מאז קום המדינה התרכזה קרן היסוד במימון העלייה וקליטת העולים ובמימון פעולות הסוכנות היהודית.
עד כינון האספה הלאומית היה עיקר הפעילות הארגונית בידי ההנהלה הציונית שקיימה מגעים עם השלטון המנדטורי בארץ ישראל ובבריטניה ועם מוסדות חבר הלאומים. המוקד העיקרי היה בלונדון, שם ניהלו ויצמן וחברי ההנהלה את עיקר פעילותה. מוקד שני, חלש יותר, היה בירושלים, שבה ישבו נציגי ההנהלה הציונית, כמו הקולונל פרדריק קיש. הסניף בירושלים ניהל מגע עם ממשלת המנדט, כשהוא כפוף להוראות המרכז בלונדון.
דוגמאות נוספות למוסדות לאומיים: אספת הנבחרים, הוועד הלאומי (שימש מעין ממשלה ל"מדינה שבדרך"), הרבנות הראשית (טיפלה בענייני הדת; בתי כנסת, שחיטה, קבורה), הסוכנות היהודית.
פעילות המוסדות הלאומיים הייתה מותנית אמנם בקבלת היתרים מהשלטון הבריטי. עם זאת, חיזקו המוסדות הלאומיים את התחושה של מעין מדינה ריבונית ויצרו בסיס משותף ליישוב למרות פיצולו האידאולוגי.
