Ordonnéprêtre le pour le diocèse de Versailles, il se consacre d'abord aux jeunes par le biais de l'aumônerie de l'ensemble des collèges et lycées de Versailles de 1975 à 1980. Il est ensuite responsable du service diocésain des aumôneries de l’enseignement public et aumônier des étudiants de Versailles jusqu'en 1985, avant de poursuivre cette responsabilité au niveau national comme secrétaire de la commission épiscopale de l’enseignement catholique et directeur du Centre national de l’enseignement religieux (CNER) jusqu'en 1993. Il y dirige la rédaction de plusieurs ouvrages catéchétiques.
Revenu dans le diocèse de Versailles, il assume des responsabilités paroissiales comme curé de la paroisse Sainte-Pauline du Vésinet puis de celle d’Élancourt-Maurepas jusqu'en 1999.
Sur le plan de la communication, après avoir été directeur du centre de presse des Journées mondiales de la Jeunesse (JMJ) à Paris en 1997, il est nommé vicaire épiscopal chargé de la pastorale de la communication pour le diocèse de Versailles jusqu'en 1999. Il se fait surtout connaître du grand public comme secrétaire général adjoint et porte-parole de la Conférence des évêques de France de 1999 à 2001, puis secrétaire général de cette conférence de 2001 à 2007.
Le , il est élu membre du comité études et projet de la Conférence des évêques de France pour un mandat de trois ans[1], et est réélu à ce poste en 2011[2].
En , Lalanne est chargé par le pape d'une visite apostolique dans le diocèse de Strasbourg.
Le , il est nommé commissaire apostolique de l'Oratoire de France à la suite d'une « visite apostolique demandée après que plusieurs plaintes sont parvenues à Rome visant l'Oratoire de France »[7].
Le , sa démission pour raison d'âge est acceptée. Benoît Bertrand, évêque de Mende, prend sa succession[8].
Stanislas Lalanne se prononce en faveur d'une « catéchèse de l'actualité » qui rejoigne les jeunes dans leur quotidien avec de véritables événements qui soient pour les jeunes des « temps fondateurs », comme les JMJ[10].
Sur la pédophilie
En , invité sur l'antenne de Radio chrétienne francophone (RCF) à répondre à une question sur la pédocriminalité, il indique que celle-ci est une faute mais « ne sai[t] pas si on peut parler de péché à proprement parler »[11]. Face au tollé suscité par ces propos, il revient sur l'antenne dans les jours suivants en précisant qu'il n'y a pas dans ses propos de « banalisation de la pédocriminalité »[12], il précise en effet que « la pédophilie est un péché objectivement grave » mais que pour chaque cas se pose la question du « degré de conscience et donc de responsabilité de celui qui commet des actes aussi atroces »[13].
