V roce 1620 se stal toledským arcibiskupem. Po smrti své tety Isabely byl od roku 1634 byl generálním guvernérem jižního Nizozemí. Do Antverp, kde se ujal vlády, přijel roku 1635 s velkou slávou. Přitom stihl na cestě z Milána, se svou armádou v bitvě u Nördlingenu, porazit švédská vojska.
Vládu v Nizozemí provázely boje s Francií a se Spojenými provinciemi. Ferdinand měl vojenské schopnosti, které nemohl naplno uplatnit, neboť Španělsko v té době nemělo silnou pozici. Roku 1637 přišlo Nizozemí o Bredu. Dokázal však ubránit Antverpy, když vyhrál u Kalla bitvu proti Holanďanům. Díky neustálým polním tažením měl podlomené zdraví a v roce 1641 předčasně zemřel. Pohřben byl v Bruselu v katedrále sv. Guduly.
.jpg)
