W latach 1583 i 1586 jeździł z misją królewską do Rzymu[1].
Również w lipcu 1584 papież Grzegorz XIII, chcąc uzyskać w królu polskim sojusznika w walce z Turcją, mianował królewskiego bratanka kardynałem diakonem, z tytułem Sancti Adriani in Foro (zmienionym w 1587 na Sancti Angeli in Foro Piscium). Wkrótce Batory powrócił na Warmię, ponownie przybył do Rzymu w 1586 jako królewski wysłannik do kolejnego papieża, Sykstusa V.
Po śmierci Stefana Batorego kanclerz wielki koronnyJan Zamoyski wysunął kandydaturę kardynała Andrzeja na króla Polski, jednak inicjatywa ta upadła, spotykając się z silnym sprzeciwem. W 1589 Batory uzyskał polski indygenat, obiecano mu również koadiutorię diecezji krakowskiej; ostatecznie jednak biskupem krakowskim został kardynał Jerzy Radziwiłł. 23 marca 1589 Andrzej Batory, po śmierci biskupa Kromera, objął diecezję warmińską.
Wskutek braku święceń - jak wielu dawnych posiadaczy wyższych tytułów kościelnych - był świeckim zarządcą diecezji, ale interesował się także życiem kościelnym, wspierał zakony w duchu reformy soboru trydenckiego. W 1594 r. przeprowadził synod diecezjalny. Otaczał się na swoim dworze humanistami, sprowadził na Warmię także wielu Węgrów. Był miłośnikiem polowań. Ufundował w kościele franciszkanów w Barczewie własny (i brata Baltazara Batorego) cenotaf w stylu renesansowym (nie został jednak tam pochowany). Pozostawił bogaty księgozbiór, ale także długi, spłacane potem przez jednego z następców na tronie biskupim, Szymona Rudnickiego.
W 1599 roku stryjeczny brat Zygmunt Batory przekazał mu władzę w Siedmiogrodzie. Batory udał się tam, został jednak pokonany w trakcie walk o władzę w bitwie pod Sybinem przez hospodara wołoskiego Michała Walecznego. Podczas ucieczki do Mołdawii kardynał Batory zginął zamordowany przez chłopów seklerskich.
W diecezji warmińskiej zastąpił go sekretarz królewski Piotr Tylicki.
Przypisy
↑ abSłownik biograficzny Kapituły Warmińskiej, Olsztyn 1996, s. 16.
↑Henryk Folwarski, Poczet opatów kanoników regularnych w Czerwińsku, w: Nasza Przeszłość, t. VI, 1957, s. 80.
