Il Campionato Nazionale Dilettanti 1998-1999 fu la 51ª edizione del campionato di categoria e il V livello del calcio italiano.
A completamento di organico il Sassuolo è stato ripescato in Serie C2.
Inoltre le seguenti squadre non si iscrivono al campionato:
Per far fronte a questa carenza di organico viene ripescato il Rende e, dall'Eccellenza il Renato Curi (che poi, fondendosi con l'Angolana si iscriverà con il nome di Renato Curi Angolana), il Ruggiero di Lauria e l'Acqui.
Avvengono le seguenti fusioni e cambi di denominazione:
Lo Scudetto Dilettanti viene assegnato dopo un torneo fra le vincitrici dei 9 gironi. Vengono divise in 3 triangolari le cui vincitrici, più la migliore seconda, accedono alle semifinali.
Legenda:
Regolamento:
Note:
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