Burundi participou por vez primeira nos Xogos Olímpicos en 1996, e dende entón enviou deportistas para competir en cada edición dos Xogos Olímpicos de Verán. O país nunca participou nos Xogos Olímpicos de Inverno.
Vénuste Niyongabo gañou unha medalla de ouro en atletismo nos Xogos de 1996, e Francine Niyonsaba engadiu unha prata 20 anos máis tarde.
O Comité Olímpico Nacional de Burundi foi creado en 1990 e foi recoñecido polo Comité Olímpico Internacional en 1993.