Khanaqin (arabisk خانقين; kurdisk Xaneqîn. خانهقین) er ein by i Irak i Diyala guvernement, nær grensa til Iran ved elva Alwand, som er ei sideelv til Diyala. Det er det administrative senteret i Khanaqin-distriktet, som består av fleire byar (som As-Sadiyah og Jalula) i tillegg til hundrevis av landsbyar. Byen er delt i to av Alwand, som er viktig for oppdyrkinga av området.
