Urodził się w Maladze[7] w rodzinie rzymskokatolickiej jako syn nauczycielki doñi Any Banderas (zm. 4 listopada 2017 w wieku 84 lat[8]) i policjanta Guardia Civil José Domíngueza (zm. 2 lutego 2008 w wieku 87 lat). Dorastał wraz z młodszym bratem Francisco Javiarem Banderasem „Chico”.
Początkowo chciał zostać zawodowym piłkarzem, ale zakończył treningi po tym, jak w wieku 14 lat złamał nogę[9]. Kiedy rok później zobaczył na scenie musical Hair, postanowił, że zostanie aktorem. W 1974 ukończył School of Dramatic Art w Madrycie[10].
Kariera
Opuścił szkołę i w wieku 19 lat udał się do Madrytu w celu rozpoczęcia kariery w hiszpańskim przemyśle filmowym. W 1980 związał się z hiszpańskim Teatrem Narodowym[11]. Z powodu cenzury politycznej za rządów Francisco Franco został aresztowany przez hiszpańską policję za udział w sztuce Bertolta Brechta i całą noc spędził na policji[12]. Podczas pracy z małym zespołem teatralnym, z którym dawał występy na ulicy, miał trzy lub cztery takie aresztowania. Dorabiał jako kelner, pracował w sklepie i małym kinie La Movida Madrileña, a także jako model (174 cm wzrostu)[13] dla firmy Ralph Lauren i domu mody Gucci.
Po debiucie na scenie w sztuce Los Tarantos (1981) i na ekranie w filmie Sztuczne rzęsy (Pestanas postizas, 1982), zagrał w pięciu obrazach Pedro Almodóvara: komedii Labirynt namiętności (Laberinto de pasiones, 1982) u boku Imanola Ariasa, dreszczowcu Matador (Matador, 1986) z Carmen Maurą jako nadpobudliwy i wrażliwy Ángel Giménez, melodramacie Prawo pożądania (La Ley del Deseo, 1987) w roli heteroseksualnego wdającego się w miłość homoseksualną nieprzewidywalnego Antonia Beníteza, komediodramacie Kobiety na skraju załamania nerwowego (Mujeres al borde de un ataque de nervios, 1988) jako słodki Carlos oraz dramacie kryminalnym Zwiąż mnie (¡Átame!, 1990) w roli zdesperowanego Ricky’ego.
27 lipca 1987 poślubił Anę Lezę, z którą rozwiódł się w 1996. 14 maja 1996 ożenił się z Melanie Griffith, z którą ma córkę Stellę del Carmen (ur. 24 września 1996 w Marbella)[14]. Jest ojczymem Alexandra Bauera i Dakoty Mayi Johnson. 4 grudnia 2015 doszło do rozwodu[15].
Został honorowym legionistą Hiszpańskiej Legii Cudzoziemskiej i przez kilka lat w każdy Wielki Czwartek brał udział w ceremonii Traslado del Cristo de la Buena Muerte, podczas której legioniści wynosili ze swojego kościoła garnizonowego w Maladze na wyprostowanych dłoniach potężny krucyfiks, śpiewając hymn Legii „El novio de la muerte”[16].