Mária Krisztina volt I. Ferenc nápoly–szicíliai király és Mária Izabella királyné második leánya. 1829-ben házasodott meg anyai nagybátyával, VII. Ferdinánd spanyol királlyal, akinek ez volt negyedik házassága. Első gyermekük születése előtt hitvese elfogadtatta a spanyol pragmatica sanctiót, hogy leánygyermek születése esetén is biztosítva legyen annak öröklése. Férje, Ferdinánd halálát követően leányuk, II. Izabella mellett ő lett az ország régense. Hatalmukat azonban férje öccse, Molina grófja nem ismerte el, így követőivel, a karlistákkalpolgárháborút szítottak.
1829. december 11-énMadridban feleségül ment anyai nagybátyjához, VII. Ferdinándspanyol királyhoz, aki már negyedszerre állt oltárhoz, mivel a korábbi házasságaiból született gyermekei mind meghaltak kiskorukban, és nem volt közvetlen örököse. Ennek a legidősebb öccse, Károly (1788–1855), Molina grófja örült a legjobban, hiszen így ő volt VII. Ferdinándnak a soron következő utóda a spanyol trónon.
Amikor Mária Krisztina teherbe esett, VII. Ferdinánd nem bízta a véletlenre, hogy milyen nemű gyermeke fog születni, és felkészült minden eshetőségre. A régi kasztíliai trónöröklés visszaállításával, amely fiúgyermek hiányában a mindenkori uralkodó lányát az uralkodó öccsével szemben a trónöröklésben előbbre helyezte, kifejezte akaratát, hogy mindenképpen a saját gyermekét szeretné a trónon látni. Ezt a spanyol Pragmatica sanctio tette lehetővé, amelyet VII. Ferdinánd még a lánya, Izabella születése előtt, 1830. március 29-én bocsátott ki. A női trónöröklést a Bourbon-ház trónra léptével (1700) hatályon kívül helyeztek, és a száli franktrónöröklést vezették be. Ez utóbbi értelmében VII. Ferdinánd öccsének, Károlynak kellett volna követnie a trónon a királyt, aki bátyja halála után fellépett a nőuralom ellen, és önmagát tartotta a jog szerinti királynak V. Károly néven. Követőit nevezték karlistáknak.
Mária Krisztina 1832-ben még egy leányt szült, Lujza (1832–1897) infánsnőt.
Legidősebb lányát, Izabellát közvetlenül apja halála után, 1833. szeptember 29-én, háromévesen kiáltották ki királlyá II. Izabella néven, és nevében anyja, Mária Krisztina királyné vette át a régensséget.
Három hónappal VII. Ferdinánd halála után az özvegy királyné 1833. december 28-án titokban rangon aluli házasságot kötött testőrével, Agustín Fernando Muñoz (1808–1873) főnemessel, akit később a mostohaleánya, II. Izabella Riánsares hercegévé nevezett ki. A házasságból nyolc gyermek született, és amikor napvilágra került a hír, nagy felzúdulást keltett.
Mária Krisztina a liberálisokra támaszkodva kormányzott, és 1837-ben egy új alkotmány kibocsátására kényszerült.
1840. október 17-én azonban a régens anyakirálynét lemondatták, aki franciaországi száműzetésbe kényszerült, és Baldomero Espartero (1792–1879) lett a régens, őt 1843. július 23-ánJoaquín María López (1798–1855) váltotta fel a tisztségében, végül pedig a Cortes 1843. november 8-án nagykorúvá nyilvánította a 13 éves királynőt. Ekkor Mária Krisztina is visszatért Madridba, és nyilvánosan is megülte az esküvőjét a korábbi testőrével, Fernando Muñozszal. Izabella lánya 1846. október 10-én a 16. születésnapján feleségül ment elsőfokú unokatestvéréhez, a homoszexuálisBourbon Ferenc cádizi herceghez, aki a házassága révén megkapta a királyi címet, de nem vált társuralkodóvá. Másodszülött lányával, Mária Lujzával kettős esküvőt tartottak, aki egy másik unokatestvérükhöz, Orléans-i Antal francia herceghez, I. Lajos Fülöp francia király egyik fiához ment feleségül.
1854-ben újra menekülnie kellett Spanyolországból, de 1864-ben ismét visszatért az országba.
1868 szeptemberében Juan Prim (1814–1870) és Francisco Serrano (1810–1885) tábornokok felkelése következtében leányát megfosztották trónjától, és II. Izabella III. Napóleon francia császárhoz menekült, formális lemondás nélkül. Unokája, XII. Alfonz1874-ben, a köztársaság bukása után léphetett trónra. Még megérte unokája, XII. Alfonz esküvőjét másik unokájával, Orléans-i Mária de las Mercedes (1860–1878) montpensier-i hercegnővel 1878. január 23-ánMadridban, ahol nagy feltűnést keltett a lánya, a száműzött királynő a megjelenésével. A házasság azonban tragikusan rövid életű lett, és fél évvel az esküvő után meghalt az ifjú spanyol királyné, és nagymamája, Mária Krisztina az ő végzetét is megérte.
Franciaországban, második férjét is túlélve 1878. szeptember 13-án dédnagymamaként halt meg.