ההיסטוריה של ארץ ישראל היא מהקדומות והעשירות בעולם. היא מיושבת ברציפות עוד מהתקופה הפרה-היסטורית ושימשה כנתיב נדידה עיקרי של בני-אדם קדמוניים מאפריקה לשאר יבשות העולם. היציאות הראשונות של האדם מאפריקה, תחילת השליטה באש, מנהג קבורת המתים והקמת יישובי הקבע – כל אלה תיעודם בארץ ישראל הוא מהקדומים בעולם.
בנוסף, אזור זה הוא מהראשונים בעולם בו הופיעה חקלאות ובו הוקמו ערים. גודלן של הערים הראשונות שהוקמו לא עלה על כמה עשרות דונמים, אך עם הזמן, ערים אלה התפתחו והיו לערי מדינה משגשגות בעלות קשרי מסחר עם הסהר הפורה, מצרים ואזורים אחרים. בתקופת הברזל התגבשו בארץ ישראל ממלכות, כממלכות ישראל ויהודה.
הגורם הגאוגרפי המכריע בתולדות ארץ ישראל, הוא מיקומה בקצה הדרום מערבי של האזור המיושב והפורה במזרח התיכון. אזור זה הדומה לקשת הנמתחת מן המפרץ הפרסי במזרח עד לחצי האי סיני במערב מכונה הסהר הפורה. בצדה המערבי, קשת זו מגיעה עד הים התיכון. בצפונה ובמזרחה היא מוקפת הרים גבוהים וקשים למעבר – הרי האמנוס, הרי הטאורוס, הרי אררט והרי הזגרוס.
בחלל הקשת שוכן המדבר הסורי-הערבי שהמשכו הוא חצי האי סיני אשר מפריד בין ארץ ישראל למצרים. הסהר הפורה מחולק בימינו בין שטחיהן של עיראק, סוריה, לבנון, ירדן וישראל. החלק העשיר במים שוכן בין הנהרות הפרת והחידקל וכונה בעולם העתיק בשם מסופוטמיה. באזור זה הונחו יסודות הציוויליזציה באלף הרביעי לפנה"ס. ארץ ישראל נמצאת בחלק היבש יחסית של הסהר הפורה, ומקורות המים שלה תלויים במידה רבה במי גשמים.
רקע כלכלי לתקופה ההיסטורית
הכלכלה בתקופה ההיסטורית לאחר המהפכה החקלאית התבססה על גידול עצמאי של מזון הנחוץ למחייתו של האדם. בשל היקף המסחר המצומצם, התפריט היה חד-גוני ופשוט והתבסס על הקיים באזור המחיה.
בארץ ישראל הושתתה הכלכלה על עצי פרי, צאן ובקר, דיג, חיטה ושעורה. בנוסף, על שפת הים היו מפעלי זכוכית ומצבעות ארגמן. ים המלח נוצל לאיסוף מלח ואספלט.
מיקומה המרכזי של ארץ ישראל בין היבשות אסיה, אירופה ואפריקה – הוביל להפיכתה לנתיב מסחר ולעורק תחבורה מרכזי במזרח הקדום. ארץ ישראל שוכנת ברצועה צרה בין המדבר לים ורק בה היה מעבר נוח בין מצרים למסופוטמיה. מכאן שהייתה משמעות רבה לשליטה בדרכי המעבר בארץ ישראל, דבר שהוביל להפיכתה לזירת קרבות בין מעצמות העולם העתיק.
מקומן של הדרכים בארץ נקבע כתוצאה מתנאי השטח ההרריים. הדרך הבינלאומית הראשית הייתה דרך הים (ישעיהו ח' 23) העולה ממצרים לאורך החוף ונמשכת דרך עמק יזרעאל לחצור ולדמשק. דרך המעבר העיקרית מן השרון לעמק עוברת בנחל ערונה ומכאן עמדת המפתח של מגידו החולשת על מעבר זה. דרך זו הייתה קרויה גם בשם "דרך פלשתים". נתיב בינלאומי שני הוא דרך המלך (במדבר כ"א 22) העוברת לאורך רמת ההר של עבר הירדן ובקרבת המדבר. זוהי מסילת משנה מדמשק למצרים, וחשיבותה נובעת מן הדרכים שירדו ממנה לערב.
ראשית האבולוציה של האדם ביבשת אפריקה, ובשל מיקומה הגאוגרפי הייתה ארץ-ישראל פרוזדור טבעי להגירת בני-אדם קדמונים מאפריקה לשאר יבשות העולם. בתקופה הפלאוליתית התחתונה, האתר הארכאולוגי הקדום ביותר המוכר בארץ-ישראל נמצא ליד תל עובדיה, ולפי הערכות שונות גילו נע בין 1.55 ובין 1.2 מיליוני שנה לפני זמננו – אחד האתרים הקדומים בעולם מחוץ לאפריקה. תושביו היו ציידים-לקטים שהשתייכו ככל הנראה למין הומו ארקטוס והותירו אחריהם אלפי כלי-אבן מן התרבות האשלית. באתר בן כ-780 אלפי שנים גשר בנות יעקב הותיר הומו ארקטוס שרידי בעלי-חיים טבוחים ועדויות משכנעות, בין הקדומות שנתגלו, לשליטה באש. בתקופה הפלאוליתית התיכונה, כ-250 אלף עד 45 אלף שנים לפני זמננו, כבר חיו בארץ-ישראל בני-אדם מן המין האנושי המודרני האדם הנבון, לצד הניאנדרטלים שהיו נפוצים בתקופה זו גם באירופה ומערב אסיה. כלי האבן שנמצאו מתקופה זו הם מן התרבות המוסטרית. אתרי היישוב של התקופה כוללים מערות רבות ובהן כמה מהקבורות המכוונות העתיקות בעולם, לצד כירות אש ועדויות לציד שיטתי של פרסתנים גדולים ולשיטות סיתות אבן מתוחכמות. בתקופה הפלאוליתית העליונה, בין 45,000 ועד 20,000 שנים לפני זמננו, נכחדו הניאנדרטלים, והופיעו חידושים טכנולוגיים כגון שיטות מתקדמות להכנת כלי צור, כלי עצם וחרוזי צדף, המצאת חץ וקשת, ועדויות להכנת צבעים ושימוש בקונכיות לקישוט. התרבויות המוכרות בתקופה הם התרבות האוריניאקית והתרבות האחמרית.
בפרק הזמן של 20,000 עד 11,500 שנים לפי זמננו התפתחו בארץ-ישראל תרבויות אפיפלאוליתיות אשר מייצגות מורכבות חברתית ואוכלוסייה גדלה והולכת, ומבשרות את תחילת המעבר מחברות ניידות של ציידים ולקטים לחברות חקלאיות נייחות. תהליך זה באזור הסהר הפורה, הכולל את ארץ ישראל, הוא הקדום בעולם. בתחילת התקופה האפיפלאוליתית ידועות התרבות הכבארית והתרבות הכבארית הגאומטרית ובסופה התקיימה התרבות הנאטופית. האחרונה זכתה לפרסום עולמי בהיותה תרבות הציידים-לקטים האחרונה באזורנו, לפני תחילת ייצור המזון. באתרים הנאטופיים (15 עד 11.5 אלפי שנים) מופיעים לראשונה כפרי קבע או קבע-למחצה הכוללים בתי אבן, בתי קברות מובחנים, מכתשים כבדים וחפצי אמנות רבים. התקופה האפיפלאוליתית הסתיימה עם המעבר מהתרבות הנאטופית לתקופה הנאוליתית. מעבר זה, הקדום בעולם, מציין את תחילת הכלכלה החקלאית והציויליזציה האנושית המוכרת לנו. במהלך התקופה הנאוליתית (11.5 עד 6.5 אלפי שנים) בויתו בארץ ישראל ובאזורים אחרים בסהר הפורה צמחים (חומוס, חיטה, שעורה, תאנה) ובעלי חיים (צאן, בקר וחזיר). באמצע התקופה הנאוליתית החל שימוש רחב היקף בכלי חרס. האוכלוסייה בארץ הנושבת הייתה מאורגנת בכפרים עם בתים שלחלקם יותר מקומה אחת, רצפות טיח, מבני פולחן וממגורות.
בארץ ישראל נמצאו מאות אתרים מהתקופה הכלקוליתית (4500 עד 3300 לפנה"ס). בתקופה זאת הופיעה חרושת המתכת בארץ ישראל. ההתיישבות הייתה בעלת אופי חקלאי. בכל יישוב התגוררה אוכלוסייה קטנה שמנתה עשרות עד מאות אנשים. החקלאות של היישובים התבססה על חיטהשעורה וקטניות. לאחר התקופה הכלקוליתית, בתחילת תקופת הברונזה הקדומה בסוף האלף הרביעי לפנה"ס, הייתה ארץ ישראל מהאזורים הראשונים בעולם שבהן הוקמו ערים. הערים הראשונות היו קטנות יחסית וגודלן לא עלה על כמה עשרות דונם. עם הזמן התפתחו הערים הקטנות ליישובים גדולים ואף שידעו עליות ומורדות, נוצרו בה בסופו של דבר ערי מדינה משגשגות בעלות קשרי מסחר עם הסהר הפורה, מצרים ואזורים אחרים.
תקופת הברונזה המוקדמת נחלקת לשלוש או ארבע תתי תקופות, כאלף שנים עד 2300 לפנה"ס שבהן ישבו בארץ ישראל מקומיים, נוודים ונוודים למחצה. בהשפעת מסופוטמיה ומצרים, קמו בישראל ערים קטנות בין שני דונם ל-200 דונם ויותר באזורי ההר, השפלה והעמקים. בערים אלו התקיימה חברה מרובדת על פי הממצאים הארכאולוגיים. בניגוד לערי המזרח הקדום, בישראל לא התפתח כתב ונראה כי טרם הגיע אליה. סביב לערים היו כפרים וחוות אשר קיימו קשר עם העיר שסיפקה להם שוק למכירת תוצרתם החקלאית, צרכים חומרים ורוחניים והגנה. תושבי הכפרים והחוות שסביב הערים התפרנסו מחקלאות דגנים, עצי פרי, זיתים וגפן. תושבי הערים היו מומחים מקצועית ובהם חרשי נחושת וקדרים. בסוף האלף השלישי לפנה"ס, ערים אלו ננטשו מסיבה שלא הובהרה עד ימינו.[1]
באותה תקופה, הכנענים היו כפופים לאימפריה המצרית, כפי שעולה ממכתבי אל-עמארנה, אם כי הייתה להם אוטונומיה מסוימת בניהול ענייניהם הפנימיים. בשל מיקומה האסטרטגי כחבל ארץ המחבר בין אסיה, אירופה ואפריקה, האימפריות הגדולות לטשו אליה עיניים וניסו לבסס את אחיזתם בה.
תקופות הברונזה הקדומה והברונזה התיכונה היו תקופות שיא של ההתיישבות בארץ ישראל. לפי מחקריהם של מגן ברושי ורם גופנא, מנתה אוכלוסיית ארץ ישראל המערבית בתקופות אלה כ־140,000 וכ־150,000 נפש, בהתאמה.[2]
במחקר קיימת מחלוקת לגבי אופי התהוותן של התרבויות שהפכו לימים לממלכות ישראל ויהודה. לפי אחת הגישות, התואמת את המתואר במקרא, החל מהמאה ה-13 לפני הספירה החלה תקופת ההתנחלות, בה חדרו בני ישראל לאזור והשתלטו על רוב שטחי ארץ ישראל. לפי גישה אחרת, שמהווה את הסברה המקובלת במחקר בן-זמננו, בני ישראל התהוו מתוך האוכלוסייה הכנענית עצמה, אפשר שבשילוב גורמים נוודים,[3] ובידלו את עצמם מקבוצות אחרות באמצעות האמונה המונולטרית ולאחר מכן המונותאיסטית באלוהי ישראל.[4][5][6] במהלך המאה ה-12 לפנה"ס הגיעו בדרך הים לארץ ישראל גם "גויי הים", שהקבוצה הדומיננטית בהם הייתה הפלשתים. אלו השתלטו על מישור החוף הדרומי ודחקו גם הם את הכנענים.
תומכי הגישה הארכאולוגית המינימליסטית גורסים לעומת זאת כי בתקופה זו היה היישוב באזור יהודה מוגבל בהיקפו, וכי הממצאים הארכאולוגיים אינם תומכים בטענה לקיומה של ממלכה מאוחדת. אחרים מקבלים את אפשרות קיומה של הממלכה המאוחדת, אך גורסים ששטחה היה קטן משמעותית ממה שמתואר בתנ"ך. אחרים סוברים כי היחס ההיסטורי היה הפוך מזה המתואר במקרא, כך שהייתה ממלכה מאוחדת שמרכזה בישראל, כך שיהודה הייתה ממלכה וסאלית (אנ') של השלטון המרכזי בישראל.[7][8][9]
בתקופה זו התקיימו שתי ממלכות: ממלכת יהודה בדרום, וממלכת ישראל בצפון. על-פי הערכות, אוכלוסיית ארץ ישראל באותה העת הייתה סביב 400,000 נפש.[10]
על פי המקרא בראש ממלכת יהודה עמד רחבעם (בנו של שלמה), והיא הורכבה משבטי יהודה ובנימין, וממלכת ישראל כללה את עשרת השבטים הנוספים, בראשותו של ירבעם בן נבט משבט אפרים. למען שמירת עצמאותה הדתית והתרבותית של ממלכת ישראל, אסר ירבעם על בני ממלכתו לעלות לבית המקדש בירושלים והקים שני מרכזי פולחן חלופיים, בדן ובבית אל. בשנה החמישית למלכותו של רחבעם, הותקפו הממלכות בידי שישק הראשון, מלך מצרים. מהפשיטה נפגעה בעיקר ממלכת ישראל, שרוב עריה המבוצרות נכבשו ונחרבו.
לאורך זמן, ממלכת ישראל הפכה לחזקה בין שתי הממלכות העבריות, ונעשתה למעצמה אזורית. תחת שושלת בית עמרי, הממלכה התפרשה על שטחי השומרון, הגליל, השרון, בקעת הירדן, עמק החולה וחלקים גדולים מעבר הירדן.[11] בעיר שומרון, בירת הממלכה, התגלה ארמון מלכותי שנחשב לאחד המבנים הגדולים והמפוארים באזור בתקופת הברזל.[12] ממלכת יהודה הייתה קטנה יותר; היא חלשה על הרי יהודה, השפלה ובקעת באר שבע. על פי התיאור המקראי, ממלכת יהודה הייתה היציבה מבין שתי הממלכות, שכן במשך כל שנות קיומה, היא נשלטה בידי בית דוד, בעוד שבממלכת ישראל התחלפו מספר שושלות, שכל אחת החליפה את קודמתה באמצעות הפיכה. עם זאת, בחקר המקרא יש מי שחולק על אמיתותו ההיסטורית של פרט זה. חוקר המקרא יגאל בן נון פרס בספרו מספר נימוקים ועדויות טקסטואליות שלטענתו מראים כי תיאור השושלת היהודאי נערך בדיעבד על ידי הכותבים הדויטרונומיסטים, כאשר בפועל אינה הייתה רציפה כלל.[8]
אוכלוסיית ארץ ישראל בתקופת הברזל 2ב, המשתרעת ברובה על פני המאה ה-8 לפנה"ס, הייתה גדולה יותר מבכל התקופות שקדמו לה. לפי מחקרם של מגן ברושי וישראל פינקלשטיין, בסביבות שנת 750 לפנה"ס מנתה אוכלוסיית ארץ ישראל המערבית כ־400,000 נפש.[13]
אולם במהלך המחצית השנייה של המאה ה-8 לפנה"ס עלה תגלת פלאסר השלישי, מלך אשור על ארץ ישראל עם צבאו. תחילה החריב את הערים הגדולות – חצור ומגידו לאחר מכן כבש את הגליל, מישור החוף ועבר הירדן, ושלטונה של ממלכת ישראל צומצם לאזור הר אפרים. בשנת 722 לפנה"ס, לאחר מצור ממושך כבשה אשור והחריבה את מעוזה האחרון של ישראל בשומרון. בכך בא קץ ממלכת ישראל ותחתה הוקמה פחוה אשורית. רוב תושבי ממלכת ישראל הוגלו למחוזות רחוקים באימפריה האשורית ובמקומם הובאו לארץ תושבים אחרים מרחבי האימפריה (אשר כונו בהמשך בשם "כותים"), כחלק ממדיניות הענישה האשורית שכללה חילופי אוכלוסיות.
הכיבושים האשוריים גרמו לירידה דמוגרפית. ממלכות דרום ארץ ישראל (יהודה, עמון, מואב, אדום, וערי פלשת) הוסיפו לשמור על עצמאותן גם בשליש האחרון של המאה ה-8, אך הן היו כפופות לאימפריה האשורית.[13]
ממלכת יהודה שרדה מעל 130 שנה לאחר חורבן ממלכת ישראל. יש הטוענים כי חלק משארית הפליטה של ממלכת ישראל היגר דרומה ליהודה, ודבר זה הוביל להרחבה משמעותית של ירושלים בימי חזקיהו. במהלך אותה התקופה, סנחריב מלך אשור פלש ליהודה וניסה לכבוש את ירושלים, ללא הצלחה. תחת שלטון יאשיהו נערכה רפורמה דתית מקיפה. על-פי המסופר במקרא, נמצא בבית המקדש ספר תורה אבוד, המזוהה לרוב עם ספר דברים. על-פי הסברה המקובלת במחקר בן-זמננו, ספר זה נעשה לבסיסה של תנועה דתית בעלת מפעל ספרותי המכונה האסכולה הדויטרונומיסטית, שנחשב לצעד מפתח בהתהוות המונותאיזם ביהודה.
עם היחלשותה של האימפריה האשורית במהלך המאה ה-7 לפנה"ס, בא ככל הנראה השלטון האשורי בארץ ישראל לקיצו, ומקובלת הדעה שמצרים ניצלה את החלל המדיני-שלטוני והשתלטה על הארץ.[14] אולם לאחר קריסתה של האימפריה האשורית, כבשה האימפריה הנאו-בבלית את האזור מידיה של אשור, ובשלהי המאה ה-7 לפנה"ס הפכה יהודה למדינת חסות של האימפריה הנאו-בבלית.
עם זאת, בדרום ארץ ישראל נמשך חוסר השקט, ככל הנראה בעידודה של מצרים, והבבלים קיימו סדרת מסעות מלחמה לאזור. בשנת 604 לפנה"ס כבש נבוכדנצר השני מלך בבל את מישור החוף הדרומי (פלשת).[14]
מאבקי כוח בין הבבלים לבין המצרים על השליטה באזור הובילו לכך שממלכת יהודה מרדה פעמיים כנגד השלטון הבבלי. במהלך המרד הראשון הוגלתה צמרת העם, במה שנודע בשם גלות יהויכין (597 לפנה"ס). בעקבות מרד נוסף בהנהגתו של צדקיהו, בשנת 586 לפנה"ס כבש נבוכדנצר השני את יהודה, החריב את ירושלים ואת בית המקדש הראשון, והגלה רבים מתושבי הממלכה לבבל.
תקופת השלטון הבבלי (604 ו-586 עד 539 לפנה"ס)
התקופה הבבלית מובחנת במחקר הארכאולוגי כתקופת הברזל 2ד.
כיבוש דרום הארץ בידי הבבלים גרם להרס ולחורבן, ויחד עם ההגליות, התוצאה הייתה הידלדלות קיצונית של האוכלוסייה. העדות הארכאולוגית מלמדת, שההתיישבות והכלכלה בתקופה זו היו בשפל חסר תקדים. עקב הכיבושים הבבליים, קרסו ערי פלשת, ועקב ההרס, המוות, וההגליות, אבדה בהדרגה הזהות הפלשתית, שהתקיימה באזור מאז המאה ה-12 לפנה"ס.[15]
נראה שבתקופה זו המשיכה להתקיים החלוקה האשורית לפחוות, אולם אין בידינו עדויות לקיומה של מערכת מנהל בבלית, וסביר להניח שבמרבית אזורי הארץ הסתכמה הפעילות הבבלית בגביית מיסים, והתמקדה באזורי החוף.[15]
יהודה הפכה לפחווה של בבל, ומרכזה השלטוני הוצב במצפה, צפונית לירושלים החרבה. לאחר מות נבוכדנצר השני התערער השלטון הבבלי, והנותרים ביהודה מרדו בו כמה פעמים, בהשפעתה וביוזמתה של מצרים.
מלכי פרס נטו חסד ליהודים, אישרו לבנות את בית המקדש ואף כיסו את הוצאותיו מקופת הממלכה, אך כדי לא לחזק סיכוי למרד הרחיקו את בית דוד מהשלטון בארץ יהודה. היישוב היהודי חולק לפלכים עם ערי בירה וערי משנה. שטח יהודה עמד על כ-1,600 קמ"ר בלבד ומנה כ-40,000 נפש לערך.
עם שאר תושבי הארץ נמנו שבטים ערבים (בני קדר), האדומים שהיגרו מאזור אדום והערבה לאזור הר חברון, הפיניקים שישבו בערי החוף, והשומרונים – מיזוג בין שארית הפליטה של ממלכת ישראל באזור השומרון לבין גולים שהובאו לארץ ישראל על ידי אשור לאחר חורבן הממלכה. רוב תקופת השלטון עברה בשקט יחסי, במיוחד לאור האוטונומיה שפרס הרשתה בתחום הדתי. לקראת סוף התקופה התחזקה השפעת התרבות ההלניסטית.
התקופה ההלניסטית התחילה עם סיום הכיבוש הפרסי בארץ ישראל על ידי אלכסנדר מוקדון והמשיכה עם מאבקי הכוח על השליטה בארץ בין יורשיו השונים. החל מבית תלמי ששלט החל מ-301 לפנה"ס על ארץ ישראל ועד להשתלטות בית סלאוקוס על ארץ ישראל ב-200 לפנה"ס. מרד החשמונאים והתפוררות הממלכה הסלאוקית הביא להקמת מדינה יהודית עצמאית במידת מה בתחומי ארץ ישראל, עד לתחילת השלטון הרומאי על ארץ ישראל.
כיבוש ארץ ישראל על ידי אלכסנדר הביא לא רק לחילופי שלטון אלא גם לחילופי תרבויות באזור. התרבות ההלניסטית החלה משתרשת בארץ ישראל. בשלביה המוקדמים הורגשה השפעת התרבות רק באזורים העירוניים ובעיקר בירושלים. ההתנגשות בין התרבות ההלניסטית לבין המסורת היהודית הובילה למרד המכבים נגד השלטון הסלווקי ובהמשך ליסוד הממלכה החשמונאית. אמנם, דווקא לאחר התבססותה של הממלכה, החל תהליך מואץ של התיוונות וחדירת מנהגים הלניסטיים לחיי היהודים בארץ ישראל.
החשמונאים היוו את המשפחה השלטת ביהודה מעלייתו של מתתיהו הכהן ופרוץ מרד המכבים (167 לפנה"ס) ועד מותו של אחרון מלכי בית חשמונאי, אנטיגונוס השני בשנת 37 לפנה"ס. מספר עשורים לאחר פרוץ המרד, הייתה יהודה לממלכה עצמאית, שבה שלט שליט חשמונאי, כמלך או ככוהן גדול. השליטים החשמונאים ניצלו את היחלשותה של הממלכה הסלווקית על מנת לטפח את עצמאותם ולהרחיב את גבולות הממלכה.
שלטון בית חשמונאי היה תקופה של עצמאות מדינית ועוצמה צבאית, לראשונה מאז מות צדקיהו, אחרון מלכי בית דוד, ואלה לא שבו במשך כאלפיים שנה לאחר נפילת החשמונאים. הייתה זו תקופה של זוהר ופריחה לעם היהודי ולתרבות היהודית. תקופה של רווחה כלכלית, שנבעה מהורדת נטל המסים ששולמו למדינות החוץ ששלטו ביהודה, ומההתרחבות הטריטוריאלית של גבולות הממלכה, כמו גם מההשתלטות על נמלים ועל דרכי המסחר. בתקופה זו, תחת שלטונו של יוחנן הורקנוס, הוחרב המקדש השומרוני המתחרה על הר גריזים וגוירו האדומים.
בשנת 63 לפנה"ס התחולל מאבק בין שני היורשים החשמונאים, בני אלכסנדר ינאי ושלומציון, הורקנוס השני ואריסטובולוס השני. בתחילה ידו של האח הצעיר – אריסטובלוס – הייתה על העליונה, אך אז התערב אנטיפטרוס האדומי ויעץ להורקנוס לבקש עזרה מהנבטים. אלה אכן סייעו לו, אך המאבק טרם הוכרע כשלאזור הגיע כוח חדש מצפון – פומפיוס הרומי. בפניו נקראו להתייצב שלוש משלחות: הורקנוס, שטען שהוא המלך בדין, מהיותו הבכור; אריסטובלוס, שטען שהוא כשיר יותר מאחיו לנהל את הממלכה; ומשלחת נכבדי העם, שטענה כי אף לא אחד מהאחים ראוי להיות מלך, ויש להשיב לקדמותו את שלטון הכהן הגדול, ולא המלך. פומפיוס החליט למנות את הורקנוס השני לכהן גדול ולזכותו בתואר "אתנרך" ("ראש העם"), תחת חסותו של יוליוס קיסר. בנוסף, חולקה הממלכה על פי "תנאי פומפיוס" לחמישה חלקים. אנטיפטרוס מונה לאפוטרופוס (מה שקודם לתואר "נציב") על ממלכת יהודה, ובתור שכזה הוא התיר מחדש לבנות את חומות ירושלים והשיב לממלכה חלקים שנקרעו ממנה על ידי פומפיוס.
לאחר מותו של אנטיפטרוס התמנה הורדוס בנו למלך יהודה, ותקופת שלטונו נחשבה ליציבה ומשגשגת במיוחד. בתקופה זו עבר היישוב בארץ ישראל התפתחות מסיבית בזכות בנייה הרבה, פיתוח הערים, השקט הצבאי והרווחה הכלכלית ששררה בארץ.
אחרי מותו של הורדוס החלה תקופת הנציבות, בה שלטו נציבים רומאים בארץ. רוב הנציבים בתקופת הנציבים הראשונה (6–41 לספירה) העדיפו שלא להתנגש עם היישוב היהודי ולתת לו לנהל את ענייניו. לאחר תקופת שלטונו של המלך אגריפס הראשון (41–44 לספירה), החלה תקופת הנציבים השנייה (44–66 לספירה), בה התערבו הנציבים הרבה יותר בחיי היישוב היהודי. התסיסה נגד גזירות השלטון הרומאי בתקופה זו ביחד עם הקיטוב והפילוג הפנימי בקרב היישוב היהודי הובילו לפרוץ המרד הגדול בשנת 66 לספירה, ועם דיכויו לחורבן בית המקדש השני ארבע שנים אחר כך (בשנת 70).
התקופה הרומית המאוחרת
לאחר אירועים אלו שינתה רומא את מדיניותה והעם היהודי לא נחשב עוד לגורם המרכזי בארץ אלא עוד קבוצה אתנית, וכדי לעגן זאת במציאות סופחו גם צור והבשן לארץ יהודה.[דרוש מקור]
בשנת 106 חוסלה גם המסגרת הלאומית של הנבטים. עם מות המלך הנבטי האחרון, רבאל השני, ממלכת הנבטים סופחה לרומא על ידי הקיסר טראיאנוס באותה שנה או זו שאחריה, והפכה לפרובינקיהערביה, שלא האריכה ימים.
בעקבות חורבן בית המקדש, פסקו רוב הפלגים היהודיים (ובראשם הצדוקים והאיסיים) מלהתקיים ככאלה והעם היהודי כולו בארץ ישראל התאחד תחת הנהגתם של הפרושים, שהפכו לזרם המרכזי והיחיד. רבן יוחנן בן זכאי ורבן גמליאל והסנהדרין ביבנה. תקופת "דור יבנה" (70–132 לספירה) הייתה תקופת שיקום ביישוב היהודי. תקופה זו נקטעה בברוטאליות על ידי מרד בר כוכבא (132–135 לספירה). תוצאותיו של מרד זה היו קטסטרופליות עבור האוכלוסייה היהודית באזור יהודה. הממצא הארכאולוגי תואם את המקורות ההיסטוריים, ומראה כי רוב יישובי יהודה חרבו והאזור התרוקן מיושביו.[16][17][18][19][20] לפי חלק מהחוקרים ניתן לתאר אירוע זה כרצח עם.[17] באותה התקופה, ירושלים נבנתה מחדש כקולוניה רומית בשם איליה קפיטולינה, ושמה של פרובינקיית יהודה הוסב לסוריה פלשתינה.[21][22]
לאחר דיכוי מרד בר-כוכבא, הגליל הפך למרכז היהודי העיקרי, וקהילות יהודיות המשיכו לחיות גם באזור רמת הגולן, בדרום הר חברון ובעמק הירדן הדרומי, וכן בסביבת לוד, יבנה ואשדוד.[23][24] בחלק מהמקומות הללו נבנו בתי כנסת גדולים ששרידיהם נחשפו לאורך השנים. במקביל, אוכלוסיות פגאניות חדרו בהדרגה לאזור יהודה ויישבו חלק מהישובים היהודים שחרבו במרד.[25] השומרונים הרחיבו את תחום מושבם לכיוון בית שאן, ומשכם לכוון השפלה, ויישבו גם כן חלק מהישובים היהודים החרבים.
כשנתיים לאחר שוך המרד וביטול גזירות אדריאנוס, נדד המרכז היהודי (הנשיאות והסנהדרין) לעיר אושא בגליל, בפיקוח רומי, ובראש ההנהגה היהודית עמד הנשיא רבן שמעון בן גמליאל, אשר דאג לשפר את היחסים עם השלטון הרומי. יורשו, בנו רבי יהודה הנשיא, או בקיצור "רבי", עמד אחריו בראש הנשיאות והסנהדרין. בתקופתו התמקם המרכז בבית שערים שבעמק יזרעאל ואחר כך בטבריה הגלילית. נשיאותו של ר' יהודה הייתה חסרת תקדים בכל המובנים: שיפור היחסים עם רומא, חיזוק מעמד הנשיאות, הטבה משמעותית בחיי הכלכלה, אבטחת חיים חברתיים תקינים וצמיחת היצירה התרבותית. גולת הכותרת הייתה עריכת המפעל המונומנטלי של המשנה וחתימתו בשישה סדרים.
פטירתו של רבי וירושת בנו (רבן גמליאל דרבי) ונכדו (רבי יהודה נשיאה) עמדו בסימן תקופת האנרכיה שבאימפריה הרומית (235–294 לספירה), או המשבר האימפריאלי בארץ ישראל ויצרה אווירת משבר כלכלי פוליטי וחברתי, שהתבטא גם בשקיעת רמת הלימודים וגם בירידה פיזית של יהודים רבים מהארץ לבבל, שם המצב הכלכלי היה טוב בהרבה. למרות זה, הונחה התשתית באותה תקופה לעריכתו וחתימתו של התלמוד הירושלמי ("הטברייני").
סוף תקופה זו מתבטא בשקיעתה של התרבות ההלניסטית והתחזקותה של הנצרות, עם עלייתו לשלטון של הקיסר קונסטנטינוס בשנת 324, לאחר שהכיר בנצרות כדת לגיטימית כ-11 שנים קודם לכן.
בשנת 324 לספירה, לאחר שנות אנרכיה באימפריה הרומית, עלה לשלטון הקיסר קונסטנטינוס כשליט יחיד של האימפריה הרומית. הוא הכריז על הדת הנוצרית (בצו מילנו בשנת 313) כעל דת מותרת או חוקית (בלטינית Religio Licita) באימפריה, ובנה בירושלים את כנסיית הקבר. כן נבנו עוד עשרות כנסיות ומנזרים והארץ הייתה למוקד עלייה לרגל של צליינים ונזירים. רוב היישוב היהודי שנותר בארץ ישראל ולא ירד לבבל, ישב באותה תקופה באזור הגליל, ורק מעטים במישור החוף ובהרי יהודה. על אף שקונסטנטינוס הקפיד יותר מקודמיו על הגזירות נגד היהודים שנגזרו בעבר על ידי קיסרי רומא (כאיסור הגיור, איסור התיישבות יהודית בירושלים ועוד), היהודים זכו בשנים אלו לשקט יחסי ויחס מתון ונסבל מצד השלטון. אך תוך זמן קצר הפכו הנוצרים לרוב מכריע בארץ, היישוב היהודי איבד מכוחו הפוליטי והחברתי והוטלו עליו גזירות נוספות. בשנת 351 פרץ בציפורימרד גאלוס אשר דוכא עד מהרה ועל הארץ הוטל שלטון צבאי. יוליאנוס "הכופר" אשר הוכרז כקיסר, התנגד לנצרות, ביקש לחזור להלניות וראה ביהודים בני ברית. בשנת 362 הוא הציע ליהודים להקים מחדש בית מקדש ואף החל בעבודות להקמתו, אך עם מותו בקרב הופסקה הבנייה ונסתם הגולל על היוזמה.
לאחר שנים של רווחה יחסית בשלהי המאה ה-5, שלוותה בריבים פנימיים בין הפלגים הנוצריים, הידרדר מצב היהודים עם עליית הקיסר יוסטיניאנוס הראשון לשלטון בשנת 527 לספירה. הקיסר החל להתערב בחיי הדת של היהודים, הגדיר אותם כ"כופרים", גזר גזירות בעניין חג הפסח ולימוד התורה שבעל פה, ובהשראתו חל המקרה הראשון הידוע של אינוס להמרת דת. ההערכות המקובלות מדברות על כ-150 עד 200 אלף יהודים שחיו בארץ ישראל בתקופה זו, והיוו כ-10% מכלל האוכלוסייה.[26]
בבא רבה היה מנהיג בולט של עדת השומרונים במאה ה-4. הוא פעל כנגד הלחץ הרומאי על העדה השומרונית והאיסור על המילה שהוטל על השומרונים. כצעד ראשון הוא פתח בתי כנסת שהיו נעולים, בנה שמונה בתי כנסת חדשים ברחבי השומרון ויזם בניית מקוואות טהרה. בנוסף, הוא ארגן גם את כל העם השומרוני בארץ ישראל. הוא חילק את הארץ לאחד-עשר מחוזות שהשליטה בהם הוענקה למשפחות מכובדות. כן מינה מועצה לביצוע פעולות חינוך ולניהול בתי הכנסת, ושבעה שופטים בכפרי השומרון. הוא חי ב"תקופה השמינית" לכרונולוגיה השומרונית. בהמשך, בבא רבה הוזמן לקונסטנטינופול, שם נאסר, מת ונקבר.
במאות ה-5 וה-6 התקוממו השומרונים בסדרה של מרידות כנגד השלטונות הביזנטיים. בשנת 484 השומרונים ביקשו לנצל את המרד של אילוס שבסיסו היה באנטיוכיה כדי לערער את השלטון הביזנטי בארץ ישראל, אך המושל של ארץ ישראל הצליח לדכא את המרד והוציא את מנהיגו להורג. בראשית שלטונו של הקיסר יוסטיניאנוס הראשון בשנת 529, פרץ מרד שומרוני גדול נוסף כנגד הביזנטים. הרקע למרידה הגדולה הזאת היה המתח בין הנוצרים לשומרונים בארץ ישראל וגזירות הדת הקשות שנכפו על האוכלוסייה השומרונית על ידי השלטון הביזנטי.[27] בראש המרד עמד שומרוני בשם יוליאנוס בן צבר (הידוע גם כיוליאנוס סברוס). במהלך המרד, נהרגו בקרב אחד כ-20 אלף שומרונים, ואחרים נמלטו לעבר הירדן שם הם נתפסו בידי שבטים נוצריים ונמכרו לעבדות. בתי הכנסת שלהם נחרבו ורבים ממי שששרדו התנצרו בכפייה. מרד שומרוני שלישי התרחש בשנת 556, הפעם בשותפות עם האוכלוסייה היהודית. בשלב מסוים המורדים הצליחו לשרוף את כנסיית המולד בבית לחם. מרד זה דוכא גם כן באופן ברוטלי. לפי מקורות, ההערכה היא כי נהרגו מאות אלפי שומרונים במרידות האלה, ואוכלוסייתם הדלדלה עד מאוד. בנוסף, דתם הוצאה מחוץ לחוק, והרדיפות אחריהם המשיכו עד המאה השביעית.
במאה ה-7 החלו הפרסים לחדור לתחומי האימפריה הביזנטית, ובניסיונם לכבוש את ארץ ישראל הם זכו לאהדת היהודים, שרצו לפרוק מעליהם את עול האימפריה הביזנטית הנוצרית. בשנת 614 כבש המלך הפרסי ח'וסרו (כורש) השני את סוריה ואת ארץ ישראל, בסיוע מרידות פנימיות של היהודים. הפרסים המשיכו בהתקדמותם לעבר קושטא, אך בשנת 622 הצליח הרקליוס קיסר ביזנטיון לנחות במפרץ אלכסנדרטה וב-627 הביס את הפרסים בקרב המכריע ליד נינוה. השלטון הביזנטי חזר לארץ, ותחת חסותו הנוצרים ערכו טבח ביהודים, בתגובה לתמיכתם בפרסים, מה שגרם לדלדול משמעותי באוכלוסייה היהודית באותה תקופה. מאז ועד תחילת המאה ה-20 היישוב היהודי לא היווה גורם מדיני מרכזי בארץ ישראל.
תום העידן הביזנטי בארץ ישראל החל להסתמן בשנת 638, אז כבשו הצבאות הערביים את ירושלים. כעבור שנתיים (640) נכבשה גם קיסריה, ובכך הקיץ הקץ על השלטון הביזנטי בארץ.
לאחר מספר פשיטות מצד הערבים לתוך ארץ ישראל, החלו במספר קרבות עד לניצחון נגד הביזנטים בשנת 634 ב-1 ביולי, באזור הנמצא בין רמלה לבית-גוברין, בקרב זה המוסלמים נחלו ניצחון נגד הביזנטים. לאחר ניצחון זה נכבשו ערי הארץ על ידי הערבים בזו אחר זו: לוד, שכם, עזה, שומרון, ובהמשך, ירושלים וקיסריה – וכך נכבשה כל הארץ עד שנת 641, עם כיבוש אשקלון.
בתקופה הערבית הקדומה, שלטו בארץ מספר שושלות מוסלמיות בזו אחר זו: בית אומיה, בית עבאס, הפאטמים והסלג'וקים. תושבי הארץ היהודים והנוצרים נעשו לנתינים מדרגה שנייה, כמקובל בארצות שהיו תחת חסות הדת המוסלמית. רוב תושבי הארץ באותה העת היו נוצרים. הכובשים הערבים לא שינו את המערכת המינהלית של ארץ ישראל: ארץ ישראל הדרומית (שנקראה על ידי הביזנטים "פלשתינה פרימה") הייתה ל"ג'ונד פלסטין" (כלומר: המחוז הצבאי של "פלסטין") ובירתה נקבעה ללוד, וארץ ישראל הצפונית (שנקראה על ידי הביזנטים "פלשתינה סקונדה") הייתה למחוז הצבאי של הירדן ("ג'ונד אורדון") ובירתה נקבעה בטבריה. בעקבות הכיבוש באה נדידה מסיבית של שבטים ערביים לאזור. תקופה זו סימנה ירידה משמעותית במעמדה הכלכלי והפוליטי של ארץ ישראל. בשל שינוי משמעותי בדרכי הסחר הבינלאומי, נפגע במיוחד מעמד הנגב והאוכלוסייה נדלדלה מאוד. להתדרדרות תרמו גם שתי רעידות אדמה קשות שפגעו בארץ ישראל במאה ה-8 וה-11.
בסוף העשור הראשון של המאה ה-9 שוב החלו מהומות ומרידות פרצו. ראשית, בשנת 807 פרץ מרד בדרום ארץ ישראל, כנראה בגלל נטל המיסים הכבד. במרד התאחדו הנוצרים, יהודים וערבים מוסלמים נגד שלטון בית עבאס, מרד זה דוכא על ידי צבא עבאסי מבגדד ותגבורת שהובאה ממצרים.
בשנת 942 השתלטו על ארץ ישראל נסיכים ממצרים והשליטה עברה לידי הפאטימים. החליף הפאטמי אל-חאכם נודע כרודף הנוצרים והיהודים; הוא אילץ את אלו לסמן את עצמם בלבוש מיוחד, ואסר על השימוש ביין לצורכי דת ופולחן. ב-28 בספטמבר1009 הוא הרס את כנסיית הקבר בירושלים.[28] על-פי חלק מהחוקרים, רדיפותיו של אל-חאכם הובילו לגל של התאסלמות בקרב תושבי הארץ הנוצרים והיהודים, אך לאחר מכן הוא ביטל את הגזרות והותיר לאלו לשוב לדתם הקודמת. ב-1017 אל חאכם באמר אללא הכריז על עצמו כנביא, והוא נחשב למייסד הדת הדרוזית.
בשנת 1071 כבשו הסלג'וקים, עם ממוצא טורקי, את מרבית חלקי ארץ ישראל, כולל ירושלים. לאחר גלות ארוכה, חזר בתקופה זו המרכז היהודי לירושלים [דרוש מקור], על חשבון טבריה, שירדה מגדולתה. כמו כן הייתה התיישבות מרכזית של יהודים ברמלה, עיר המחוז, וקהילות קטנות יותר בחברון ובערי החוף צור, עכו, קיסריה, יפו, אשקלון ועזה. רדיפות הדת הופסקו, היה חופש פולחן אמנם נותר החיוב במיסים מיוחדים. גם הפקעת הקרקעות עבור המתיישבים הערבים והפרסים פגעה ביישוב היהודי. התנגשויות אירעו במאה ה-10 וה-11 בירושלים גם בין היהודים הרבניים והקראים.
במהלך מסע הצלב הראשון נכבשה ירושלים על ידי הצלבנים ב-1099, והוקמה ממלכת ירושלים. כיבוש הארץ היה אכזרי והצלבנים טבחו בתושבים לא-נוצרים רבים. בטבח בירושלים נרצחו לפי ההערכה כ-40,000 נפש, רבים מהם יהודים שהצטרפו למוסלמים במאמץ להגנת העיר. הצלבנים הביסו את תושבי הארץ ופנו להרחבת הממלכה (כיבוש ערי החוף ממצרים, הכנרת כגבול עם דמשק, הדיפת הערבים אל תוך המדבר וכיבוש עד הירדן). רוב מטרות אלו הושגו כבר בעשור הראשון, אך חלקן ארך מעט יותר (צור נפלה ב-1124 ואשקלון רק ב-1154).
הצלבנים הביאו איתם את השיטה הפיאודלית והארץ נחלקה לנסיכויות, רוזנויות וסניוריות שבראשן עמדו אצילים אירופיים. הכיבוש הביא לזרם של אלפי נוצרים שהגיעו ממערב אירופה וחיפשו להם נחלה בארץ ישראל. שפת הארץ הייתה לצרפתית. שרידי המדינה הצלבנית נראים במבצרים וביצורים רבים ברחבי ארץ ישראל.
בשנת 1154 חדלה דמשק להיות "נייטרלית" והממלכה הסורית התאחדה אל מול הצלבנים. ב-1171 הצטרפה מצרים לממלכה זו עם התנוונות ונפילת השושלת הפאטמית ועליית צלאח א-דין, לאחר מותו של קרובו השליט נור א-דין (1174). צלאח א-דין ניסה לפלוש לדרום הארץ (עד אז נמנע מתוך רצון בחיץ בינו ובין שאר הממלכה), אך נכשל ופנה להשתלט על הממלכה של נור א-דין. ב-1186 משימתו הוכרזה בהצלחה ומיד פנה לכיבוש הארץ. ב-1187 הביס צלאח א-דין את הצלבנים בקרב קרני חיטין (לא רחוק מטבריה), ובאוקטובר נכנעה גם ירושלים והצלבנים נסוגו מהארץ.
הצלבנים חזרו ב-1191 במסע הצלב השלישי בפיקוד ריצ'רד לב הארי, כבשו את עכו והביסו את צלאח א-דין אך לא עמד להם כוחם ולא הצליחו לכבוש את ירושלים. לבסוף הגיעו להסכם לפיו תוקם "ממלכת ירושלים השנייה", אשר תכלול אך ורק את רצועת החוף מיפו לצור, ולצליינים יותר לעלות למקומות הקדושים לנצרות בירושלים. האפיפיור אינוצנטיוס השלישי ניסה לעורר מסע צלב נוסף, אך התנאים שאפשרו זאת בזמנו כבר לא היו קיימים ואירופה לא נענתה לו. ב-1228 הגיע לארץ פרידריך השני בראש מסע הצלב השישי, ובמשא ומתן דיפלומטי עם סולטאן מצרים הצליח להרחיב משמעותית את גבולות הממלכה – בגליל, ברמלה, בבית לחם ובירושלים שחזרה לשלטון נוצרי ל-15 שנים נוספות, אף שהאוכלוסייה המוסלמית נשארה רוב מכריע. ב-1244 עלו על הארץ ועל ירושלים הממלוכים, בתמיכת סולטאן מצרים, ולאחר ניצחונם בקרב הירביה, הרגו את מרבית התושבים הנוצרים של העיר. קרב זה סימל את תחילת הסוף של הממלכה, ועריה אבדו בזו אחר זו בקרבות עם המוסלמים, על אף שיתוף פעולה קצר עם המונגולים.
תבוסת המונגולים בקרב עין ג'אלות ב-1260 הביא להגברת ההתקפות של הממלוכים בראשות הסולטאן ביברס על שרידי הממלכה הצלבנית. ביברס הרס את ערי החוף ומרכז הכובד של הארץ חזר אל פנים הארץ לשנים רבות. כיבוש עכו ב-1291 סימן את סיום העידן הצלבני בארץ ישראל.
הממלוכים היו לוחמים-עבדים שחונכו במערכת החינוך הצבאית המצרית של צלאח א-דין. בעת מסע הצלב החמישי בראשות המלך לואי ה-9 אל מצרים, תפשו הממלוכים את השלטון ובשנת 1260 יצאו להילחם בממלכה המונגולית המתרחבת והכוה בקרב עין ג'אלות בעין חרוד. בכך השתלטו הממלוכים למעשה על כל השטח מחלב שבסוריה בצפון ועד מצרים, ובתחום שלטונם נכללה כל ארץ ישראל. הנמל העיקרי של הממלוכים היה נמל עזה, שהייתה בירת ארץ-ישראל במשך רוב התקופה וריכזה סחר בהיקף עצום, חלק ניכר מכלכלת האימפריה הממלוכית נסמכה על המכס שגבתה ממסחר זה.
בהמשך המאה ה-13 הכו השולטאן הממלוכי ביברס וממשיכי דרכו את היישובים הצלבנים שנותרו בארץ, והרסו את ערי החוף ואת נמלי הים של הארץ (יפו, חיפה, קיסריה ועתלית). ארץ ישראל הפכה לתווך המרכזי לתקשורת בין המרכזים הממלוכיים במצרים ובסוריה ודרכה עברה דרך הדואר, דבר שהפך את הרצועה המרכזית של הארץ (תוואי עזה – יבנה – רמלה – ואדי עארה – מגידו – בית שאן) לאסטרטגית, מפותחת, ועשירה. נחלות חקלאיות נמסרו לקצינים ממלוכים פורשים לאורך רצועה זו וכן באזורי גידול הזיתים בשומרון. הארץ נחשבה במהלך רוב תקופה זו למקום שקט, רדום ושלו.
הממלוכים, שלא היו מוסלמים מבטן ומלידה אלא מתאסלמים, רצו להוכיח נאמנותם לאסלאם ולכן אימצו קנאות דתית מודגשת ומוצהרת כקו שלטוני. הם חידשו ובנו מסגדים, מדרסות ומבנים רבים בארץ ישראל, בעיקר בירושלים ובאתרים המוזכרים בכתבי הקודש. כחלק מתפיסתם הדתית, אכפו הממלוכים בקפדנות את תנאי עומר, החוקים המגנים על בני החסות (ד'ימי), היהודים, השומרונים והנוצרים הלא-אירופאים. בחסות תנאי עומר זכו היהודים והנוצרים להגנה שלטונית על גופם, רכושם ואפשרות לקיום מצוות. מאידך היו במעמד מושפל, נאלצו לשלם מיסי-עושק (ג'יזיה) ולא יכלו להקים בתי-תפילה חדשים. אפליה ישירה ורדיפה מכוננת זו, שנמשכה גם תחת השלטון העות'מאני, עודדו את תהליך האסלאמיזציה של תושבי הארץ. למעשה, על-פי הסברה המקובלת במחקר בן-זמננו, ניתן לקבוע שהתהווה רוב מוסלמי במרחב של ארץ ישראל רק במהלך התקופה הממלוכית.
בשנים שבהן השלטון המרכזי היה חזק, רמת הביטחון האישי ורמת הסדר והארגון השלטוני היו גבוהות, אך עול המסים היה כבד, האדיקות הדתית המוסלמית הייתה רבה וחוקי האסלאם נאכפו בקפדנות וביד חזקה. מאידך, בשנות הרפיון וההתפוררות התחזקו מנהיגים מקומיים על חשבון השלטון המרכזי, וכנופיות בדואים ושודדי דרכים הטילו את אימתם על תושבי הארץ. ערים מרכזיות בתקופה זו היו עזה, שהייתה לבירת אזור הדרום, צפת שהייתה לבירת הגליל, רמלה, לוד ושכם.
התחזקות העות'מאניים למן אמצע המאה ה-15, התפוררות המבנה הכלכלי הממלוכי, ולבסוף כיבוש הארץ בידי הממלכה העות'מאנית העולה ב-1516 לאחר שהכו את הממלוכים מכה ניצחת אותה שנה בקרב מרג' דאבק הביאו לסיומו של השלטון הממלוכי בארץ ישראל.
הארץ חולקה לחמישה מחוזות (מגידו, צפת, שכם, ירושלים ועזה) שנכללו בתוך פרובינציית דמשק. בראש כל מחוז עמד הפאשא (פחה). בתקופות הזוהר (המאה ה-16 בעיקר) הצליח שלטון זה לשמור על מנהל תקין וביטחון.
עד אמצע המאה ה-18 לא זכתה ארץ ישראל למעמד מיוחד בין השאר בגלל התמקדות האימפריה בשטחים אחרים בחבל הבלקן אך ממחצית המאה ה-18 ובהתחזקות הדרגתית אל אמצע המאה ה-19 עלה מעמדה, בין היתר בגלל המרד שערך איברהים פחה בטורקים. ב-1831 עלה איברהים בראש צבא בן 40,000 חיילים על ארץ ישראל. הוא כבש את עזה, רמלה, יפו, חיפה וירושלים ללא קרב, ואת עכו לאחר מצור אכזרי של שישה חודשים. כיבוש הארץ בידי אבראהים פאשא הביא לשינוי דמוגרפי מהותי.
במשך חלקים גדולים של התקופה, השלטון בפועל בחלקים שונים של הארץ היה בידי מנהיגים בדואים או דרוזים כגון פח'ר אל-דין השני במאה ה-17, ודאהר אל-עומר במאה ה-18. בסוף המאה ה-18 ערך נפוליאון את מסע הכיבוש שלו בארץ ישראל. למסע זה הייתה השפעה ישירה מועטה ביותר על הארץ. היחלשות האימפריה העות'מאנית הביאה במהלך המאה ה-19 גם להתגברות העניין של האימפריות האירופיות במתרחש בארץ ישראל, ולנסיונותיהן להגביר את השפעתן באזור.
לאחר הכיבוש העות'מאני, התרכז היישוב היהודי בירושלים (בשנת 1553 התגוררו בעיר כ-1,800 יהודים) וכן בערים צפת, טבריה, חברון, עזה (עד למסע נפוליאון ב-1799) ושכם. מעט יהודים מוסתערבים התגוררו גם בחלק מכפרי הגליל. בשלהי התקופה העות'מאנית, נותרו בכפרי הגליל רק שלוש קהילות יהודיות: בכפר יאסיף, בשפרעם ובפקיעין. לרוב היה היישוב היהודי והנתין היהודי נחות, עד כיבוש הארץ בידי אבראהים פאשא ב-1831. האחרון התייחס באהדה לאוכלוסייה היהודית והנוצרית בארץ.
החל ממחצית המאה ה-18 החלו לעלות לארץ, בעיקר מסיבות דתיות ואף משיחיות, קבוצות רבות של עשרות ומאות עולים מאירופה וצפון אפריקה, ביניהן עליית תלמידי הבעש"ט ועליית תלמידי הגר"א, ואלו תרמו לגידולו והתבססותו של כלל היישוב היהודי בארץ ישראל. בראשית המאה ה-19 מנתה האוכלוסייה היהודית בארץ כ-6,000 נפש, כמחצית מהם בירושלים. בשנת 1881 כבר מנה היישוב היהודי למעלה מ-25,000 בני אדם.
המנדט, החל מתוך כוונה מוצהרת להקים בית לאומי ליהודים בארץ ישראל. בשלוש עשורי שנות קיומו נסוגה בריטניה בהדרגה מכוונה זאת. הדבר נגרם כתוצאה מהתעוררות הלאומיות הערבית הפלסטינית שבאה בתגובה לגלי העלייה היהודית, משינויים במדיניות הבריטית, שחלו עקב התהפוכות הפוליטיות השונות בבריטניה במהלך התקופה, ומיחס הפקידים המנדטוריים, שגיבשו גישה קולוניאליסטית כלפי הארץ ותושביה, על אף שארץ ישראל לא הייתה מושבה בריטית, אלא בחזקת פקדון שהופקד בידי בריטניה על ידי חבר הלאומים.
עם זאת הקפידו הבריטים על שמירת מערכת שלטונית מסודרת שכללה חקיקה, מערכת בתי משפט על כל דרגותיה, מערכת מסודרת של מרשם מקרקעין ומשטרה, שהייתה תחת פיקוד בריטי אך שירתו בה גם בני הארץ, יהודים וערבים.
במהלך תקופת המנדט שימשו בתפקיד ראש המינהל המנדטורי – הנציב העליון שבעה אישים. לכל אחד מהם היה יחס שונה לציונות ולסכסוך היהודי-ערבי בארץ. רוב הנציבים העליונים גילו גישה עוינת כלפי העלייה וההתיישבות הציוניות, או לפחות העדיפו את האינטרס השלטוני הבריטי. השיא של התנכרות הממשל הבריטי לציונות ולתנועת ההתיישבות היהודית בארץ ישראל היה בספר הלבן של 1939 שהטיל הגבלות חמורות על העלייה היהודית לארץ ועל רכישת קרקעות על ידי יהודים, ונאכף בחוזקה בזמן השואה שהתחוללה באירופה.
שלוש מתוך חמש העליות היהודיות-ציוניות לארץ ישראל, היו בתקופת המנדט, החל בעלייה השלישית וכלה בעלייה החמישית. במהלך עליות אלה גדל מספר היהודים בארץ מעשרות אלפים אחדים בראשית תקופת המנדט לכ-600,000 איש עם סיום המנדט. נוצרה ישות יהודית טרום-מדינית שקיבלה את הכינוי "היישוב". הארץ יושבה בהדרגה וחל בה פיתוח עצום, נוסדו ערים, מושבים וקיבוצים, נבנתה תעשייה, הוקמו מוסדות חינוך והשכלה, לרבות השכלה גבוהה ועיתונותעברית רבת תפוצה. ליישוב היו ארגונים ומערכת מוסדות מסודרת, שהחשובה ביניהן היו הנהלת הסוכנות היהודית, שהייתה ממשלה בדרך, וההסתדרות הכללית שהייתה כלי ארגוני ופוליטי רב עוצמה.
במהלך תקופת המנדט התחוללו ארבע פעמים מאורעות שהיו התקפות של ערביי ארץ ישראל על היישוב היהודי. הארוכה והמכוננת שביניהן היו מאורעות תרצ"ו–תרצ"ט שקיבלו את הכינוי המרד הערבי הגדול וארכו שלוש שנים. מאחר שהערבים פתחו בהן לא רק בהתקפה על היישוב היהודי אלא גם במרד נגד הבריטים, נוצר שיתוף פעולה צבאי בין היישוב היהודי לבריטים.
במהלך מלחמת העולם השנייה שימשה ארץ ישראל שתחת שלטון המנדט הבריטי כמקום לשהייה ולהתארגנות של מאות אלפי חיילים של הצבא הבריטי ושל כוחות הצבא של האימפריה הבריטית. בארגון וציוד של הבריטים הוקם הפלמ"ח. מארץ ישראל המנדטורית יצאו כוחות אלה למערכה בסוריה ובלבנון ב-1941 לשחררן מידי כוחות צרפת של וישי. היישוב התגייס להתנדבות לצבא הבריטי ועשרות אלפים מצעירי היישוב שירתו בו. לקראת סיום המלחמה הוקמה הבריגדה היהודית.
לאחר סיום מלחמת העולם השנייה, כשנתברר כי בריטניה לא תקיים הבטחותיה להקמת מדינה יהודית בארץ ישראל ונמשכה סגירת שערי הארץ לעליית שארית הפליטה מן השואה, התחולל המאבק של ההגנה וארגוני המחתרת אצ"ל ולח"י נגד השלטון הבריטי והוגברה תנועת ההעפלה, עד שהאירועים הובילו להקמתה בשנת 1946 של ועדת החקירה האנגלו-אמריקאית לענייני ארץ ישראל שהמליצה על סיום המנדט הבריטי ועל חלוקת ארץ ישראל לשתי מדינות יהודית וערבית. העניין הובא להכרעת האומות בפני העצרת הכללית של ארגון האומות המאוחדות. ב-29 בנובמבר1947 אישרה עצרת האו"ם את תוכנית החלוקה. למחרת החל השלב הראשון של מלחמת העצמאות, כאשר ערביי ארץ ישראל וכוחות בלתי סדירים ממדינות ערב תקפו את היישוב היהודי והתחולל הקרב על הדרכים. ב-14 במאי 1948 עזב הנציב העליון האחרון את ארץ ישראל ובתאריך זה הכריזדוד בן-גוריון על הקמת מדינת ישראל ובא הקץ על המנדט הבריטי בארץ ישראל.
פעולות חבלה וטרור שהגיעו ברובם מירדן ומצרים, פגעו ביישובי הספר של המדינה, בעיקר מדרום, ונענו בפעולות תגמול מצד ישראל. ב-1956, בעקבות הודעת מצרים על הלאמתתעלת סואץ והחלטתה לסגור מצרי טיראן בפני כלי שיט ישראליים, דחפו בריטניה וצרפת, את ישראל לפתוח במלחמת סיני ("מבצע קדש") – לכיבוש חצי האי סיני ולהשגת שליטה על תעלת סואץ. במבצע כבשה ישראל את רצועת עזה ואת חצי האי סיני וכוחות צה"ל נעצרו 16 ק"מ מתעלת סואץ בהתאם לדרישת הבריטים והצרפתים, אך נאלצו לסגת מסיני בלחץ האמריקנים.
ב-23 במאי, בימים שלפני מלחמת ששת הימים, חסמה מצרים בשנית את מצרי טיראן, פעולה המוגדרת כצעד מלחמתי והוגדרה בישראל כקאזוס בלי, והייתה מלבד קידום כוחות האויב הערבי לגבולות ישראל אחד הגורמים העיקריים לפרוץ המלחמה ולכן ב-5 ביוני1967 פתחה ישראל במתקפת מנע כנגד צבאות מדינות ערב, שמוכרת בשמה מלחמת ששת הימים. המלחמה הייתה ניצחון כביר למדינת ישראל, שכבשה את חצי האי סיני, רמת הגולןרצועת עזה ויהודה ושומרון ובכך שילשה את השטח שבשליטתה. בהתאם לכך נקבעו גבולות השליטה החדשים – הקו הסגול. בשנת 1967 החלו גרעינים של אנשי הציונות הדתית לנסות ליישב את יהודה ושומרון. ניסיונות אלו בהתחלה נתקלו בהתנגדות של השלטון וגורמים בינלאומיים שונים, אבל במשך הזמן הגיעו לפשרות, שהובילו לייסוד ההתנחלויות הראשונות.
בשנות ה-60 המאוחרות החלו ארגוני הטרור הפלסטינים, בראשות אש"ף בהפעלת גל טרור כנגד ישראל וכנגד מטרות יהודיות במדינות אחרות.
ב-4 בנובמבר1995נרצח ראש הממשלהיצחק רבין על ידי יגאל עמיר, מתנקש יהודי שהתנגד למהלכים הפוליטיים אותם הוביל רבין. ב-24 במאי2000, נסוגה ישראל לאחר 18 שנה מרצועת הביטחון בלבנון. לאחר שהמשא ומתן בין ראש הממשלה ברק ליאסר ערפאת בקמפ דייוויד התפוצץ עקב שינוי דרישותיו של יאסר ערפאת, פרצה האינתיפאדה השנייה. לאחר שאריאל שרון עלה לשלטון, לאחר כשנתיים של פיגועים קשים, יצאה ישראל למבצע חומת מגן למיגור הטרור ביהודה ושומרון. המבצע, פעולות צה"ל בהמשך והקמת גדר ההפרדה הביאו לדעיכת האינתיפאדה, אשר גבתה את חייהם של למעלה מאלף ישראלים שנהרגו בפיגועי טרור. באוגוסט2005 פינתה ישראל את רצועת עזה והרסה את ההתנחלויות ברצועה, במסגרת תוכנית ההתנתקות. ביצוע ההתנתקות, יחד עם עלייתו לשלטון של מחמוד עבאס (אבו מאזן) לאחר מותו של יאסר ערפאת בשלהי 2004, הביא לתקווה שנכזבה שהאינתיפאדה תסתיים ויחודש התהליך המדיני, אך לאחר ההתנתקות התעצם הטרור והירי תלול המסלול לעבר ישראל מרצועת עזה. בתגובה, ישראל יצאה למספר מבצעים כנגד שלטון החמאס ברצועה, בין היתר מבצע עופרת יצוקה (2008), מבצע עמוד ענן (2012) מבצע צוק איתן (2014) ומלחמת חרבות ברזל (2023).
ההיסטוריה של עם ישראל, 3 כרכים, הוצאת החברה להוצאת ההיסטוריה של עם ישראל והוצאת מסדה, תל אביב, תשכ"ז (1966) - תשל"ג; 2, א-ב, תל אביב: הוצאת מסדה, 1974.
סדרה א: הזמן העתיק
כרך א: אפרים אביגדור ספייזר (עורך), בשחר הציוויליזציה, החברה להוצאת ההיסטוריה של עם ישראל והוצאת מסדה, תשכ"ז (1966) - תשל"ג; תל אביב: הוצאת מסדה, 1974.
כרך ב: בנימין מזר (עורך), האבות והשופטים. החברה להוצאת ההיסטוריה של עם ישראל והוצאת מסדה, תשכ"ז (1966) - תשל"ג; תל אביב: הוצאת מסדה 1974.
* כרך א: ישראל אפעל (עורך), מבואות, התקופות הקדומות (מהתקופות הפריהיסטוריות עד סוף האלף השני לפני הספירה), 1982. (גרסה מקוונת של הספר (לבעלי הרשאה), באתר "כותר")
כרך ב: ישראל אפעל (עורך), ישראל ויהודה בתקופת המקרא (המאה השתים עשרה-332 לפני הספירה), 1984. (גרסה מקוונת של הספר (לבעלי הרשאה), באתר "כותר")
כרך ג: מנחם שטרן (עורך), התקופה ההלניסטית ומדינת החשמונאים (322-37 לפני הספירה), 1981. (גרסה מקוונת של הספר (לבעלי הרשאה), באתר "כותר")
נתן שור, תולדות ארץ ישראל; מן התקופה הפריהיסטורית עד ימינו, הוצאת דביר, תל אביב תשנ"ח 1998.
יואל רפל (עורך), תולדות ארץ ישראל; מהתקופה הפרהיסטורית ועד עליית הבילו"יים, (כרך 1 / 2 כרכים), תל אביב: משרד הביטחון – ההוצאה לאור, תש"מ; תשמ"ה (1985)9; תשמ"ו-1986.10; תשמ"ט13 (1989)
מיכאל איש-שלום, בצילן של מלכויות, תולדות היישוב היהודי בארץ-ישראל, הוצאת קרני, תשל"ו / 1975.
עופר בר-יוסף ויוסף גרפינקל, הפרהיסטוריה של ארץ ישראל: תרבות האדם לפני המצאת הכתב, ירושלים, הוצאת אריאל, 2008
צבי ברס, שמואל ספראי, מנחם שטרן (עורכים), ארץ ישראל מחורבן בית שני ועד הכיבוש המוסלמי, הוצאת יד בן צבי, 1982
זהר עמר, יחס האדם לחקלאות ולצומח של ארץ-ישראל בימי הביניים, מתוך: חקרי ארץ: עיונים בתולדות ארץ ישראל מוגשים לכבוד פרופ' יהודה פליקס (ז' ספראי, א' פרידממן וי' שוורץ עורכים), אוניברסיטת בר אילן, תשנ"ז, עמ' 167–178
^בגישה הראשונה מצדדים פרופ' אמנון בן-תור ואחרים. בגישה השנייה מצדדים פרופ' ישראל פינקלשטיין, פרופ' זאב הרצוג, פרופ' נדב נאמן ואחרים. לתיאור המחלוקת ראו ישראל ל' לווין ועמיחי מזר (עורכים), הפולמוס על האמת ההיסטורית במקרא – קובץ מאמרים, הוצאת יד יצחק בן-צבי (המרכז ללימודי א"י) ומרכז דינור (המרכז לחקר תולדות ישראל), ירושלים 2002
^Mark Smith in "The Early History of God: Yahweh and Other Deities of Ancient Israel" (pp. 6–7). Smith, Mark (2002) "The Early History of God: Yahweh and Other Deities of Ancient Israel" (Eerdman's)
^Rendsberg, Gary (2008). "Israel without the Bible". In Frederick E. Greenspahn. The Hebrew Bible: New Insights and Scholarship. NYU Press, pp. 3–5
^Gnuse, Robert Karl (1997). No Other Gods: Emergent Monotheism in Israel. England: Sheffield Academic Press Ltd. pp. 28, 31. ISBN1-85075-657-0.