הוועד הפועל הוקם בעקבות החלטה על כך בקונגרס הציוני ה-11[דרוש מקור]. הוא מורכב מחברים שנבחרים בקונגרס הציוני ומנציגי הארגונים הציוניים ומונה 30-25 חברים. מטרתו העיקרית הייתה לשמש כגוף האחראי לביצוע החלטות הקונגרס הציוני ולהיות מופקד על ניהול התנועה הציונית. יש לו סמכויות של ענייני התקציב והכספים, בחירת ממלא מקום חבר נשיאות או חבר נשיאות מכל סיבה שהיא בתקופה שבין קונגרס לקונגרס.
הוועד הפועל הציוני התחלק בעבר לשני גופים: הוועד הפועל הגדול אשר היה מופקד על בניית החלטות, והוועד הפועל המצומצם אשר הופקד על הוצאתן לפועל.
הוועד הפועל הציוני מונה כ-187 חברים, הנבחרים על ידי הקונגרס הציוני העולמי על פי יחסי גודל הסיעה.
נשיאות הוועד
במושב הראשון של הוועד הפועל הציוני נקבעת הנשיאות. יושב ראש הוועד משמש גם כיו"ר הנשיאות. הנשיאות היא המוסד הגדול ביותר של הוועד והוא מונה כ-30 חברים, ללא היושב ראש. תפקידי הנשיאות הם:
לקבוע, תוך התייעצות עם ההנהלה, את מועד מושביו של הוועד הפועל, מקומם, אורך זמנם, ובמשותף עם ההנהלה גם את סדר-יומם
לנהל את מושבי הוועד הפועל הציוני
לייצג את הוועד הפועל כלפי פנים וחוץ
לבצע את הפעולות המוטלות עליה על ידי חוקי ההסתדרות הציונית העולמית
לדון ולהחליט בעניינים אשר נמסרו לה על ידי הקונגרס הציוני או הוועד הפועל
נקודות ציון בתולדות הוועד
חתימת ההסכם בין ממשלת ישראל להסתדרות הציונית. משמאל: יו"ר הוועד הפועל הציוני ברל לוקר, מזכיר הממשלה זאב שרף (עומד), ראש הממשלה משה שרת
בתחילת הדרך, ישיבות הוועד הפועל הציוני לא היו קבועות ולא תועדו כמות משתתפים בהן, החלטות ופרוטוקולים בסיסיים. ההוכחה הבולטת לכך הייתה בקיומן במקביל של שתי ישיבות הוועד הן בפריז והן בלונדון. הישיבה הרשמית הראשונה הייתה בלונדון ב-26 בפברואר1919. ההחלטה המרכזית באותה ישיבה הייתה, כי יש צורך גדול לגייס חברים נוספים על מנת לשמור על נציגות יהודית בארץ ישראל של המפלגות "פועלי ציון" ו"המזרחי". כמו כן, הוחלט על ארגון מחדש של הארגון.
הישיבה החשובה הבאה התקיימה ב-1 ביולי 1919. והיא נקראת גם "ישיבת הוועד הפועל הגדול". נכח בה חיים ויצמן, מראשי הקונגרס הציוני. בישיבה זו הובא לדיון הסכם הפסקת האש בין מדינות ההסכמה לטורקיה. בהסכם זה הוזכר הקשר בין ארץ ישראל לעם היהודי ודובר על "זכותו ההיסטורית של העם היהודי על ארץ ישראל".
ישיבה חשובה נוספת התקיימה בלונדון שנה לאחר מכן, ביולי 1920. מטרת ישיבה זו היה לאחות ולתקן את כל הפגמים שהתגלו בהסתדרות הציונית, אך בפועל, במקום ליישר את ההדורים, היא רק חידדה את הניגודים בתנועה. סלע המחלוקת היה בין "הציונית האמריקאית" בראשות לואי ברנדייס ובין "הציונות האירופית" בראשות חיים ויצמן. הבדלי מנטליות, לשון ותרבות היו הרקע למחלוקות. בישיבה לא התקבלו החלטות בנושא זה, אך הקו של הוועד הפועל הציוני היה ברור. ויצמן נבחר לנשיאות ההסתדרות הציונית ונחום סוקולוב לנשיא ההנהלה הציונית.
מאורעות תרפ"א גרמו לוועד לקבל החלטות חשובות. בישיבה נוספת בפראג ביולי 1921, התקבלו החלטות על הקמת כוח מגן יהודי בארץ ישראל והגדרת חשיבות היחסים עם ערביי ישראל. מושב זה סימל את השינוי שחל בוועד הפועל הציוני, מתנועה אידאולוגית-פוליטית היא נהפכה להיות תנועה חברתית-תרבותית-מדינית.
בסופו של דבר, התפקיד המרכזי אותו נטל הוועד היה השגחה והכוונה של היישוב המתפתח בארץ ישראל.
