Sformowany w 1946 na bazie 9 Oddziału Ochrony Pogranicza, na podstawie rozkazu NDWP nr 0153/org. z 21 września 1946. Oddział posiadał cztery komendy, 20 strażnic, stan etatowy wynosił 1497 żołnierzy i 14 pracowników cywilnych[2].
Sztab oddziału stacjonował w Krakowie przy ul. Kosynierów 2[a][3]. Przeniesienie Krakowskiego Oddziału WOP do Krakowa spowodowało przekazanie 38 komendy odcinka w Zagórzu i 39 komendy odcinka w Gorlicach Rzeszowskiemu Oddziałowi WOP w Przemyślu[3].
W 1947 rozformowano w oddziale grupę manewrową i sformowano szkołę podoficerską[b].
W latach 1947-1948 uruchomiono na odcinku oddziału 6 PPK małego ruchu granicznego: Niedzica, Jurgów. Chochołów, Winiarczykówka, Glinka i Zwardoń[4].
We wrześniu 1946 stan etatowy oddziału przewidywał: 4 komendy, 20 strażnic, 1597 wojskowych i 14 pracowników cywilnych[5]. Po reorganizacji w 1947 było to: 4 komend odcinków, 20 strażnic 1565 wojskowych i 13 pracowników cywilnych[6].
Henryk Dominiczak: Wojska Ochrony Pogranicza w latach 1845-1948. Warszawa: Wydawnictwo Ministerstwa Obrony Narodowej, 1971.
Henryk Dominiczak: Zarys historii Wojsk Ochrony Pogranicza 1945-1985. Warszawa: Wojskowa drukarnia w Łodzi, 1985.
Zenon Jackiewicz: Wojska Ochrony Pogranicza (1945-1991). Krótki informator historyczny. Kętrzyn: Centrum Szkolenia Straży Granicznej, 1998. ISBN 83-909304-3-9.
Jan Ławski: Ochrona granic Polski Ludowej 1945-1948. Warszawa: Wydawnictwo Ministerstwa Obrony Narodowe, 1974.