Około 1350 roku na wschód od kościoła parafialnego św. Katarzyny istniała kaplica pokutnic pod wezwaniem św. Marii Magdaleny. Z czasem została rozbudowana, a następnie wkomponowana w bryłę kościoła klasztornego. W pobliżu kaplicy, jak głosi czternastowieczny ludowy przekaz, ukazała się Matka Boska, co dało początek wiary w uzdrawiającą moc wody czerpanej ze studzienki znajdującej się w obrębie klasztornej zabudowy. W 1974 roku podczas prac porządkowych na dawnym dziedzińcu klasztornym odkryto ocembrowaną ciosanymi kamieniami i zwieńczoną ceglanym gzymsem koronującym studnie, której wiek został oceniony na połowę XII wieku.
Przechowywanie relikwii Sługi Bożej zapoczątkowało wielki kult św. Brygidy na całym Pomorzu. W 1392 roku z Vadsteny przybyło do Gdańska, na prośbę wielkiego mistrza krzyżackiego, kilka sióstr, w celu przekształcenia stowarzyszenia gdańskich pokutnic w regularny klasztor Najświętszego Zbawiciela. Rozpoczęły one duchową formację i już rok później, zachęcone wynikami swojej pracy i akceptacją miejscowej ludności, wystąpiły do papieża Bonifacego IX o formalne wyrażenie zgody na założenie klasztoru w Gdańsku. Zgoda została udzielona w 1394 roku.
Klasztor brygidek w Gdańsku
8 grudnia 1396 roku został oficjalnie erygowany klasztorZakonu Najświętszego Zbawiciela w Gdańsku, dla którego macierzystym domem zakonnym był zakon w Vadstenie. Równolegle z erygowaniem zakonu podjęto budowę kościoła klasztornego, która z przerwami trwała do 1512 roku. 4 grudnia 1397 roku bp Stefan z Chełmży dokonał konsekracji nowego halowego, 6-przęsłowego kościoła klasztornego, który w 1514 roku został przebudowany na charakter świątyni trójnawowej.
W 1400 roku wzniesiono klasztor męski, który od żeńskiego, zgodnie z przepisami św. Brygidy, oddzielał wysoki mur. Do zadań ojców brygidian, żyjących według reguły Zakonu Najświętszego Zbawiciela, należało sprawowanie liturgii w kościele klasztornym, otoczenie opieką sióstr brygidek, a w razie potrzeby służenie duszpasterską pomocą miejscowemu biskupowi. Rozkwit zakonu przypadł na okres XV i XVI wieku. W tym czasie wzrastała liczba powołań, poddawano ciągłej rozbudowie i modernizacji kościół i budynki klasztorne.
Pogorszenie sytuacji nastąpiło w 1587 roku. Najpierw spłonął kościół wraz z częścią zabudowy mieszkalnej, potem zaczęły narastać konflikty z luteranami, którzy już wtedy zasiadali w radzie miasta. Do pasma niepowodzeń należy dodać przynajmniej dwa grabieżcze napady na klasztor i zakaz przyjmowania do zakonu nowicjuszek, prowadzący do zmniejszenia liczby zakonnic. W konsekwencji następował rozkład życia wspólnotowego, a materialnie klasztor mocno podupadł.
W 1592 roku biskup Hieronim Rozdrażewski, ordynariusz włocławski, wydał dekret nakazujący przekazanie dóbr klasztornych sióstr brygidek ojcom jezuitom. Przeciwko decyzji biskupa, a tym samym przybyciu do Gdańska jezuitów, zaprotestowała rada miasta, w której zasiadali zwolennicy Marcina Lutra. Jezuici jednak nie tylko przybyli do grodu nad Motławą, ale w 1606 roku przejęli duszpasterstwo nad brygidkami, uzupełnionymi liczebnie kilkunastoma siostrami z rozwiązanego zakonu w Vadstenie. Wszystko to sprawiło, iż Zakon Najświętszego Zbawiciela znów stał się silną i potężną wspólnotą zakonną. Odbudowano dzięki pomocy biskupa włocławskiegoprymasa PolskiJana Tarnowskiego kościół, odtworzono nowicjat, a także założono klasztorną szkołę dla dziewcząt.
Kościół poddano renowacji i odbudowie według planów szwedzkiego kościoła w Vadstenie. Po odbudowie świątynia przypominała wyglądem potężną trójnawową budowlę i miała jedenaście ołtarzy zdobionych malowidłami gdańskich mistrzów. Prezbiterium, wbrew powszechnym praktykom, umieszczono po stronie zachodniej. Nawy boczne otrzymały renesansowe gwiaździste sklepienie na wzór kościoła cysterskiego w Oliwie. Charakterystyczna dla tej budowli dzwonnica została ustawiona zgodnie z projektem Piotra Willera w południowo-wschodnim rogu świątyni. Otrzymała piękny renesansowy wystrój, a w 1674 roku przykryto ją barokowym hełmem.
Wieki XVII i XVIII były znowu okresem spokoju dla klasztoru Brygidek w Gdańsku. Liczba zakonnic wahała się od 40 do 60 sióstr. W tym czasie kościół wzbogacony został o liczne obrazy i sprzęty oraz paramenty liturgiczne. W 1724 roku została zbudowana nowa sygnaturka z dzwonem po zachodniej stronie kościoła, nad głównym ołtarzem, oraz organy. Znacznie powiększono bibliotekę klasztorną.
Parafia przy kościele zakonnym
W 1660 roku przy kościele klasztornym pw. św. Brygidy po raz pierwszy została utworzona parafia. Sprawowanie pieczy nad nią powierzono dwóm ojcom bygidianom, specjalnie oddelegowanym z zakonu. Pozostali ojcowie, zgodnie z regułą, obejmowali opieką duszpasterską i sakramentalną siostry brygidki. W tym czasie pierwszy kościół parafialny w Gdańsku pw. św. Katarzyny był już w posiadaniu protestantów.
Sytuacja zakonu po rozbiorach Polski
Wraz z rozbiorami Polski zmieniła się sytuacja zakonu. Prusy wchłonęły Gdańsk po II rozbiorze, zagarnęły majątek zakonu św. Brygidy, ograniczając zarazem przyjmowanie nowicjuszek. Z czasem całkowicie zabroniono przyjmowania do nowicjatu nowych kandydatek. Spowodowało to znaczące zmniejszenie liczby sióstr w zakonie, a klasztor i tym samym kościół, zaczął ulegać stopniowej dewastacji.
Do dewastacji przyczyniały się działanie związane z kampanią rosyjską wojsk napoleońskich z 1807 roku. Wojsko francuskie zajęło wszystkie pomieszczenia zakonne sióstr brygidek i zakonników brygidianów, przekształcając je na koszary, w kościele zaś utworzono fabrykę zbrojeniową. W tym okresie zginęło z kościoła wiele drogocennych przedmiotów, ozdób i paramentów liturgicznych. Siostry zostały zmuszone do opuszczenia klasztoru na czas pobytu żołnierzy wojsk napoleońskich. Po powrocie nie dane było długo się cieszyć życiem zakonnym, ponieważ na mocy rozporządzenia króla PrusFryderyka Wilhelma III w 1817 roku nastąpiła sekularyzacja gdańskiego klasztoru św. Brygidy. Decyzja króla pruskiego oznaczała, że po śmierci ostatniej z żyjących zakonnic klasztor przejdzie na własność rządu pruskiego. Ostatnia z sióstr, Anna Maria Netki, zmarła 26 sierpnia 1885 roku i została pochowana w podziemiach kościoła św. Brygidy w Gdańsku obok swoich współsióstr.
31 marca 1840 roku w celu ratowania tego, co pozostało z klasztoru św. Brygidy, biskup włocławski erygował parafię wojskową przy kościele św. Brygidy. W latach 1849–1851 budynki klasztorne poddano rozbiórce, a na ich miejscu zbudowano dzisiejszą plebanię.
30 marca 1945 roku Gdańsk został zdobyty przez wojska radzieckie i polskie. Rosjanie traktowali te tereny jako tereny niemieckie, dlatego przez kolejne trzy tygodnie dewastowali, plądrowali i palili mieszkania i budynki, w tym kościoły i świątynie zarówno katolickie, jak i protestanckie. Jedynym kościołem, który nie uległ dewastacji, był kościół św. Mikołaja. Żołnierze Armii Czerwonej, już po wyzwoleniu, poważnie uszkodzili kościół św. Brygidy, w wyniku czego pozostały po nim mury i część sklepienia nad prezbiterium. Zawaleniu uległa znaczna część dachu i sklepienie, zwłaszcza w nawie północnej i południowej. Bardzo poważnie zniszczono wyposażenie wnętrza. Dzieła zniszczenia dopełniły pożary w 1957 i w 1969 roku. W takim stanie ruiny kościoła niszczały do 1970 roku.
19 lutego 1970 roku, po usilnych staraniach czynionych nieprzerwanie od czasu zakończenia II wojny światowej przez stronę kościelną, władze komunistyczne przekazały ruiny kościoła św. Brygidy diecezji gdańskiej. Ówczesny biskup gdańskiLech Kaczmarek mianował proboszczem parafii św. Brygidy księdza Henryka Jankowskiego, który nie czekając na oficjalne pozwolenie, rozpoczął odgruzowywanie kościoła. W latach 1972–1974 wielkim nakładem sił i środków przywrócono kościołowi jego historyczny wygląd. Prace rekonstrukcyjne prowadzono pod kierunkiem inżynierów Zenona Sykutery i Kazimierza Macura. Rekonstrukcji zniszczonych sklepień podjął się murarz Marek Mężyk. Odbudowano również całkowicie zniszczoną zabytkową wieżę. W wyniku podjętych robót przywrócono zewnętrznej bryle przedwojenny kształt, nie udało się jednak tego zrobić w stosunku do wewnętrznego wystroju świątyni, co bez dokumentacji i szczegółowych planów jest dzisiaj niemożliwe.
Dnia 8 października 1983 roku odbudowany kościół został rekonsekrowany przez ks. bpa Lecha Kaczmarka, a pięć lat później stał się SanktuariumMatki Bożej Królowej Świata Pracy. Na terenie parafii znajdowały się w tym czasie trzy stocznie i liczne inne duże zakłady pracy.
17 lipca 2010 odbył się pogrzeb księdza prałata Henryka Jankowskiego, na który przybyło parę tysięcy osób z Gdańska i całej Polski. Ciało księdza prałata spoczęło w krypcie kościoła św. Brygidy w nawie bocznej bazyliki.
W 2010 roku rozpoczęła się, dzięki wsparciu Miasta Gdańska, renowacja elewacji zewnętrznej nawy południowej wraz z wieżą, a w roku 2011 renowacja elewacji zewnętrznej trzech stron prezbiterium.
W 2010 pod baptysterium odkryto kryptę ze szczątkami osób pochowanych w kościele[3].
Wyposażenie wnętrza
Kościół św. Brygidy stanowi swoiste narodowe sanktuarium wyposażone w liczne elementy patriotyczne, oraz upamiętniające walki narodowowyzwoleńcze Narodu Polskiego. W kościele znajdują się m.in.:
epitafium poświęcone zbrodni katyńskiej z ziemią z miejsc kaźni polskiej inteligencji, składa się z kilkuset krzyży, z których każdy ma wymiar 17 cm x 9 cm, co symbolizuje datę agresji Związku Sowieckiego na Polskę 17 września 1939[5].