Sous la présidence de Jacques Chirac, il intègre dès sa nomination en 2005 le cabinet du ministre de la Justice Pascal Clément comme conseiller du garde des Sceaux pour les affaires pénitentiaires[6]. Il quitte ses fonctions en 2007 pour retourner à la direction de l'Administration pénitentiaire comme sous-directeur des personnes placées sous main de justice[7].
En , il est choisi par Éric Dupond-Moretti pour succéder à Stéphane Bredin comme directeur de l'Administration pénitentiaire[13]. Le ministre explique avoir voulu « que cette grande direction, habituellement confiée à un préfet ou à un magistrat, soit pour la première fois dirigée par un membre de l'administration pénitentiaire »[14]. L'annonce de sa nomination a été saluée par les organisations syndicales représentant les directeurs des services pénitentiaires[15]. Nommé en conseil des ministres, il prend ses fonctions le [16].
Dès sa prise de poste, il annonce l'élaboration d'un plan de lutte contre les violences en prison prenant appui sur une analyse du phénomène et un retour d'expériences des dispositifs existants[17]. Il participe en ce sens aux 6es journées internationales de la recherche en milieu pénitentiaire organisées par l'Énap les 23 et sur le thème de la violence en prison[18]. Le , le ministère de la Justice publie finalement un plan national de lutte contre les violences déclinant « 100 mesures concrètes permettant d’agir sur les pratiques quotidiennes afin de combattre toutes les formes de violences (verbales, physiques, matérielles, institutionnelles) », en prison mais également dans les SPIP[19].
Auditionné par la commission affaires sociales et santé du Conseil économique, social et environnemental en , il déclare que « les politiques pénitentiaires doivent cesser d'être évaluées par les faits divers » et qu'il s'agit au contraire de construire un dispositif d'évaluation au long terme pour « cesser de réagir par à-coups uniquement en fonction de [ces derniers] »[20].
↑Maugan Rambour, « Prisons : le gouvernement lance un plan national de lutte contre les violences en milieu pénitentiaire », Le Journal du dimanche, (lire en ligne)