1991ko irailean, Lehenengo Intifadan, Jassir Arafat buruzagi palestinarrak Palestinako unibertsitate nazional bat sortzeko dekretu bat eman zuen. Urte hartan ireki zituen ateak, bi fakultaterekin: Hezkuntza Fakultatea eta Xaria eta Zuzenbide Fakultatea (egungo Zuzenbide Fakultatea). 1992an, lau fakultate sortu zituzten: Farmazia, Nekazaritza eta Ingurumena, Zientziak eta Arteak eta Giza Zientziak, eta, ondoren, Ekonomia eta Administrazio Zientzien Fakultatea.
Zientzia Mediko Aplikatuen Fakultatea unibertsitatearen garapenaren beste etapa batean sortu zen, 1997an, komunitate palestinarraren osasun-beharrak asetzeko. 1999an Medikuntza Fakultatea inauguratu zen, Al-Quds Unibertsitateko Medikuntza Fakultate palestinarraren filiala, Gazako Zerrendako lehen fakultate mediko izanda.
Informazioaren Ingeniaritza eta Teknologia Fakultatea 2001ean jarri zuten martxan, ezagutza eta teknologia berrien berri izateko. 2007an, Odontologia Fakultatea ireki zen, palestinarren aho-hortzen osasun-arreta hobetzeko. Xaria Fakultatea 2009an ireki zuten berriro, fakultate independente gisa.
2015ean, Ingurumen eta Nekazaritza Zientzien Hassan II.a Erregea eraikina inauguratu zuten Al-Mughraqa herriko campus berrian. Eraikin honen eraikuntza Mohammed VI .a Marokokoa erregeak finantzatu zuen. Bi eraikin, auditorioa eta Arte eta Giza Zientzien Fakultatea, Saudi Arabiako Garapenerako Funtsak finantzatu zituen, eta Al-Mughraqako campus berrian.[2]
