Alla competizione parteciparono 144 squadre suddivise in nove gironi da 16 società. Erano in palio nove posti per il nuovo torneo di Terza Serie che l'anno successivo avrebbe dovuto essere inaugurato dalla Lega Nazionale, cioè uno ciascuno per ogni capolista. Le ultime cinque classificate di ogni raggruppamento sarebbero state invece retrocesse nelle leghe regionali. Le società intermedie sarebbero invece rimaste affiliate alla Lega Interregionale Nord, il cui torneo avrebbe cambiato nome in campionato di Promozione. Il Caso Napoli scoppiato nell'estate 1948 comportò però esiti più bonari: le migliori due di ogni girone furono iscritte alla Serie C della Lega Nazionale insieme ad altre tre ripescate, mentre le retrocesse ordinarie nelle leghe regionali furono ridotte a tre unità per raggruppamento.
Due punti a vittoria, uno a pareggio, zero a sconfitta.
Sanremese fu poi riammessa discrezionalmente in Serie C fra le otto elette del Caso Napoli.
Canelli non iscritta al campionato successivo.
Girone B
Aggiornamenti
Il Calcio Cilavegna, in difficoltà economiche ha preferito iscriversi in Prima Divisione lombarda; al suo posto è stato riammesso il retrocesso Bressana.
La Gerli di Cusano Milanino, in difficoltà economiche ha preferito iscriversi in Prima Divisione lombarda; al suo posto è stato riammesso il retrocesso Esperia-Fino.
Anche il retrocesso Cantù è stato riammesso in terza serie.
Due punti a vittoria, uno a pareggio, zero a sconfitta.
Esperia non iscritta al campionato successivo.
Sondrio, inizialmente retrocesso in Prima Divisione, fu poi ammesso in Promozione.
Girone F
Aggiornamenti
L'Associazione Sportiva Falco di Albino è rimasta inattiva (rimarrà in questo stato fino al 1949, perdendo di conseguenza il titolo sportivo); al suo posto è stata riammessa la retrocessa Unione Sportiva Ardens, che ha garantito il pagamento del deposito cauzionale e le tasse gara.
Due punti a vittoria, uno a pareggio, zero a sconfitta.
Note
A parità di punteggio le squadre furono normalmente classificate a pari merito, mentre i regolamenti dei campionati redatti dalla F.I.G.C. per questa e per le successive stagioni prevedevano che, trovandosi necessità di attribuire qualsiasi titolo sportivo di promozione o retrocessione, si procedesse a disputare uno o più spareggi in campo neutro.