סויוז MS-03 (ברוסית:Союз МС-03) היא חללית סויוז ששוגרה לחלל ב-17 בנובמבר 2016 מקוסמודרום בייקונור ונחתה ב-2 ביוני 2017. החללית שוגרה למפגש עם תחנת החלל הבינלאומית כשעל סיפונה צוות שהתווסף למשלחת מס' 50 לתחנת החלל הבין-לאומית.
חללית "סויוז MS-03" שוגרה ב-17 בנובמבר 2016 מקוסמודרום בייקונור הנמצא בשטח קזחסטן ומנוהל על ידי רוסיה. השיגור בוצע באחריות רוסקוסמוס בעזרת משגר מדגם "סויוז FG". החללית נבנתה על ידי תאגיד הטילים והחלל אנרגיה.
החללית התחברה למודול "ראסווט" של תחנת החלל הבין-לאומית ב-20 בנובמבר ללא בעיות. באותה עת בתחנת החלל שהתה משלחת מס' 50 בפיקוד שיין קימברו.
צוות החללית הצטרף למשלחת שגדלה ל-6 אנשי צוות. בהמשך הם עברו למשלחת מס' 51.
"סויוז MS-03" נשארה מחוברת לתחנת החלל כחללית חירום.
ב-2 ביוני 2017 החללית התנתקה מתחנת החלל וחזרה לכדור הארץ עם אולג נוביצקי ותומא פסקה. הנחיתה עברה ללא בעיות. פגי ויטסון נותרה תחנת החלל והצטרפה למשלחת מס' 52.
עם ניתוק החללית מתחנת החלל החלה לפעול משלחת מס' 51 לתחנת החלל הבין-לאומית.