Il a été ordonné prêtre le pour l'archidiocèse de Paris.
Il a commencé son ministère sacerdotal dans les aumôneries d'étudiants, en particulier auprès des universités parisiennes de Jussieu, Censier et de la Sorbonne. Il a ainsi été directeur de 1969 à 1979 du « Cep », aumônerie des étudiants de Paris et successeur du centre Richelieu.
Il prend ensuite des responsabilités au niveau diocésain, comme premier directeur de Radio Notre-Dame, comme responsable de la catéchèse et de la pastorale sacramentelle de 1984 à 1990.
Après avoir été installé évêque titulaire de Chartres le , il est nommé évêque coadjuteur du diocèse de Tarbes et Lourdes le avant d'en devenir l'évêque le .
Au sein de la conférence des évêques de France, il a été membre du Comité permanent pour l'information et la communication et préside actuellement le comité « Études et projets ».
Ayant atteint la limite d'âge en 2012, sa démission est acceptée par le pape Benoît XVI le de cette même année.
Il est depuis 2015 l'un des conseillers théologiques du site Questions Aleteia pour lequel il contribue régulièrement en tant qu'auteur et spécialiste[réf. souhaitée].
En 2020, il est l'auteur de la récente biographie d'Edmond Michelet, il a consacré plusieurs années à investiguer sur le « premier Résistant de France », survivant du camp de Dachau[1].
Prise de positions
Discours de Ratisbonne du pape Benoît XVI
À la suite de la polémique soulevée par le discours du pape Benoît XVI prononcé le lors de sa visite à l'université allemande de Ratisbonne une vive polémique a été reprise dans les médias lui attribuant des propos blessants pour les musulmans. Jacques Perrier, dans un communiqué publié dès le , s'est étonné d'une si vive polémique de la part de personnes qui, pour la plupart, n'ont pas eu la curiosité de lire le texte incriminé, attribuant au pape des citations datant de six siècles qu'il critiquait lui-même[2].
Vis-à-vis de la SNCF
Durant l'été 2006, il s'est inquiété de la baisse de la qualité de service de la société de transport ferroviaire français par laquelle transitent chaque année 100 000 pèlerins qui se rendent à Lourdes, que ce soit en termes d'horaires et de retard. Il appréhende un repli de nombreux pèlerins vers le transport routier, bien plus polluant[3].
Anecdotes
Visites papales
Comme évêque du diocèse de Tarbes et Lourdes, Jacques Perrier a accueilli deux papes à Lourdes :
le pape Jean-Paul II, déjà très affaibli, venu en pèlerinage le pour son dernier voyage[4],
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