Questa voce raccoglie le informazioni riguardanti il Varese Football Club nelle competizioni ufficiali della stagione 2002-2003.
La stagione 2002-2003 inizia per il Varese con gli addii dei pezzi pregiati che hanno fatto la fortuna della squadra nelle due stagioni precedenti: Filippo Carobbio passa all'AlbinoLeffe, Luis Fernando Centi al Lumezzane e Andrea Gasbarroni in Serie A alla Sampdoria, mentre passa alla Triestina il bomber Dino Fava Passaro che ha firmato 22 reti nelle ultime due stagioni. Persa anche la guida tecnica di Mario Beretta che va ad allenare la Ternana in Serie B e viene sostituito dall'esordiente Massimo Morales, che però si rivela molto sfortunato: infatti dopo 3 sconfitte nelle prime 3 giornate viene sostituito da Giorgio Roselli, già sulla panchina biancorossa dal 1997 al 1999. La stagione biancorossa iniziata male, poi si riassesta, si conclude con il 15º posto, ed il relativo Play-out da giocare contro la Carrarese, che vedono il Varese pareggiare (1-1) entrambe le gare e salvarsi solo grazie alla posizione in classifica a fine stagione, per entrambe chiusa con 30 punti, ma migliore rispetto a quella dei toscani, perché il Varese vince la gara di andata (2-0) e pareggia (0-0) nel ritorno a Carrara. Nella Coppa Italia di Serie C il Varese disputa il girone B di qualificazione, vinto dalla Valenzana, dove arriva solo la vittoria (1-0) sul Pavia.
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