V životě se choval bezstarostně a lehkomyslně. Skandály a milostné poměry ho vzdálily císařskému dvoru, takže se císařská rodina a nakonec jeho manželka, princezna Marie Josefa Luisa Saská (1867–1944), od něho distancovaly. O Otovi je známa skandální historka, podle níž způsobil šok manželce britského velvyslance, když se silně opilý procházel ve vídeňském Hotelu Sacher nahý, pouze se svou šavlí. Britský velvyslanec o tom zpravil císařeFrantiška Josefa, jenž za to Otu na nějaký čas poslal do kláštera.
Otův prostopášný styl života mu přinesl i onemocnění syfilidou, jež ho posléze odsoudilo k dlouhému a strastiplnému chřadnutí. Ve vile na vídeňském předměstí Döbling strávil poslední týdny svého života. Jeho poslední velikou vášní byla mladá operetní zpěvačka Louise Robinsonová, jež o něj pečovala pod jménem sestra Martha. Nevzdalovala se od jeho lůžka a setrvala u něho až do posledního vydechnutí. Druhou pečovatelkou mu byla jeho nevlastní matka, portugalská infantkaMarie Tereza (1855–1944). V láskyplné atmosféře obou těchto žen a za duchovní podpory světícího biskupa Marschalla z Vídně zemřel dne 1. listopadu roku 1906.
Manželství a potomstvo
Na nátlak ze strany císařského domu se dne 2. října1886 v Drážďanech oženil s princeznou Marií Josefou Luisou Saskou (1867–1944), dcerou krále Jiřího I. Saského a Marie Anny Portugalské. Tento svazek byl nutný z důvodu udržení dobrých vztahů se saským královským domem, neboť jak korunní princ Rudolf, tak i František Ferdinand odmítli sňatek s Mariinou starší sestrou princeznou Matyldou a tím Sasko urazili. Manželství však bylo krajně nešťastné pro naprostou rozdílnost povah obou manželů, světáckému a požitkářskému Otovi se jeho silně nábožensky založená manželka nijak nezamlouvala – posměšně ji nazýval „jeptiškou“ a ponižoval ji svými skandály a milostnými aférami. Z manželství se narodili dva synové; vzhledem k tomu, že Otův starší bratr (a po smrti korunního prince Rudolfa následník trůnu) František Ferdinand se morganaticky oženil s Žofií Chotkovou, a jeho děti tudíž byly z následnictví vyloučeny, stal se Otův starší syn Karel císařem:
S: také španělský infant T: také toskánský princ M: také modenský princ P: také portugalský infant B: také belgický princ kurzívou jsou rakouští panovníci