W młodości interesował się tenisem stołowym, a później piłką nożną. Koszykówkę zaczął trenować w wieku 15 lat[1]. Pierwsze sukcesy Kukoč odniósł występując jako zawodnik Jugoplastiki Split, z którą trzykrotnie z rzędu zwyciężył w Eurolidze w latach 1989-1991. Po transferze do ligi włoskiej występował przez 2 lata w klubie Benetton Treviso, zdobywając tytuł mistrza Włoch. Grając w drużynach reprezentacyjnych zdobył mistrzostwo świata juniorów (1987) i seniorów (1990) w barwach Jugosławii oraz dwukrotnie wicemistrzostwo olimpijskie - w 1988 w Seulu dla Jugosławii i w 1992 w Barcelonie dla Chorwacji. W czasie gry w Europie Toni Kukoč trzykrotnie został uznany za najlepszego gracza starego kontynentu.
Kukoč został wybrany w drafcie NBA przez Chicago Bulls już w 1990, ale zadebiutował w lidze amerykańskiej dopiero w 1993, kiedy klub opuścił Michael Jordan. Po pierwszych dwóch latach wybornej gry indywidualnej, ale bez sukcesów dla klubu, przyszły lata 1996-1998, kiedy – po powrocie Jordana – Chicago, drugi raz w historii klubu, trzykrotnie z rzędu zdobyło mistrzostwo ligi. Kukoč, nie występując w pierwszej piątce, ale bez wątpienia będąc podporą drużyny, w 1996 otrzymał nagrodę dla najlepszego rezerwowego ligi (NBA Sixth Man of the Year Award). Rok później zajął drugie miejsce w głosowaniu na najlepszego „szóstego” zawodnika ligi[2].
Po rozpadnięciu się mistrzowskiego składu w 1998, Toni został w Chicago jedynym, obok Rona Harpera, wartościowym zawodnikiem. Mimo wysokich statystyk Toniego klub znacząco spadł w rankingach. Kukoč w trakcie następnego sezonu został sprzedany do Philadelphia 76ers, a następnie do Atlanta Hawks i w końcu do Milwaukee Bucks, gdzie w 2006 zakończył karierę.