Wczesne lata życia Franciszek spędził na dworze ojca we Florencji. W 1784 został wysłany do Wiednia, gdzie wychowywał się pod okiem stryja, cesarza Józefa II. Józef pragnął osobiście kierować i czuwać nad edukacją młodego bratanka, tak aby przekazać mu swoje koncepcje i zasady oraz swój sposób myślenia[2]. Cesarz tak scharakteryzował swojego bratanka: Lubi pluskać się w wodzie, karmić ptaki, układać na dwadzieścia różnych sposobów swoje książki i swoje papiery. Ani polowanie, ani jazda konna, ani spacer, ani teatr, ani muzyka, ani przyjęcia nie są w stanie wyrwać go z jego gnuśności...[3] Podczas VIII wojny austriacko-tureckiej kilkakrotnie u boku stryja odwiedzał wojska austriackie na linii frontu.
Po śmierci Marii Teresy, ożenił się po raz trzeci. 6 stycznia 1808 roku poślubił księżniczkę Marię Ludwikę Habsburg-Este (1787–1816), córkę arcyksięcia Ferdynanda Habsburga i Marii Beatrycze d’Este. Para nie miała dzieci. Maria Ludwika zmarła w wieku 28 lat.
W przeciwieństwie do swoich poprzedników Franciszek był zadeklarowanym konserwatystą. Z niepokojem obserwował rewolucyjne wydarzenia we Francji. 20 kwietnia 1792, jeszcze przed przyjęciem koronacji Franciszka na króla Węgier i Czech (koronacje nastąpiły w czerwcu i sierpniu[4]) Francja wypowiedziała wojnę Ludwikowi jako królowi Węgier i Czech[4]. Powstała I koalicja antyfrancuska w skład której weszła Austria, Prusy, Wielka Brytania, Hiszpania, Portugalia, Sardynia i Neapol. Jednak letnia kampania 1792 nie przyniosła sukcesów. Ofensywa prusko-austriacka została powstrzymana 20 września pod Valmy. Porażką zakończyło się również austriackie oblężenie Lille, a Francuzi odnieśli sukcesy w Alzacji. W kolejnych latach Francuzi odnosili kolejne sukcesy. W latach 1794–1795 zajęli austriackie Niderlandy. Austriacy odnosili również porażki na froncie włoskim, gdzie dowodził generał Napoleon Bonaparte. Na mocy pokoju w Campo Formio z 1797 Austriacy utracili Mediolan. Uzyskali natomiast część obalonej Republiki Weneckiej – Dalmację, Istrię i samą Wenecję.
Pokój z Francją nie trwał długo. W 1799 powstała II koalicja antyfrancuska, w skład której weszły Austria, państwa niemieckie, Wielka Brytania, Neapol, Rosja i Turcja. Wojska austriacko-rosyjskie odniosły pewne sukcesy we Włoszech, ale w 1799 Rosja wycofała się z wojny po fiasku wyprawy na Zurych. Przyczyniła się do tego niekompetencja austriackich generałów, którzy wyposażyli rosyjskiego dowódcę Suworowa w niedokładne mapy, w efekcie czego Suworow pobłądził w Alpach. W 1800 Napoleon zadał Austriakom klęskę pod Marengo i wyrzucił ich z Italii. Niepowodzenia wojenne spowodowały upadek Thuguta. Jego miejsce zajęli na krótko Ferdinand von Trauttmansdorff, potem Johann Ludwig von Cobenzl, który przystąpił do rokowań z Francją. Ich owocem był podpisany 9 lutego 1801 pokój w Lunéville.
W 1803 na polecenie Napoleona dokonano zmian w organizacji Rzeszy, likwidując księstwa biskupie i mniejsze miasta, tradycyjnie przyjazne dynastii austriackiej. W ten sposób Franciszek uznał Rzeszę za rozwiązaną, a sam ograniczył się do zachowania tytułu cesarza Austrii[5].
Wojny napoleońskie
11 sierpnia 1804, wobec fiaska prób uzyskania od książąt Rzeszy dziedziczności tytułu cesarza rzymskiego, przyjął dziedziczny tytuł cesarza Austrii jako Franciszek I. W ten sposób formalnie powstało Cesarstwo Austriackie, obejmujące wszystkie dziedziczne posiadłości Habsburgów. Była to również odpowiedź na przyjęcie przez Napoleona tytułu cesarza Francuzów. Przez niecałe dwa lata Franciszek był określany jako „cesarz Niemiec i Austrii” i jako podwójny cesarz, „dwucesarz” (niem. Doppelkaiser).
Wkrótce potem zawiązano III koalicję antyfrancuską. W 1805 austriacka armia zaatakowała Bawarię, ale została wymanewrowana przez Napoleona i w październiku skapitulowała pod Ulm. Franciszek musiał uznać królewskie tytuły, przyjęte pod patronatem Napoleona przez władców Bawarii i Wirtembergii i zadowolić się jedynie deklaracją, że nie oznacza to secesji obu krajów z Rzeszy Niemieckiej. 2 grudnia 1805 połączone siły austriacko-rosyjskie (Franciszek i car Aleksander I) przegrały bitwę z Francuzami pod Austerlitz. Pokojem w Preszburgu Austria oddawała Francji Dalmację, Wenecję, Tyrol i Górną Szwabię. Porażka osłabiła austriacką pozycję w I Rzeszy. 12 lipca 1806 powstał Związek Reński, obejmujący większość państw niemieckich, a Franciszek został zmuszony przez zwycięskiego Napoleona do wydania aktu, w którym zrzekał się tytułów cesarza rzymskiego i króla niemieckiego (abdykował 6 sierpnia 1806) oraz zwalniał stany Rzeszy ze zobowiązań względem Cesarstwa. Był to koniec Świętego Cesarstwa Rzymskiego. W ten sposób tradycja cesarstwa Franków i protektorat nad Niemcami przechodził w ręce Francuzów.
Przez kolejne trzy lata Austria stała przy boku Napoleona. Jednak francuska inwazja na Hiszpanię i obalenie dynastii Burbonów zaniepokoiły dwór cesarski. W 1809 wybuchła kolejna wojna Austrii z Francją. Zakończyła się ona jeszcze w tym samym roku klęską pod Wagram, która kosztowała Austrię utratę części Galicji, ziem III rozbioru Polski. Terytoria te zostały przyłączone do Księstwa Warszawskiego. Na rzecz samego Napoleona utracił natomiast wybrzeże dalmatyńskie, a Salzburg przypadł Bawarii (pokój w Schönbrunnie). W 1810 córka Franciszka I Maria Ludwika Austriaczka została nową żoną Napoleona. Odtąd zneutralizowana Austria dostała się w orbitę francuskich wpływów, podobnie jak Prusy po bitwie pod Frydlandem w 1807.
Tymczasem nowy kierownik austriackiej polityki, Klemens Lothar von Metternich, utrzymywał ścisły sojusz z Francją. Wojska austriackie brały udział w wyprawie na Rosję w 1812. Jednak klęska Wielkiej Armii sprawiła, że od początku 1813 Metternich zaczął się powoli wycofywać z sojuszu z Francją. W sierpniu 1813 Austria wypowiedziała Francji wojnę. Franciszek I był gospodarzem kongresu wiedeńskiego (1814–1815) i współzałożycielem Świętego Przymierza (wraz z carem Rosji Aleksandrem I i królem Prus Fryderykiem Wilhelmem III). Kongres wiedeński przyniósł Austrii niewielkie nabytki terytorialne, Habsburgowie nie odzyskali ziem III rozbioru Polski, które przypadły Rosji, jako pogromczyni Napoleona, i weszły w skład Królestwa Polskiego.
Epoka Metternicha
Po klęskach w wojnach napoleońskich ster rządów coraz bardziej przechodził w ręce księcia Metternicha, którego cesarz mianował najpierw ministrem spraw zagranicznych, a potem kanclerzem cesarstwa austriackiego. Ponieważ Metternich uważał, iż godność cesarza rzymskiego byłaby po 1815 dla Habsburgów bardziej ciężarem niż źródłem korzyści, pokonanie Napoleona nie przyniosło zjednoczenia Niemiec. Zawiązano jedynie konfederację państw niemieckich – Związek Niemiecki z cesarzem Austrii jako przewodniczącym ex officio. Metternich starał się za to uczynić z Austrii przywódcę Świętego Przymierza i energicznie włączył się w działania tego sojuszu występując z inicjatywami zwoływania kolejnych kongresów.
Cesarz, mimo wysunięcia na pierwszy plan swojego kanclerza, pozostawał rzeczywistym przywódcą państwa. Do końca życia zachowywał pozory dobrotliwego urzędnika wykonującego sumiennie swoje obowiązki. Człowieka rzekomo nie znającego się na polityce i z zadowoleniem uprawiającego swój ogródek[6]. System, który funkcjonował, a stworzony został po 1815 roku, opierał się na dokładnych wytycznych monarchy i był kontrolowany przez jego szpiegów i informatorów. Cesarz nie ufał nikomu, nawet członkom swojej najbliższej rodziny[potrzebny przypis].
Franciszek zmarł w 1835 roku. Jego następcą został jego najstarszy syn, upośledzony umysłowo Ferdynand. Franciszek został pochowany w grobie nr 57 w krypcie cesarskiej kościoła Kapucynów w Wiedniu.
Liczne zmiany terytorialne epoki wojen napoleońskich pociągały za sobą także przekształcenia tytulatury Franciszka II. Poniżej wybrane przykłady.
Wersja z lat 1804–1806:
Franciszek, z Bożej łaski uświęcony i wybrany cesarz rzymski, po wieki August, oraz dziedziczny cesarz Austrii, król niemiecki, Jerozolimy, król Węgier, król Czech, Dalmacji, Chorwacji, Slawonii, Galicji i Lodomerii, etc., etc., arcyksiążę Austrii, wielki książę Krakowa, książę Lotaryngii, Wenecji, Salzburga, Styrii, Karyntii i Karnioli, wielki książę Siedmiogrodu, margrabia Moraw, Wirtembergii, Parmy, Piacenzy i Guastalli, Górnego i Dolnego Śląska, Oświęcimia i Zatoru, Cieszyna i Friuli, książę Szwabii, Eichstädt, Passawy, Trydentu, Briksen, Berchtoldsgaden oraz Lindau, uksiążęcony hrabia Habsburga, Kyburga, Gorycji, Gradiszki i Tyrolu, margrabia Burgau, Górnych i Dolnych Łużyc oraz Istrii, landgraf Bryzgowii, Ortenau oraz Nellenburga, hrabia Montfort i Hohenems, Górnego i Dolnego Hohenberga, Bregenz, Sonnenberga i Rothenfels, Blumeneck oraz Höfen, pan Marchii Wendyjskiej, Werony, Padwy, etc., etc.
Wersja po roku 1815:
Franciszek, z Bożej łaski cesarz Austrii, król Jerozolimy, Węgier, Czech, Lombardii i Wenecji, Dalmacji, Chorwacji, Slawonii, Galicji i Lodomerii etc., arcyksiążę Austrii, wielki książę Toskanii, książę Lotaryngii, Styrii, Karyntii i Karnioli, Górnego i Dolnego Śląska, Oświęcimia, Zatoru, Cieszyna, Friuli etc. wielki książę Siedmiogrodu, margrabia Moraw, hrabia Habsburga, Tyrolu, Kyburga, Gorycji i Gradiszki, margrabia Górnych i Dolnych Łużyc oraz Istrii, pan Triestu i Marchii Wendyjskiej, etc., etc.
Słownik władców Europy nowożytnej i najnowszej, JózefJ.Dobosz, MaciejM.Serwański, IlonaI.Czamańska, wyd. drugie, Poznań: Wydawnictwo Poznańskie, 2002, ISBN 83-7177-118-5, OCLC749651157. Brak numerów stron w książce
H. Wereszycki, Historia Austrii, Ossolineum, Wrocław-Warszawa-Kraków 1986.
AndrewA.WheatcroftAndrewA., Habsburgowie, BarbaraB.Sławomirska (tłum.), Kraków: Wyd. Literackie, 2000, ISBN 83-08-03011-4, OCLC68630972. Brak numerów stron w książce
M. Żywczyński, Historia Powszechna 1789–1870, Wydawnictwo Naukowe PWN, Warszawa 2001, ISBN 83-01-11992-6.