Ротмистър Стойков и съпругата му, фотография на Димитър Карастоянов (1895 – 1897)
Иван Стойков е роден на 7 февруари 1868 година в село Гайтаниново, Неврокопско през 1866 година.[2] Баща му Велик Стойков участва и загива на Шипка в Българското опълчение по време на Руско-турската война. Брат е на апелативния съдия на цяла Южна България Георги Стойков и на офицера и революционер Димитър Стойков. Ръководителят на ВМОК Борис Сарафов му е братовчед.[3] Една година след смъртта на баща му умира и майка им Мария Стойкова. Вуйчо му Петър Сарафов взема и отглежда четирите деца на сестра си.
През 1880 година Иван Стойков напуска родното си село.[4] Участва като доброволец в Сръбско-българската война в 1885 година.
В 1894 година завършва Генералщабна академия в Торино, Италия,[5] служи като началник-щаб на Кавалерийската инспекция. В 1895 година е произведен в ротмистър. В 1897 година напуска гвардията и служи във Втора кавалерийска дивизия. От 1900 година е главен адютант на дивизията. През 1901 година е произведен в майор, през 1905 година в подполковник и на 18 май 1909 година в чин полковник.
След сключеното примирие през 1913 година става началник на Военната академия в София. Там изработва първите учебни планове и иструкции и методика за преподаване.[4]
Документ за връчен патент на подпоручик Стойков от княз Фердинанд I
През Първата световна война първоначално командва на 1-ва конна бригада, с която воюва при Трън и Прищина в Южна Сърбия, след което от 30 ноември 1915 година е командир на Първа конна дивизия, която в края на годината освобождава Охрид,[4] а от 5 май 1916 командва новосформираната 2-ра конна дивизия. На 30 май 1917 година е произведен в генерал-майор и става началник на 9-а дивизионна област. Към края е началник на Главната ревизионна комисия (1918).[4] През 1918 година минава в запаса.[4]
