מלבד הצירים המשתתפים (אחד מהם הלך ברגל 42 יום מבולגריה), נכחו בקונגרס גם משקיפים רבים, ביניהם גם מרגלים רוסים וטורקים. אף אחד מהצירים לא ידע עד אז על הצעת אוגנדה.[1]
במרכזו של הקונגרס עמד הפולמוס ודיונים סוערים ונוקבים על תוכנית אוגנדה, שהוצעה על ידי ממשלת בריטניה להרצל, ליישוב יהודים באוגנדה (כיום שטח בקניה) על ידי התנועה הציונית. לבסוף הועמדה הצעת החלטה מתונה. הוחלט כי תשלח לאוגנדה משלחת חקר לבדיקת אפשרויות ההתיישבות בה. הרצל הסביר כי תמיכתו בתוכנית אוגנדה היא בעקבות פרעות קישינב, רדיפות היהודים במרוקו ותנועת הגירה-בריחה של המוני יהודים ממזרח אירופה לארצות מערב אירופה ואמריקה. הרצל עמד על הצורך במקלט טריטוריאלי מידי, ולו ארעי, למיליוני יהודי אירופה, שלהם חזה עתיד נורא. הוא הסביר לבאי הקונגרס, צירים, אורחים ועיתונאים, כי לא נמצא פתרון מדיני, חרף המאמצים הגדולים של הנהגת התנועה הציונית, למיליוני העם היהודי למוד הסבל והרדיפות האנטישמיות, כשבעה מיליון נפשות, לפי האומדנים, בארצות מזרח ומרכז אירופה, והם "משוללי-זכויות, ששוב התחילו רועדים מפחד".
הקונגרס השישי נקרא לימים "קונגרס הדמעות", על שם הסערה הרגשית העצומה שעוררה ההצעה.[2]לאון טרוצקי, שישב ביציע העיתונות, צפה התמוטטות קרובה של התנועה הציונית. "אומרי הלאו" התכנסו לישיבה סגורה באולם אחר, שנמשכה עד מאוחר בלילה, לאחר נעילת המליאה. לדברי יעקב דה האז, אנשים ישבו "על הרצפה, מתאבלים בנוסח המסורתי על חורבן ירושלים". הרצל שמע על הישיבה ההפגנתית וחזר מבית המלון אל הקונגרס. הוא דפק על הדלת הנעולה וביקש להיכנס. אחד הנוכחים בחדר צעק לעברו: "בוגד". נערכה הצבעה והוחלט להניח לו להיכנס. הוא ניגש לדוכן הנואמים וניסה לשכנע את המתנגדים. בשעה 2:00 בלילה החליטו המשתתפים לחזור למקומותיהם בישיבת הבוקר של הקונגרס.[3]
הרצל הבין את ההתנגדות הגדולה שקמה לתוכנית אוגנדה בקרב התנועה הציונית, וסיים את דבריו בנאומו האחרון בקונגרס (והאחרון בחייו; נפטר כשנה אחריו) בהכריזו מתוך ספר תהילים, פרק קל"ז, פסוק ה': "אם אשכחך ירושלים תשכח ימיני".
הקונגרס הציוני השישי היה הראשון שהסתיים בשירת התקווה ומאז ואילך זה הפך לנוהג מקובל[4].
לקריאה נוספת
אריה צנציפר (רפאלי), פעמי הגאולה, תל אביב: הוצאת נ. טברסקי, 1951, עמ' 120–122.
מיכאל היימן (עורך), מפתח השמות והעניינים לפרוטוקולים של הקונגרס הציוני השישי, בזל, 28-23 באוגוסט 1903, (הוכן בידי מנפרד וינקלר ומשה שרף), תל אביב: אוניברסיטת תל אביב, המכון לחקר הציונות על שם חיים ויצמן, 1979.
יחיאל צ'לנוב, ציון ואפריקה בקונגרס השישי, (מוסקבה 1905), בתוך: ספר יחיאל צ'לנוב, תל אביב תרצ"ז.