סויוז TM-16 (ברוסית: Союз TM-16) הייתה חללית מסדרת סויוז, שהמריאה ב-24 בינואר 1993 מקוסמודרום בייקונור שנמצא בקזחסטן ומופעל על ידי רוסיה במטרה לבצע עגינה בתחנת החלל מיר.
"סויוז TM-16" שוגרה ב-24 בינואר 1993 מקוסמודרום בייקונור. החללית נבנתה על ידי תאגיד הטילים והחלל אנרגיה. זו הייתה חללית סויוז מדגם סויוז-TM. השיגור בוצע מכן שיגור מס' 1 בעזרת משגר סויוז U.
עגינה לתחנת החלל מיר בוצע ב-26 בינואר ועברה ללא בעיות. עגינה בוצע לתא עגינה במודול "קריסטל" של תחנת החלל. חללית "סויוז TM-16" הייתה מצוידת בהתקן עגינה מיוחד שתוכנן עבור מעבורת החלל בוראן. מכיוון שבהמשך תוכנית זו בוטלה, חלליות רוסיות לא צוידו יותר בהתקן עגינה זה.
בתחנת החלל כבר פעלה משלחת מס' 12 בפיקוד אנטולי סולוביוב. החל הליך חפיפה לקראת עזיבת משלחת מס' 12.
ב-1 בפברואר חללית סויוז TM-15 עם חברי משלחת מס' 12 עזבו את תחנת החלל.
משלחת מס' 13 החלה את הפעילות הסדירה. חללית "סויוז TM-16" שימש חללית חירום.
ב-3 ביולי 1993 לתחנת החלל התחברה חללית סויוז TM-17. ב-22 ביולי חללית "סויוז TM-16" התנתקה מתחנת החלל כאשר על סיפונה גנאדי מנאקוב, אלכסנדר פולישצ'וק וז'אן פייר אניירה מצרפת שהגיע לחלל בחללית "סויוז TM-17". הם נחתו באותו יום בצפון קזחסטן.