רבי שמואל נולד בעיר מקנס שבמרוקו, היה ידוע בחוכמתו ובהתמדתו בלימודו ועסק במסחר. בשנת ה'תרל"א, 1871 נפטר אחיו רבי אברהם עמאר אשר היה רבה הראשי של העיר מקנס, חכמי העיר פנו לרבי שמואל עמאר בבקשה לקבל עליו את רבנות העיר, בתחילה סירב, אך לאחר בקשות חוזרות והסכם כי לא יקבל מהקהילה שכר על משרתו הסכים לקבל עליו את המשרה, בה כיהן עד פטירתו בי"ח באלול ה'תרמ"ט (1889). לאחר פטירתו בנו רבי שלום התמנה לדיין תחתיו.
משפחתו
רבי שמואל נישא בראשונה לאסתר בת אליעזר טובי אך היא נפטרה בשנת ה'תרי"ג, 1853, זמן קצר לאחר נישואיהם. אחר כך נשא את רבקה בת רבי מרדכי טולדאנו ונולדו לו בנו שלום ובתו מזל טוב, בשנת ה'תרל"א (1871) נפטרה גם רבקה, ורבי שמואל נשא את לונה טולדאנו ונולדה להם בתו זוהרה. לאחר זמן נשא רבי שמואל גם את פריחה בת רבי לוי טולדאנו ונולד להם בנו רבי רחמים שלמה.
מנהיגותו
רבי שמואל שימש במשרת ראש אב בית הדין בעירו, ובבית דינו ישבו: רבי שלום משאש (סבו של רבי שלום משאש), רבי יעקב בירדוגו, רבי רפאל דוד בירדוגו, ורבי רפאל אבן צור. רבי שמואל היה ידוע בגאונות הרבה ובכוחו הגדול בפסק ובהלכה. בשבתו בדין עסק רבי שמואל גם בבעיות האישיות אשר העסיקו את אנשי עירו והיה ידוע בליבו החם ורגישותו למצוקותיהם, הוא השתמש בכספו האישי לרווחת אנשי עירו ובעיקר לטובת העניים והנזקקים. התכתב גם עם בית הדין בעיר "רבאט", עם הרב יוסף בירדוגו, והרב אברהם צבע[1].
במקנס ישנו בית כנסת קטן על שם רבי שמואל, הנקרא בפי תושבי העיר היהודיים "אסליווא אזג'ירא".
זיקתו לארץ ישראל
חלומו של רבי שמואל היה לעלות לארץ ישראל ולהתיישב בה, אך הוא לא זכה להגשים את חלומו. בימי חייו פעל רבות למען החזקת היישוב היהודי בארץ ישראל ולטובת השד"רים אשר הגיע לעירו ושהו בה, הן בכסף והן במתן עצות אשר יועילו להם בשליחותם.
יצירתו
רבי שמואל כתב ספרים רבים והיה משורר אשר פיוטיו נתפרסמו והיו לשירי עם בקרב בני עירו, אחד מפיוטו הידועים הוא פיוט הודיה בשם "ארוממך אלי ואודה את שמך", על גזרה אשר נגזרה על בני עירו והתבטלה ביום פורים. וכן שירו המופיע כהקדמה לספר "משפטים ישרים" לרבי רפאל בירדוגו ובו הוא חתום בשם "רבי רפאל ן' צור" אך שמו רמוז בסוף ההקדמה "אני שמואל עמאר".[דרושה הבהרה]