La Serie D 2006-2007 fu la 59ª edizione del campionato di categoria.
Stagione
Aggiornamenti
Le neoretrocesse dalla C2 Latina, Modica, Vittoria e Forlì vennero radiate per fallimento e non si iscrissero al campionato.
Inoltre non si iscrissero per problemi finanziari: la Cossatese, la Cologna Veneta, il Fortis Spoleto (non ammessa in C2 per inadempienze finanziarie e successivamente retrocessa in Promozione) e il Manduria.
Le 9 squadre vincitrici dei play-off di girone furono divise in 3 gironi da 3 squadre ognuno in cui le cui vincitrici, più la migliore seconda, accederono alle semifinali, da disputarsi in turni di andata e ritorno e la finale unica in campo neutro.
Lo Scudetto Dilettanti viene assegnato dopo un torneo fra le vincitrici dei 9 gironi. Vengono divise in 3 triangolari le cui vincitrici, più la migliore seconda, accedono alle semifinali, da disputarsi in turni di andata e ritorno e la finale unica in campo neutro.
^Società registrata agli atti FIGC, ancora come "San Paolo Bari".
^3-0 sul campo. Il Pescina Valle del Giovenco perde a tavolino per il tesseramento irregolare del calciatore Andrea Censori, sceso in campo durante questa partita