Na podzim roku 1937 mu bylo dovoleno vrátit se do Rakouska, kde se přihlásil na Tereziánskou vojenskou akademii ve Vídeňském Novém Městě a tím se stal prvním Habsburkem, který po zrušení monarchie vstoupil do rakouské armády. S blížícím se začátkem druhé světové války byl nucen spolu se svou sestrou arcivévodkyní Adelheid prchnout přes Československo ze země před rakouskými nacionalisty. Během války se spolu s bratrem Karlem Ludvíkem dobrovolně přihlásili ke službě v americkém 101. pěším praporu známém jako Free Austria Battalion.
Život po válce
Na rozdíl od svého bratra Otty von Habsburga se odmítal vzdát práva na rakouský trůn a dědictví Habsburské rodiny. V důsledku toho mu byl zakázán vstup do Rakouska s výjimkou krátkého třídenního pobytu v roce 1989 za účelem účasti na pohřbu své matky Zity. Dne 10. března 1996, kdy po vstupu Rakouska do Evropské unie zanikly hraniční přechody mezi Rakouskem a ostatními zeměmi Evropské unie, vstoupil ilegálně do Rakouska z Německa a uspořádal tiskovou konferenci, aby na sebe upozornil. Následně byl varován rakouskou vládou, že bude čelit trestnímu stíhání, pokud se znovu pokusí vstoupit ilegálně do země. Nakonec se spolu s bratrem Karlem Ludvikem dohodli s rakouskou vládou. V dohodě deklarovali věrnost republice.
Vybudoval řadu úspěšných podniků ve městě Ciudad de México a v Bruselu. Pracoval jako marketingový konzultant. Během svého života v exilu žil v Portugalsku, Belgii, Mexiku a ve Spojených státech amerických. V závěru života žil v San Ángel nedaleko hlavního města Ciudad de México, kde 6. září 2011 zemřel. Byl pohřben v rodinné hrobce pod Loretánskou kaplí v klášteře Muri nedaleko Curychu. Klášter je oblíbeným pohřebištěm habsburské dynastie. Je zde také pohřbena jeho manželka a některé ostatky dalších členů Habsburku.[2]
↑ Felix von Habsburg wird am Samstag in Klosterkiche Muri beerdigt - Freiamt - Aargau - Aargauer Zeitung(německy). www.aargauerzeitung.ch [online]. [cit. 2013-10-25]. Dostupné v archivu pořízeném z originálu dne 2018-11-20.
S: také španělský infant T: také toskánský princ M: také modenský princ P: také portugalský infant B: také belgický princ kurzívou jsou rakouští panovníci
