Il campionato di calcio di Eccellenza regionale 1998-1999 è stato l'ottavo organizzato in Italia. Al sesto livello del calcio italiano, il campionato era articolato in gironi all'italiana su base regionale.
Di seguito è riportato il quadro delle squadre promosse al Campionato Nazionale Dilettanti dai vari campionati di Eccellenza regionale. Alla massima categoria dilettantistica italiana erano ammesse le vincenti dei rispettivi campionati regionali e le sette migliori squadre risultanti dai play-off aperti alle squadre designate dai vari comitati regionali a seguito dei propri regolamenti.