La version grecque et moderne du plat, datant de 1910 et due au cuisinier Nikólaos Tselementés[6], est la plus connue en dehors de la région ; elle consiste traditionnellement en des couches de viande de mouton hachée, des tranches d'aubergines et de tomate, recouverts d'une sauce blanche et mise au four.
La moussaka turque n'a pas de couches alternantes ; elle est préparée avec des morceaux d'aubergines sautés et frits, des poivrons verts, des tomates, des oignons et de la viande hachée. Elle est mangée accompagnée de cacık ou de riz pilaf.
La moussaka libanaise, également appelée maghmour[7], est une ratatouille d'aubergines grillées cuite avec des tomates et des pois chiches qui se sert froide en mezze.
La version égyptienne[8] est composée de couches alternant des aubergines grillées, des tomates et de la viande de bœuf haché, sans sauce béchamel.
De manière générale, dans le monde arabe, la moussaka est une salade cuite faite de tomates et aubergines, similaire à la caponataitalienne et habituellement servie froide comme mezze.
Les variantes macédonienne, bulgare, serbe, bosniaque, monténégrine et roumaine sont préparées avec des pommes de terre ou des courgettes, et non des aubergines. Elles ne contiennent pas non plus de sauce blanche.
Enfin, on trouve fréquemment en Europe de l'Ouest des variantes de moussaka où la viande de mouton est remplacée par de la viande de bœuf, et le plat recouvert de fromage à gratiner ou d'une sauce béchamel.