A vasutat 1897. december 19-én nyitották meg. Jelenleg a helyiérdekű vasút ötven kilométeres pályájából 13 kilométer Magyarországon, a többi Ausztriában található. A magyarországi szakaszon a forgalom csekély, az osztrák szakaszon nagyobb regionális ingázó forgalmat bonyolítanak le a burgenlandi településekből Bécs felé. A Fertővidéki HÉV 19. századi jogi státusát gyakorlatilag a trianoni békeszerződés konzerválta. Ma a vasúttársaságban az osztrák államnak 50,1%, a burgenlandi tartománynak 49,9% üzletrésze van.[1]
A vasút villamosítása 2003-ban kezdődött és szakaszosan 2004. április közepéig került átadásra. A szakaszt a Magyarországon szokásos 25 kV/50 Hz rendszerben építették ki, ami szokatlan Ausztriában, viszont a pályát az ÖBB szerelvényei is használják.
Napjainkban
A FHÉV formálisan önálló vállalat egy-egy osztrák és magyar társasággal, a vasút üzemeltetését a Győr-Sopron-Ebenfurti Vasút végezi a kezdetektől fogva, jelenleg többnyire az ÖBB-től bérelt villamos Talentmotorvonatokkal és ingavonatokkal. A vonalat 2004-ben végig villamosították25 kV 50 Hz áramrendszerrel. 2015-ben a GYSEV megvásárolta az osztrák Fertővidéki HÉV Kft-től a magyarországi FHÉV Zrt. összes részvényét, valamint a magyarországi pályaszakasz tulajdonjogát.[2]2014-ben 5 db Siemens Desiro ML motorvonatra szerződtek 32 millió euró értékben, amelyek 2016 szeptemberétől kezdődően többek között a Bécs–Pomogy (Pamhagen) vonalon is szolgálatba álltak.[3]2020. április elején megkezdték a Fertőszentmiklós és Fertőújlak / országhatár közötti pálya teljes modernizációját, amit az év október 14-én adták át.[4] A 10,2 kilométer hosszú vonalszakasz átépítése miatt április 9-e és június 2-a között teljes kizárásos vágányzár lépett életbe, így nem közlekedhettek vonatok az érintett szakaszon. A munkálatok során új, rezgéscsillapító tulajdonsággal is rendelkező, LM-S jelű vasbeton keresztaljakat és szintén új, UIC54 rendszerű síneket építettek a vasúti pályába a szakemberek. A munkálatoknak köszönhetően a pályasebesség száz kilométer per órára emelkedett az érintett szakaszon. Kilenc helyszínen átépítették a vonalat keresztező vasúti átjárókat, és két átjáróban átalakították vagy kiépítették a biztosítóberendezéseket. Fertőszéplak-Fertőd megállóhelyen 55 centiméteres magasperon épült. Esőbeálló is készült, kiépítették a térvilágítást és a vizuális utastájékoztató rendszert. Az autóval érkezőket a megálló mellett P+R parkoló várja, a kerékpárosok pedig fedett B+R kerékpártárolóban hagyhatják biciklijüket.[5]
2020. december 13-ától Fertőszentmiklós és Pomogy között minden vonat kalauz nélkül közlekedik, a jegyváltás így minden esetben csak elővételben lehetséges.[6]
A vönöcki vasúti baleset1942. június 30-án következett be. Ez volt a GYSEV történetének legsúlyosabb balesete. A CelldömölkrőlSopronba tartó BCmot 16 pályaszámú motorkocsiból és két mellékkocsija szinte fékezés nélkül belerohant a nyílt pályán, Vönöck állomás bejárati jelzője előtt álló vegyesvonatba. A baleset a szerelvény megfékezettségének hiánya miatt következett be, mivel a mellékkocsikat Celldömölkön nem kötötték be a főlégvezetékbe. A tragédiának 80 sérültje és négy halottja volt.