James Watson jest znany ze swoich prowokacyjnych i kontrowersyjnych wypowiedzi. W filmie dokumentalnym zrealizowanym w 2003 roku z okazji 50. rocznicy opracowania struktury DNA znalazła się jego wypowiedź określająca głupotę jako chorobę genetyczną, którą należy leczyć[2].
14 października 2007 The Sunday Times opublikował wywiad z Watsonem, w którym wyraził on wątpliwości, co do rozwoju Afryki, stwierdzając, że polityka społeczna w tej kwestii opiera się na przekonaniu, iż przedstawiciele rasy czarnej dorównują inteligencją przedstawicielom rasy białej. Tymczasem badania pokazują, że jest inaczej[3][4]. Po tej wypowiedzi rada Cold Spring Harbor Laboratory zawiesiła go w obowiązkach dyrektora, a Science Museum w Londynie i Uniwersytet Edynburski odwołały jego wykłady, które miał wygłosić na ich zaproszenia. Watson przeprosił za swoje wypowiedzi, mówiąc, że nie może sobie wyobrazić, jak mógłby coś takiego powiedzieć[5]. 25 października2007 złożył rezygnację z funkcji dyrektora instytutu i przeszedł na emeryturę[6].
W 2014 roku Watson jako pierwszy w historii laureat nagrody Nobla zdecydował się sprzedać swoje wyróżnienie w domu aukcyjnym Christie’s[7].
31 maja 2007 roku James Watson otrzymał od firmy 454 Life Sciences Corporation (a także naukowców z Human Genome Sequencing Center i Baylor College of Medicine) pełny zapis własnego genomu.
W tym samym roku, jako drugi człowiek na świecie, Watson opublikował go online, aby zamanifestować wsparcie dla rozwoju spersonalizowanej medycyny, która pozwoli skuteczniej leczyć i zapobiegać chorobom[8][9].
↑W oryginale: „all our social policies are based on the fact that their intelligence is the same as ours – whereas all the testing says not really”. The elementary DNA of Dr Watson. „The Sunday Times”, 2007-07-14. (strona archiwalna w web.archive.org z 17.05.2011). [dostęp 2012-02-09].brak numeru strony
Beata Tarnowska: Nagrody Nobla. Warszawa: Wydawnictwo Naukowe PWN, 2001. ISBN 83-01-13393-7. Brak numerów stron w książce
James D. Watson, Biologia molekularna genu (1965, 2 wyd. pol., PWN, Warszawa 1975)
James D. Watson, Podwójna spirala: relacja naoczna o wykryciu struktury DNA (1968, wyd. pol., Wiedza Powszechna, Warszawa 1975).
James DJ.D.WatsonJames DJ.D., DNA pasją mojego życia, JarosławJ.Cieśla (tłum.), Warszawa: Amber, 2001, ISBN 83-7245-812-X, OCLC749539322. Brak numerów stron w książce
James D. Watson oraz Andrew Berry, DNA: tajemnica życia, Warszawa 2005, ISBN 83-7414-007-0.