1992-ben a Délszláv háború idején kizárták valamennyi versenysorozatból, az ország pedig felbomlott. 1994-ben a kizárást feloldották és megalakult a Szerbia és Montenegró-i labdarúgó-válogatott (ekkor még a Jugoszláv Szövetségi Köztársaság válogatottjaként).
1929-ben az országot Jugoszláviára nevezték át, így a labdarúgó-szövetség is új nevet kapott: Fudbalski Savez Jugoslavije. Az új székhelye Belgrád lett. Részt vettek a történelem legelső labdarúgó-világbajnokságán, ahol a negyedik helyen végeztek. A csoportban 2–1-re legyőzték Brazíliát.
A sikeres 1948-as olimpiát követően kijutottak az 1950-es világbajnokságra. A tornát Svájc 3–0-s és Mexikó 4–1-es legyőzésével kezdték, de a Brazíliától elszenvedett 2–0-s vereség miatt csak a második helyen végeztek a csoportban és nem jutottak tovább. Ez volt az egyetlen világbajnokság, amikor a négy csoportgyőztes körmérkőzéses rendszerben döntötte el a világbajnoki cím sorsát.
Az 1954-es világbajnokság csoportkörében 1–0-ra verték Franciaországot, Brazília ellen pedig hosszabbítás után játszottak 1–1-et. A negyeddöntőben az NSZK-tól kaptak ki 2–0 arányban.
Az 1958-as világbajnokságonSkóciával (1–1), Franciaországgal (3–2) és Paraguayjal (3–3) kerültek egy csoportba. A negyeddöntőben –akárcsak négy éve– az NSZK-tól kaptak ki 1–0-ra.
Az 1960-as év a jugoszláv válogatott történetének legsikeresebb éve volt. Az első ízben megrendezett Európa-bajnokságon (akkori nevén: Európai nemzetek kupája) fordulatos mérkőzésen 5–4-re legyőzték a házigazda Franciaországot és bejutottak a döntőbe. A Szovjetunió ellen Milan Galić góljával ugyan megszerezték a vezetés, de végül hosszabbítás után 2–1 arányban alulmaradtak. Az 1960-as római olimpián megszerezték az aranyérmet, miután a döntőben 3–1-re legyőzték Dániát.
Az 1962-es chilei világbajnokságon a Szovjetunió ellen egy 2–0-s vereséggel nyitottak. Uruguayt 3–1-re, Kolumbiát 5–0-ra verték. A negyeddöntőben immáron harmadik alkalommal is az NSZK ellen kellett pályára lépniük. Korábban kétszer is vesztesként jöttek ki a párharcból, de ezúttal a jugoszlávok győztek 1–0 arányban. Az elődöntőben Csehszlovákia 3–1-gyel bizonyult jobbnak, így Jugoszlávia számára maradt a bronzmérkőzés, melyet a házigazda Chile ellen 1–0-ra elveszítettek.
Az 1968-as Európa-bajnokság elődöntőjében Dragan Džajić góljával 1–0-ra verték Angliát. A döntőben Olaszország ellen hosszabbítást követően 1–1-es döntetlen született. A szabályok értelmében újrajátszották a találkozót, melyet az olaszok nyertek 2–0-ra, így ők lettek az Európa-bajnokok.
Az 1972-es Európa-bajnokságról lemaradtak, de kijutottak az 1974-es világbajnokságra. A tornán Brazília ellen kezdtek egy 0–0-s döntetlennel. Zairét 9–0-ra verték, amely a világbajnokságok történetének egyik legnagyobb arányú győzelme. Skóciával a harmadik mérkőzésükön 1–1-es döntetlent játszottak. A második csoportkörben az NSZK-tól 2–0-ra, Lengyelországtól és Svédországtól egyaránt 2–1-re kaptak ki.
Jugoszlávia volt az 1976-os Európa-bajnokság házigazdája. A négycsapatos torna elődöntőjében az NSZK (2–4), a bronzmérkőzésen pedig Hollandia (2–3) ellen szenvedtek vereséget hosszabbítás után, így a negyedik helyen zártak. Az 1978-as világbajnokságra és az 1980-as Európa-bajnokságra nem sikerült kijutniuk.
Az 1984-es Európa-bajnokságot három vereséggel zárták: Belgium (0–2), Dánia (0–5), Franciaország (2–3). Ez volt az utolsó Európa-bajnokság, melyen a jugoszláv válogatott részt vett.
Az 1986-os világbajnokság és az 1988-as Európa-bajnokság sikertelen selejtezői után az 1990-es világbajnokságra kijutottak. A sikeres szereplésre bizakodást adott az 1987-ben ifjúsági világbajnoki címet szerző válogatott, melynek tagjai közül többen is részt vettek az olaszországi tornán. A vb-t az NSZK elleni 4–1-es vereséggel kezdték. Kolumbiát 1–0-ra, az Egyesült Arab Emírségeket pedig 4–1-re győzték le. A nyolcaddöntőben Spanyolországot hosszabbításban 2–1-re verték. A negyeddöntőben Argentína ellen a rendes játékidőt és a hosszabbítást követően 0–0-ra végeztek, a büntetőpárbajban 3–2 arányban alulmaradtak és kiestek. Mint utólag kiderült ez volt a jugoszláv labdarúgó-válogatott utolsó mérkőzése rangos nemzetközi tornán.
Kizárás (1992) és bojkott
1990-ben Jugoszláviában kirobbantak a térségben évszázadok óta feszülő ellentétek, és Jugoszlávia erőszakos körülmények között több független államra esett szét. Kezdetét vette a délszláv háború. Az 1992-es Európa-bajnokságra ugyan még kijutottak, de egy ENSZ határozat értelmében kizárták őket a versenysorozatból. Érdekesség, hogy a helyükön induló Dánia, később megnyerte az Európa-bajnokságot.
Jugoszlávia az utolsó válogatott mérkőzését 1992 tavaszán Hollandia ellen játszotta. Még korábban elkészítették az 1994-es világbajnokságselejtezőcsoportjait, amelyben az 5. csoportba kerültek a sorsolást követően, de az Egyesült Nemzetek szankciói miatt az utódállam: a Jugoszláv Szövetségi Köztársaság válogatottja nem vehetett részt a kvalifikációban.
Felbomlás
Miután Jugoszlávia felbomlott, csak Montenegró és Szerbia maradt az egykori államból. Megalakult a Szerbia és Montenegró-i labdarúgó-válogatott, amely egészen 2003-ig Jugoszlávia néven szerepelt a különböző versenysorozatokban, ekkor nevezték át Szerbia és Montenegróra.
Az utódállamok a következők:
1918 és 1941 között a Jugoszláv Királyság címere, 1945 és 1992 között pedig a Jugoszláv Szocialista SZK címere került a mezekre.
A jugoszláv labdarúgó-válogatott hagyományos szerelése: kék mez, fehér nadrág és piros sportszár volt. A válogatott beceneve: a plávik (kékek) is innen ered. A váltómez leggyakrabban fehér mezből, fehér nadrágból és fehér sportszárból állt.