Balaxanı Cümə Məscidinin tikilmə tarixi ilə bağlı dəqiq məlumat olmasa da, məscidin içərisində qorunub saxlanan daş kitabədə hicri təqvimlə 1290-cı ildə (1873-cü il) tikildiyi yazılıb.[1] Məscid o dövrün neft milyonçularının xeyriyyə yardımları və qəsəbə sakinlərinin ianələri hesabına inşa olunub.
Sovet işğalından sonra rəsmi olaraq 1928-ci ildən dinlə mübarizəyə başladılar. Həmin ilin dekabrında Azərbaycan KP MK-i bir çox məscid, kilsə və sinaqoqları maarifləndirici istiqamətlərdə istifadə üçün klubların balansına verdi. Əgər 1917-ci ildə Azərbaycanda 3.000 məscid var idisə 1927-ci ildə bu rəqəm 1.700, 1933-cü ildə isə 17 idi.[2] Balaxanı Cümə məscidi də bu dövrdə ibadətə bağlanıb. 1937-1989-cu illər məscidin binasında mədəniyyət evi fəaliyyət göstərib.[3]
Azərbaycan müstəqilliyini yenidən bərpa etdikdən sonra məscid, 1992-ci ildə dindarların istifadəsinə verilib. Məscid yenidən qəsəbə sakinlərinin ianəsi ilə təmir olunub. Məscidin tikilərkən onun minarəsi olmayıb. 1995–1996-cı illərdə məscidin 27 metr hündürlüyündə minarəsi inşa olunub.[3] Məscid üçün taxtadan minbər hazırlanıb, ibadət zalının divarlarında "əl-Fatihə" və "əl-Bəqərə" surələrindən ayələr həkk olunub, mehrab isə nəbati ornamentlərlə bəzədilmiş, üzərində səkkizguşəli ulduzlar işlənib. Məscidin əsas ibadət zalının sahəsi 176, qadınlar ibadət edən hissəsinin sahəsi isə 99 kvadratmetrdir.[1]
Təmir bərpa işləri bitdikdən sonra 1998-ci ilin iyulun 18-də məscid dindarların istifadəsinə verilib.[3]