Son premier ministère est à la paroisse Sainte-Thérèse-Sainte-Famille de Béziers, ainsi que dans l'aumônerie de l'enseignement public de la même ville ; il reste à ce poste de 2001 à 2005. De 2005 à 2007, il dessert la paroisse Mère Teresa. Entre 2007 et 2011, il est au service du séminaire Saint-Cyprien de Toulouse ; à partir de 2011, il revient au service du diocèse de Montpellier[2], où il est nommé Vicaire général[3]. En parallèle, de 2009 à 2015, il est aumônier national des louveteaux et jeannettes des Scouts et Guides de France[2].
À la suite de la démission de Jean-Pierre Ricard, pour raison d'âge, de sa charge pastorale d'archevêque de Bordeaux, il est élu, le , administrateur diocésain par le Collège des consulteurs du diocèse de Bordeaux. Il assure la gestion temporaire du diocèse jusqu'à la nomination par le pape François de Jean-Paul James comme nouvel archevêque de Bordeaux, installé le .
Le il est nommé administrateur apostolique du diocèse de Montauban après la démission pour raison d'âge de l'évêque Bernard Ginoux. Cette situation est provisoire avant la nomination d'un nouvel évêque diocésain[5] et Bertrand Lacombe continue d'être archevêque d'Auch. Cette fonction cesse le , date à laquelle est installé Alain Guellec.
