בקונגרס השתתפו כ-700 צירים מ-18[1] ארצות[2] הוא אופיין באווירת האבל ותחושת האובדן על מותו של הרצל ובוויכוחים מרים בין "ציוני ציון" התומכים בתוכנית בזל המקורית ובין התומכים בפתרון טריטוריאלי אחר לבעיות העם היהודי.
בישיבת הפתיחה החגיגית נשא מקס נורדאו, שנבחר ליושב ראש ולנשיא הקונגרס, נאום הספד מרגש על הרצל. אוטו ורבורג הציע לנטוע יער לזכרו של הרצל באזור חולדה. ראשי הציונות המדינית, ובראשם מקס נורדאו, הציעו לבחור בד"ר דוד וולפסון, ידידו הקרוב ועוזרו האישי של הרצל שיירש את מקומו. בקונגרס כיהן מקס נורדאו כנשיא ודוד וולפסון נבחר באופן רשמי לסגן היושב ראש של הקונגרס וכיושב ראש הוועד הפועל.[3]
הימים הראשונים של הקונגרס עמדו בסימן המחלוקת העזה בין ציוני ציון ובין תומכי תוכנית אוגנדה. ההצעה לבחור את מנחם אוסישקין, מנהיג ציוני ציון לנשיאות הקונגרס התקבלה בהפרעות ובמהומה רבתי. גם בימים הבאים נמשכו הוויכוחים העזים בשאלה, האם יש לבקש מאנגליה טריטוריה חליפית לאוגנדה או לשלול לחלוטין כל פניה כזו. הדיונים לווו בקריאות רמות וברקיעות רגליים, והגיעו, לפי דיווחים, לתגרות ידיים במסדרונות,[4] עד שהיושב ראש נאלץ למנות עוד 30 סדרנים.[5] בעקבות ההחלטה לדבוק בתוכנית בזל פרשו הטריטוריאליסטים אשר תמכו בתוכנית אוגנדה, מההסתדרות הציונית. התנועה, שבראשה עמד ישראל זנגוויל, טענה כי מצבם החמור של היהודים בעולם מחייב למצוא בהקדם טריטוריה שבה יוזכו היהודים בביטחון ויוכלו לחיות חיים אוטונומיים. עם זנגוויל פרש מהתנועה גם ישראל יסינובסקי, מראשי התנועה הציונית בוורשה. נחמן סירקין פרש בראש קבוצה קטנה של ציונים סוציאליסטים.
בימים האחרונים של הקונגרס הועלו גם שאלות שעסקו בעבודת ההווה - משימות התנועה הציונית בארץ ישראל וגם ברחבי הגולה. נושאים שעד אז כמעט ולא הועלו מכיוון שתומכי הציונות המדינית סירבו קודם לעסוק בהתיישבות בא"י מתוך התנגדות לציונות המעשית שעלולה לפגוע במאמצים המדיניים, והרוב שהסתייג מפעילות לטובת היהודים בגולה מתוך שלילה מוחלטת של הגלות. בדיונים הועלה הצורך להרחיב את פעולות החינוך וההסברה של התנועה בכל מקום וגם להתערב במעמדם החוקי של היהודים. נושאים אלה הפכו למוקד הדיונים בועידת הלסינגפורס שהתכנסה ב-1906.
בקונגרס הועלת שאלת ה"קולטורה" שעד אז הרצל נמנע ממנה מחשש מקונפליקט עם הדתיים. אוטו ורבורג העלה בנאומו את הצורך לקדם "עבודות קולטוריות" בארץ ישראל, כמו הקמת מוזיאון עברי, בית ספרים עברי ובית מדרש עליון (קרי: אוניברסיטה). הוא טען שיש לחזק את היישוב היהודי בארץ ישראל, בעיקר את דלת העם, על ידי חינוך ויצירת מקורות פרנסה והציע יצירת מרכז לתרבות יהודית בארץ ישראל. התכנית שהיו שותפים לה אפרים משה ליליאן, הרמן שטרוק, וזליג סוסקין ראתה ביישוב א"י ובעידוד היישוב היהודי בה – באמצעות פיתוח האמנות – משימה עליונה ודרך לשחרר את היישוב היהודי מכספי "החלוקה" לטובת דרך של יצרנות ועצמאות כלכלית. התכנית שאותה קידם בוריס שץ זכתה לתמיכה רחבה ובעקבותיה הוקם "בצלאל".
אוסישקין העלה את הצורך בחקירה מקפת של ארץ ישראל, עידוד רכישת קרקעות בארץ ועידוד תעשייה. כתב העיתון הזמן, המדווח על הקונגרס, מציין את נאומה של מרת זגיגרודסקיה, המתגוררת בא"י, שהוא מכנה אותה " הבריינדלה קוזק"[6] של המפלגה הציונית. עיתון הצפירה מציין כי היא עלתה לבמה לקול מחיאות כפיים, העלתה נקודות ביקורת חשובות לנאומו של ורבורג, הציעה לכונן שווקים לתבואה מארץ ישראל והביאה לדוגמה את מצרים, המייבאת תבואה מהארץ.
מהחלטות הקונגרס
בקונגרס הוחלט כי "תוכנית בזל" שרירה וקיימת ואין לעסוק בשום פעולת התיישבות מחוץ לתחומי ארץ-ישראל. ונדחתה תוכנית אוגנדה[7]
הוחלט להגביר את הפעילות בארץ ישראל, הגברת פיתוח תוכניות להכשרת קרקע והגברת ההתיישבות הציונית בארץ ישראל.
התנועה הציונית מאמצת את "עבודת ההווה" עקב צרכים של יהודי אירופה (אנטישמיות ופוגרומים) הדורשים פתרון מיידי ואינם מסתפקים בפתרון המוצע בתוכנית בזל שהיא פתרון לטווח ארוך
הקונגרס החליט לקחת תחת חסותו את "הבית הנאמן" ולהפכו לבית הספרים הלאומי ולשם כך הקציב 4000 פרנק בשנה.
על פי הצעת ורבורג הוחלט להקציב למשפחתו של הרצל 4000 כתר בכל שנה לתקופה של עשר שנים.
^על ףי עיתון "הזמן" הצירים נחלקו על פי הארצות שייצגו כדלהלן: רוסיה 500, אנגליה 40, אוסטריה, 35, גרמניה 31, דרום אפריקה 30, רומניה20, ארץ ישראל, 8, איטליה 6, שווייץ 6, צרפת 4, סרביה 4, בולגריה 4, הולנד 3, בלגיה 3, ארגנטינה 1, אוסטרליה 1, חינה (סין) 1. (ישנם מקורות המדברים על מספר גדול יותר של סך צירי הקונגרס)
^על פי השבועון The Nation - הלאום מ-3 באוגוסט 1905
^בקונגרס היהודי השמיני, שנערך בהאג ב-1907, כבר התקבל וולפסון כאחד ממנהיגיה הבלתי מעורערים של התנועה ונבחר לנשיאה. הוא כיהן כנשיא הקונגרס עד פרישתו בשנת 1911.