בני ברק את הרחוב שבו התגורר בסוף ימיו על שמו. רחוב על שמו קיים גם בשכונת רמת שלמה בירושלים. צאצאיו הקימו ישיבות ובתי מדרש על שמו: ישיבת חזון ברוך בצרפת, ישיבת אור ברוך בירושלים וקהילת עטרת ברוך בבני ברק.
חיבוריו
הרב טולידאנו חיבר את הספר "קיצור שולחן ערוך השלם". הספר מבוסס בעיקר על פסקי שולחן ערוך ועל ביאור כף החיים וכן על קיצור שולחן ערוך, ובתוספת מנהג מרוקו. בספר מופיעים גם פיוטים שכתב, והידוע בהם הוא אשורר שירה לכבוד התורה, אשר נפוץ בקרב עדות המזרח. כתביו ותשובותיו על אורח חיים ויורה דעה יצאו לאור על ידי מכון אהבת שלום, תחת הכותר "שו"ת רבי ברוך". תשובות נוספות בענייני אבן העזר וחושן משפט מצויים בכתב יד.
מצבת רבי רפאל ברוך טולידאנו
משפחתו
רבים מצאצאיו משמשים כרבנים וראשי ישיבות. בנו הרב יוסף היה רב קהילת "עטרת ברוך" בבני ברק. בנו הרב יעקב טולידאנו היה ראש ישיבת "חזון ברוך" וממייסד מוסדות "מרכז התורה" בצרפת. שתי הישיבות קרויות על שמו. נכדו הרב ניסים טולידאנו והרב עימנואל טולידאנו היו הראשי ישיבת "שארית יוסף" בבאר יעקב וחבר מועצת גדולי התורה של דגל התורה.נכדו הרב בצלאל טולידאנו הוא ראש ישיבת זוהר התורה. נכדו הרב גבריאל טולידנו היה ראש ישיבת "אור ברוך" בירושלים. נכדו הרב מיכאל טולידנו נשיא ראש ישיבת "אור ברוך" בירושלים וישיבת "ברית יעקב". ניניו הרב יואל טולידנו והרב שמואל טולידנו ראשי ישיבת "ברית יעקב" בירושלים. נכדו הרב שלום טולידאנו הוא ר"מ בישיבת מאור התורה. נכדו הרב יהודה טולידאנו מילא מקום אביו כראש ישיבת חזון ברוך. נכדו הרב יצחק סבאג חתן דבנו הרב יעקב, הוא מרא דאתרא דקהילת מרכז התורה וקהלת יעקב וגם הוא מראשי ישיבת חזון ברוך בצרפת. נכדו הרב שמואל טולידאנו הוא ראש ישיבת רינת יעקב.[2]
