Japongo gainontzeko beste bertako zaldien arrazetan bezala, misaki ponien jatorria duela 2.000 urte inguru Txinatik Japoniara eramango zaldietan dago. Zaldi hauek garapen ezberdina izan zuten ezarritako uharteeen zein inguru klimatiko eta naturalen arabera.
Gaur egun misaki poni gehienak basazaldiak dira eta egun Monumentu nazionala izendaturik dagoen Toi lurmuturrean bizi omen dira.