Skoki narciarskie zaczął uprawiać w wieku 7 lat, za namową swojego kolegi[3]. Wielokrotnie startował w lokalnych zawodach dziecięcych w obsadzie międzynarodowej rozgrywanych głównie w Niemczech. W rywalizacji juniorskiej nie odniósł jednak większych sukcesów i nigdy nie wystartował w mistrzostwach świata juniorów[4].
W oficjalnych zawodach międzynarodowych rozgrywanych pod egidą FIS zadebiutował w czerwcu 2006 – w Bischofshofen w konkursie FIS Cup zajął 27. lokatę spośród 29 sklasyfikowanych zawodników[4][5]. W sezonie 2008/2009 rozpoczął starty w Pucharze Kontynentalnym. Pierwsze punkty zdobył w grudniu 2008 w Engelbergu, zajmując 20. pozycję[6]. 2 lutego 2010 w Klingenthal zadebiutował w kwalifikacjach do zawodów Pucharu Świata, nie uzyskał jednak awansu do konkursu głównego[7]. W lutym 2011 w Zakopanem po raz pierwszy stanął na podium konkursu Pucharu Kontynentalnego, zajmując drugie miejsce[8].
W sierpniu 2011 po raz pierwszy wystartował w Letnim Grand Prix. W zawodach w Ałmaty zajął 19. miejsce. 30 grudnia 2011 w swoim debiucie w konkursie głównym tego cyklu, Eisenbichler zdobył punkt Pucharu Świata. W rozgrywanym systemem KO konkursie 60. Turnieju Czterech Skoczni w Oberstdorfie po skoku na 111 m uzyskał 43. notę pierwszej serii, ale wyeliminował w bezpośrednim pojedynku Martina Schmitta, dzięki czemu wystartował również w serii drugiej. W sezonie zimowym 2011/2012 dwukrotnie stawał też na podium zawodów Pucharu Kontynentalnego[9].
Lata 2012–2014
Pod koniec sierpnia 2012, podczas skoku treningowego na Schattenbergschanze w Oberstdorfie, tuż po wybiciu z progu, w wyniku zbyt agresywnego wychylenia sylwetki i otrzymania silnego podmuchu wiatru, stracił panowanie nad lotem, wykonał salto w powietrzu i upadł, uderzając plecami w zeskok[10]. W wyniku tego zdarzenia doznał złamania trzeciego kręgu piersiowego, uszkodzenia czterech kolejnych kręgów i czasowo stracił czucie w dolnych partiach ciała, spędzając około miesiąca leżąc. Mimo tak poważnych obrażeń stosunkowo szybko powrócił do zdrowia i wznowił treningi[11], a już w połowie stycznia 2013 powrócił do rywalizacji w zawodach międzynarodowych pod egidą FIS, zajmując 19. pozycję w zawodach Pucharu Kontynentalnego w Bischofshofen[12].
W sezonie 2013/2014, początkowo startował głównie w Pucharze Kontynentalnym. W styczniu 2014 w Sapporo odniósł w tym cyklu dwa zwycięstwa i znalazł się w składzie na konkursy Pucharu Świata rozgrywane tydzień później na tej samej skoczni. W zawodach tych dwukrotnie zajął 8. miejsce. W dalszej części sezonu jeszcze kilkukrotnie zdobył punkty PŚ, a w PK raz zajął miejsce na podium. Wystartował w Mistrzostwach Świata w Lotach Narciarskich 2014, które ukończył na 38. miejscu[13].
Sezon 2014/2015
W Letnim Grand Prix 2014 najwyżej klasyfikowany był na 12. miejscu w zawodach w Hakubie, zaś w Letnim Pucharze Kontynentalnym dwukrotnie zajmował miejsca na podium[14]. W sezonie zimowym 2014/2015 regularnie występował w Pucharze Świata, najczęściej zajmując lokaty w drugiej dziesiątce. Najwyżej sklasyfikowany indywidualnie był na 6. pozycji, którą zajął dwukrotnie: w grudniu 2014 w Engelbergu i w styczniu 2015 w Zakopanem. W lutym wystąpił na Mistrzostwach Świata w Narciarstwie Klasycznym 2015, gdzie zajął 10. miejsce indywidualnie na skoczni dużej oraz 5. w drużynie męskiej[14]. Sezon 2014/2015 Pucharu Świata zakończył na 15. pozycji w klasyfikacji generalnej z 529 punktami[15].
Sezon 2015/2016
W Letnim Grand Prix 2015 najwyżej znalazł się na 15. miejscu, w sierpniowym konkursie w Wiśle. W sezonie zimowym 2015/2016 początkowo startował głównie w Pucharze Kontynentalnym. Po tym, jak na przełomie stycznia i lutego 2016 zwyciężył w konkursie tego cyklu w Bischofshofen i zajął 2. miejsce w Planicy, znalazł się w niemieckiej kadrze na zawody Pucharu Świata. Tu najwyżej klasyfikowany był na 15. miejscu, w lutowych zawodach w Vikersund, poza tym najczęściej zajmując miejsca w trzeciej dziesiątce. W marcu 2016 w Czajkowskim jeszcze raz zwyciężył w konkursie Pucharu Kontynentalnego[16].
W sezonie zimowym 2016/2017 Eisenbichler powrócił do regularnych występów w Pucharze Świata. Rozpoczął go od 7. lokaty w Ruce, a w kolejnych startach zajmował głównie miejsca w pierwszej dziesiątce. 11 grudnia 2016 po raz pierwszy w karierze stanął na podium konkursu indywidualnego Pucharu Świata, zawody w Lillehammer kończąc na 3. miejscu. W styczniu 2017 najwyżej sklasyfikowany był na 4. pozycji, w zawodach w Garmisch-Partenkirchen w ramach 65. Turnieju Czterech Skoczni oraz w Zakopanem, a w lutym na 6. miejscu, w konkursie w Sapporo[17].
W sezonie 2017/2018 Pucharu Świata zajmował naprzemiennie miejsca w pierwszej i drugiej dziesiątce. Raz stanął na podium konkursu indywidualnego – 4 marca 2018 w Lahti zajął 2. pozycję[18]. Sezon zakończył na 10. lokacie w klasyfikacji generalnej z 597 punktami[15]. W styczniu 2018 wystartował w Mistrzostwach Świata w Lotach Narciarskich 2018, gdzie zajął 11. miejsce indywidualnie i 4. w drużynie. W lutym znalazł się w reprezentacji Niemiec na Zimowe Igrzyska Olimpijskie 2018. Wystąpił tylko w konkursach indywidualnych, zajmując 8. miejsce na skoczni normalnej i 14. na dużej[18].
Sezon 2018/2019
W sezonie 2018/2019 Pucharu Świata najczęściej kończył zawody w pierwszej dziesiątce. W ramach 67. Turnieju Czterech Skoczni zajął 2. miejsce w Oberstdorfie oraz Garmisch-Partenkirchen, a następnie był 13. w Innsbrucku i 5. w Bischofshofen[19]. Pozwoliło mu to zająć 2. pozycję w klasyfikacji generalnej turnieju[15]. W lutym 2019 dwukrotnie stanął na podium zawodów lotów narciarskich w Oberstdorfie, zajmując 3. i 2. lokatę, był również 2. w drugim konkursie w Willingen[19].
W Letnim Grand Prix 2019 najwyżej klasyfikowany był na 4. miejscu, w lipcowych zawodach w Wiśle. W Pucharze Świata 2019/2020 osiągał wyniki gorsze niż w trzech poprzednich sezonach, zajmując głównie miejsca w drugiej i trzeciej dziesiątce. Raz stanął na podium – w ramach Raw Air 2020 był 2. w Lillehammer[20]. Sezon zakończył na 23. pozycji w klasyfikacji generalnej z 304 punktami[15].
W dalszej części sezonu regularnie zajmował miejsca w pierwszej dziesiątce indywidualnych zawodów Pucharu Świata. W grudniu 2020 raz stanął na podium – był 2. w drugim konkursie w Engelbergu. W styczniu 2021 był 2. w Zakopanem i 3. w drugim konkursie w Willingen, zaś w lutym był 3. w drugim konkursie w Klingenthal[21].
Wystartował na Mistrzostwach Świata w Narciarstwie Klasycznym 2021. Indywidualnie zarówno na skoczni normalnej, jak i dużej zajął 17. miejsce, zaś w konkursach drużynowych zdobył złote medale: w zespole mieszanym wraz z Kathariną Althaus, Anną Rupprecht i Karlem Geigerem, a w drużynie męskiej z Piusem Paschke, Severinem Freundem i Geigerem. W marcowych zawodach Pucharu Świata w Planicy zajął między innymi 2. i 3. pozycję indywidualnie[21]. Sezon zakończył na 2. miejscu w klasyfikacji generalnej z 1190 punktami, o 382 za Halvorem Egnerem Granerudem. Zajął również 3. pozycję w Pucharze Świata w lotach narciarskich 2020/2021[15].
Sezon 2021/2022
W sezonie 2021/2022 Pucharu Świata zajmował głównie miejsca w pierwszej dziesiątce. W listopadzie 2021 dwukrotnie ukończył zawody w Ruce na 2. pozycji. W grudniowych konkursach cyklu najwyżej klasyfikowany był na 4. lokacie. W ramach 70. Turniej Czterech Skoczni zajął 2. miejsce w Garmisch-Partenkirchen, a w styczniu 2022 jeszcze dwukrotnie stanął na podium zawodów indywidualnych Pucharu Świata – w obu konkursach w Titisee-Neustadt zajął 3. pozycję. Wystąpił na Igrzyskach Olimpijskich 2022. Indywidualnie zajął 31. miejsce na skoczni normalnej oraz 5. na dużej, a w drużynie męskiej, wraz z Constantinem Schmidem, Stephanem Leyhe i Karlem Geigerem, zdobył brązowy medal[23].
W sezonie 2022/2023 Pucharu Świata najczęściej zajmował lokaty w pierwszej i drugiej dziesiątce. Raz stanął na podium indywidualnego konkursu cyklu – 22 stycznia 2023 w Sapporo zajął 3. miejsce[24]. W klasyfikacji generalnej sezon ukończył na 15. pozycji z 607 punktami[15]. Wystąpił na Mistrzostwach Świata w Narciarstwie Klasycznym 2023. Indywidualnie był 13. na skoczni normalnej i 5. na dużej, w drużynie męskiej również zajął 5. pozycję[24].
Sezon 2023/2024
W sezonie zimowym 2023/2024 ani razu nie wystąpił w Pucharze Świata. W początkowych konkursach Pucharu Kontynentalnego 2023/2024 najwyżej klasyfikowany był na 14. miejscu i na początku stycznia 2024 wycofał się ze startów. Do cyklu powrócił pod koniec lutego i w pozostałej części sezonu pięciokrotnie stanął na podium, w tym dwa razy na jego najwyższym stopniu[25].