Током детињства се доста селио, јер му је отац био официр. Други светски рат га затиче у Нагасакију, где је породица тада живела - сведок је бацања атомске бомбе на град. Докторирао је на катедри за органску хемију Универзитета у Нагасакију, а радио је као професор у пензији (енгл.Professor Emeritus) у Лабораторији за биологију мора у Масачусетсу, у САД. Његов син, Цутому Шимомура, бави се безбедношћу у компјутерским системима, а ћерка Саши Шимомура је (универзитетски) професор књижевности.
Преминуо је 19. октобра 2018. године. Имао је 90 година.[2]