Jeroen Brouwers est le quatrième enfant de Jacques Theodorus Maria Brouwers (1903-1964), comptable dans une étude d'architectes, et de Henriëtte Elisabeth Maria van Maaren (1908-1981). Installés aux Indes orientales néerlandaises, ils eurent un second fils.
Après l'invasion japonaise en 1943 et la capitulation de l'Armée royale des Indes néerlandaises (KNIL), son père est transporté dans un camp de concentration de la région de Tōkyō. Jeroen, sa grand-mère, sa mère et sa sœur, sont d'abord internés dans le camp japonais de Kramat, puis dans le camp de Tjideng, dans un quartier suburbain de Batavia. Ses grands-parents n'ont pas survécu à leur détention dans les camps.
La guerre terminée, la famille se réunit et déménage à Balikpapan, sur l'île de Bornéo (aujourd'hui Kalimantan). En 1947, Henriëtte Brouwers et ses enfants reprennent le bateau pour les Pays-Bas et y sont rejoints en 1948 par le père de Jeroen.
Jusqu'en 1950, Jeroen vit avec ses parents. À dix ans, il est placé dans divers pensionnats catholiques car il aurait été un enfant indiscipliné : il aurait eu du mal à se plier aux contraintes de la société néerlandaise après la liberté qu'il avait connue en Indonésie.
Ses parents déménagent à Delft, où il obtient en 1955 son diplôme d'enseignement secondaire (MULO).
De 1958 à 1961, Jeroen Brouwers effectue son service militaire et devient quartier-maître du Service des Renseignements de la Marine (MARID). Après sa conscription, il travaille en 1961 à Nimègue en tant que journaliste stagiaire au sein du groupe de presse De Gelderlander. Il fait également partie de la rédaction du journal militaire Salvo.
En 1962, il est embauché par la Geïllustreerde Pers d'Amsterdam. Il fait partie de la rédaction du journal Romance (devenu plus tard Avenue). De 1964 à 1976, Brouwers travaille à Bruxelles en tant que secrétaire de rédaction et plus tard comme rédacteur en chef aux éditions Manteau. De 1968 à 1971, il habite avec sa famille à Vossem (Tervuren) et, plus tard, à la Huize Krekelbos à Rijmenam (commune de Bonheiden, près de Malines). C'est à cette époque que ses deux fils sont nés : Daan Leonard (1965-2006) et Pepijn (1968).
Après plusieurs différends avec Julien Weverbergh, le directeur des Éditions Manteau, Brouwers démissionne. À partir de ce moment, il se voue complètement à sa carrière d'écrivain. Après avoir habité quelque temps à Warnsveld près de Zutphen, il emménage à la Huize Louwhoek à Exel près de Lochem, où naît sa fille Anne en 1980. En 1991, Jeroen Brouwers déménage pour s'établir sur une péniche à Uitgeest, puis repart en août 1993 en Belgique, à Zutendaal, dans le Limbourg belge.
