Narodil se jako prvorozený syn císaře Ferdinanda III. a jeho první manželky, španělské princezny Marie Anny. Jeho mladšími sourozenci byli Marie Anna a Leopold I. Ferdinand byl vychováván jako následník trůnu a připravován na tuto úlohu. Jeho otec ho ještě za svého života nechal korunovat českým (5. srpna 1646) a uherským (16. června 1647) králem. Hlavním cílem otce bylo zajistit pro syna nástupnictví i na císařském trůně. To však okolnosti související s úpadkem císařské moci v říši po třicetileté válce a narůstající suverenitou říšských knížat Ferdinandovi dost komplikovaly.
Korunovace na římského krále a smrt
Díky diplomatickým jednáním se Ferdinandovi podařilo získal rozhodující podporu a jeho prvorozenec byl dne 31. května1653 v Augsburgu zvolen římským králem (jako budoucí císař) a korunován 18. června téhož roku v Řezně.
Plánovala se i Ferdinandova svatba se španělskou princeznou Marií Terezií, starší dcerou krále Filipa IV. K tomuto sňatku, stejně jako k samostatné vládě Ferdinanda IV., však nikdy nedošlo. Zemřel předčasně na pravé neštovice ve 20 letech, dříve než jeho otec. Pochován byl v rodinné hrobce Habsburků v kapucínské kryptě ve Vídni.
Další dva synové Ferdinanda III. zemřeli ještě v dětském věku, následníkem trůnu se tak nakonec stal čtvrtý syn Leopold, který se původně připravoval na církevní kariéru. Nejmladší syn (opět Ferdinand) se narodil dva měsíce před otcovou smrtí. Ferdinand III. se tak nedožil jeho předčasného úmrtí o rok později.
Biografický slovník českých zemí : 16. sešit : Ep–Fe. Praha : Academia ; Historický ústav AV ČR, 2013. 136 s. ISBN978-80-200-2292-9 (Academia) ; ISBN978-80-7286-215-3 (Historický ústav AV ČR). S. 125.
BAUER, J. Vládci českých zemí. Beta : Praha, 2004. ISBN80-7306-168-6.
BĚLINA, P. a kol. Dějiny zemí Koruny české II. 9. vyd. Paseka : Praha, Litomyšl, 2003. ISBN80-7185-606-1.
S: také španělský infant T: také toskánský princ M: také modenský princ P: také portugalský infant B: také belgický princ kurzívou jsou rakouští panovníci
.svg){kind=small}
