Nella stagione 1998-1999 il Varese si presenta ai nastri di partenza della Serie C1 fresco della promozione dalla serie C2, sempre allenato da Giorgio Roselli. Complice un girone di ritorno avaro di vittorie, la salvezza viene raggiunta solo all'ultima giornata e grazie a un pasticcio del Padova: il 3 aprile 1999, infatti, il Padova vince per 2-0 la partita con il Varese, ma infrange una regola imposta dalla Lega di Serie C, che obbliga le società a schierare in campo per tutti i novanta minuti almeno un under 21. In particolare è Simone Barone, unico giovane sul terreno di gioco per i biancoscudati, che viene sostituito da un compagno di squadra più grande, consentendo quindi al Varese di ottenere la vittoria a tavolino. Grazie a questo fatto Varese e Padova terminano il campionato appaiate a 40 punti, ma con i primi meglio posizionati rispetto ai veneti per via della classifica avulsa. Il Varese è quindi salvo, mentre il Padova è costretto ai play-out.[1][2]