סויוז MS-09 (ברוסית:Союз МС-09) היא חללית סויוז ששוגרה לחלל ב-6 ביוני 2018 מקוסמודרום בייקונור ונחתה ב-20 בדצמבר 2018. החללית שוגרה למפגש עם תחנת החלל הבינלאומית כשעל סיפונה צוות שהתווסף למשלחת מס' 56 לתחנת החלל הבין-לאומית.
חללית "סויוז MS-09" שוגרה ב-6 ביוני 2018 מקוסמודרום בייקונור הנמצא בשטח קזחסטן ומנוהל על ידי רוסיה. השיגור בוצע באחריות רוסקוסמוס בעזרת משגר מדגם "סויוז FG". החללית נבנתה על ידי תאגיד הטילים והחלל אנרגיה.
החללית התחברה למודול "ראסווט" של תחנת החלל הבין-לאומית כעבור יומיים ללא בעיות. באותה עת בתחנת החלל שהתה משלחת מס' 56 בפיקוד אנדרו פויסטל.
צוות החללית הצטרף למשלחת שגדלה ל-6 אנשי צוות. בהמשך הם עברו למשלחת מס' 57.
"סויוז MS-09" נשארה מחוברת לתחנת החלל כחללית חירום.
בלילה מ-29 באוגוסט ל-30 באוגוסט במרכז בקרה הבחינו בירידת לחץ אוויר בתא מגורים של החללית. בבוקר החלה בדיקת החללית. התברר שבקיר נקדח חור בקוטר של כ-2 מ"מ. סרגיי פרקופייב אטם את החור בעזרת תחבושת ואפוקסי. צוות של "רוסקוסמוס" החל בחקירת האירוע שכלל גם בדיקת תא החללית לאחר נחיתה. ב-24 בדצמבר 2018 פרוקופייב ציין שחור נקדח מבפנים[2]. ב-18 בספטמבר 2019 "רוסקוסמוס" דיווח על סיום החקירה, העברת ממצאים לנאס"א וסיכום על אי-פרסום הממצאים[3]. באפריל 2021 אולג אטקוב רמז שחור נקדח על ידי אישה שהייתה בצוות החללית[4].
בעקבות תקלה במשימת חללית סויוז MS-10 הוחלט לדחות את הנחיתה מ-13 בדצמבר ל-20 בדצמבר.
ב-20 בדצמבר 2018 החללית התנתקה מתחנת החלל וחזרה לכדור הארץ עם אותו צוות שהיה בהמראה. הנחיתה עברה ללא בעיות.
עם ניתוק החללית מתחנת החלל החלה לפעול משלחת מס' 57 לתחנת החלל הבין-לאומית.