Il 20 novembre 1903 l'Heraldo de Aragón pubblicò un articolo sulla nascita del Zaragoza Football Club, la prima squadra di calcio del capoluogo aragonese. Per la creazione della squadra fu importante soprattutto il contributo del conte di Sobradiel, un personaggio di spicco della città. Il conte svolgeva sia la funzione di presidente che di giocatore, fu proprio lui a segnare il primo gol del Zaragoza nella prima partita giocata dalla squadra, la cui divisa era composta da maglia giallorossa e da pantaloni bianchi, il 26 dicembre dello stesso anno nello stadio del Campo Sepulcro.[3]
Nei primi anni del XX secolo nacque anche un altro club: l'Iberia Sociedad Cultural. L'Iberia giocava nello stadio del Torrero e i suoi giocatori erano famosi per il gioco virile che attirava la maggior parte degli appassionati di calcio di Saragozza. Erano soprannominati Avispas (le vespe) per la loro divisa composta da maglietta gialla e nera e pantaloni neri.
Il 13 settembre 1922 nacque la Federación Aragonesa de Fútbol, e José María Gayarre diventò il suo primo presidente.
Ci furono dei tentativi di fusione tra l'Iberia SC e il Zaragoza FC,divise da un'accesa rivalità, che inizialmente fallirono.
Soltanto il 18 marzo 1932, a causa delle difficoltà economiche del Zaragoza FC, dei rappresentanti di ognuna delle squadre firmarono un documento che sanciva la fusione dei due club in un'unica squadra che mantenne il nome di Zaragoza FC e scelsero per le divise i colori della Federazione Aragonese: il bianco e il blu. La prima partita fu disputata allo stadio del Torrero il 20 marzo 1932 e il Zaragoza sconfisse per 4-0 il Real Valladolid grazie ai gol di Rolloso, che segnò una doppietta, Zorrozúa e Anduíza.
Il club approdò nella Primera División nella stagione 1939-1940, alla ripresa del campionato dopo l'interruzione di tre anni a causa della guerra civile.
Negli anni sessanta il Real Zaragoza entrò in un periodo di grande prosperità economica. Di conseguenza la squadra si trasferì nel nuovo stadio della Romareda e acquistò giocatori importanti. Arrivarono i primi due successi nella Coppa del Re (1964 e 1966) e la vittoria della Coppa delle Fiere nel 1964. I campioni di quei successi vennero soprannominati los Magnificos. In questo periodo tuttavia la squadra non riuscì mai a vincere il titolo nazionale, pur classificandosi nelle prime 5 posizioni dalla stagione 1960-1961 al 1968-1969. Nella stagione 1960-1961, Juan Seminario vinse il trofeo Pichichi segnando 25 reti in 30 partite.
Il presidente José Ángel Zalba.
Negli anni settanta sotto la presidenza di José Ángel Zalba i giocatori vennero soprannominati "Los Zaraguayos" in riferimento ai molti uruguayani e paraguayani che militavano nel club come Saturnino Arrúa, considerato il leader della squadra. In questo periodo il Real Saragozza raggiunse le migliori posizioni di sempre nella Liga senza mai riuscire però a vincerla.
Nella stagione 1973-74 arrivò terzo e nel 1974-1975 arrivò secondo, superato soltanto dal Real Madrid. La stagione 1976-77 si concluse con la retrocessione della squadra, che tornò in massima serie nella stagione successiva.
Nella stagione 1985-1986 tornò alla vittoria con la Coppa del Re, sconfiggendo in semifinale il Real Madrid e in finale il Barcellona per 1-0. Nel 1987 raggiunse le semifinali della Coppa delle Coppe ma fu eliminato dall'Ajax. Seguirono altri tre successi in Coppa del Re e la vittoria nella Coppa delle Coppe nel 1994-1995, quando la squadra aragonese batté in finale a Parigi i campioni in carica dell'Arsenal, grazie a un gol da centrocampo di Nayim allo scadere dei tempi supplementari. I titolari di quella squadra furono soprannominati "Los Héroes de París".[4][5][6][7][8] La stagione successiva non fu altrettanto vincente, in quanto il Real Saragozza fu sconfitto nella doppia finale di Supercoppa UEFA dall'Ajax e fu eliminato ai quarti di finale di Coppa delle Coppe dai connazionali del Deportivo La Coruña.
Da allora non ci furono risultati di rilievo nelle competizioni europee e in campionato. Nel 2001 vinse la quinta Coppa del Re, sconfiggendo il Celta Vigo in finale. Nel 2002 retrocesse in Segunda División dopo 25 anni di permanenza nella Liga. Tornato prontamente in massima serie, vi è rimasto per altri sei anni.
Nel 2006 la squadra aragonese perse la finale della Coppa del Re contro l'Espanyol, dopo aver eliminato ai quarti il Barcellona, interrompendo una serie di vittorie positive dei catalani che durava da 18 partite, e aver ottenuto in semifinale uno dei trionfi più importanti della sua storia, sconfiggendo il Real Madrid per 6 a 1[12]. In quell'occasione l'argentino Diego Milito segnò 4 reti.[13][14] Nella stagione 2006-07 il Real Saragozza festeggiò il suo 75º anniversario e si classificò sesto in campionato ottenendo la qualificazione ai preliminari di Coppa Uefa.[15]
La stagione successiva fu disastrosa, con l'eliminazione ai preliminari dai greci dell'Arīs Salonicco e la retrocessione in Segunda División. Il purgatorio della seconda serie dura, però, solamente un anno visto che il 13 giugno del 2009 la squadra aragonese riconquista la massima serie. L'anno successivo la squadra aragonese termina al quattordicesimo posto.
Nella stagione 2010-2011 il Real Zaragoza si rinforzò con gli arrivi di Matteo Contini dal Napoli, Nico Bertolo dal Palermo e Maurizio Lanzaro dalla Reggina. Tuttavia inizialmente la squadra si ritrova in ultima posizione in campionato con 7 punti in 11 giornate di campionato. Il 18 novembre 2010 il tecnico Javier Aguirre (famoso per le sue qualità motivazionali con le quali, in passato, aveva guidato la Nazionale di calcio del Messico, l'Osasuna e l'Atlético Madrid) prende il posto di José Aurelio Gay sulla panchina del Real Saragozza. Con Aguirre in panchina gli aragonesi ottengono 38 punti in 27 partite e vincono partite importantissime contro Valencia (4-0) e Real Madrid (3-2). A due giornate dalla fine del campionato, la squadra aragonese è costretta, per salvarsi, a vincere le ultime due partite, contro l'Espanyol e, fuori casa, contro il Levante: grazie ad un 1-0 e ad un 2-1 (doppietta del capitano Gabriel Fernández Arenas) raggiungono la salvezza all'ultima giornata, chiudendo il campionato in tredicesima posizione e confermando la propria permanenza nella massima serie anche per la stagione successiva. Nel 2012-2013 arriva però la retrocessione nella seconda lega spagnola.
Ad Aprile 2022, il 51% delle azioni del club, viene acquistato da un gruppo di investitori americani con a capo l'imprenditore statunitense Jorge Mas[16].
Trasformazione in un gruppo sportivo
Nel 1992 il Real Zaragoza divenne la prima società calcistica spagnola a essere trasformata in una società per azioni sportiva (Sociedad Anónima Deportiva, S.A.D.), con il 51% delle azioni acquisite dall'industriale di materassi Alfonso Soláns Serrano. Ha inoltre assunto la presidenza, che ha ereditato dal lungo mandato di José Ángel Zalba (1971-78, 1988-92). Nel 1996 ha passato la carica al figlio Alfonso Soláns Soláns. A fine maggio 2006 quest'ultimo ha venduto il suo pacchetto azionario, circa l'86%, ad Agapito Iglesias, proprietario di Codesport, un'azienda con sede a Saragozza nel settore edile, immobiliare e logistico. Il nuovo presidente del Real Saragozza è quindi diventato Eduardo Bandrés, che ha abbandonato la sua posizione di Ministro dell'Economia della Regione Autonoma dell'Aragona. Il 30 dicembre 2008 Bandrés si è dimesso e Azionista di maggioranza Iglesias ha assunto personalmente la carica di presidente.[17]
Lo stadio de La Romareda venne inaugurato l'8 settembre del 1957 con una partita tra il Real Saragozza e l'Osasuna, finita con il risultato di 4-3 per i padroni di casa con gol di Vila (2), Wilson e Murillo. La capacità iniziale dello stadio era di 32.416 posti, di cui 16.000 a sedere. Prima di allora il Real Saragozza giocava nello stadio del Torrero. Nel tempo si susseguirono varie ristrutturazioni: nel 1977 la costruzione delle gradinate coperte Nord e Sud (43.524 posti totali), nel 1982 le modifiche per il Mondiale (riduzione a 39.900 posti) e nel 1994 gli adeguamenti alle normative UEFA, che predispongono solo posti a sedere, per i 34.596 posti attuali.
A livello internazionale la miglior vittoria è il 5-0 ottenuto contro il Grasshoppers nel secondo turno della Coppa UEFA 1974-1975, mentre la peggior sconfitta è un altro 5-0 subito contro il Borussia M'gladbach nel terzo turno della stessa edizione della manifestazione[19].
Miglior piazzamento nella Primera división: 2º (stagione 1974-75)
Peggior piazzamento nella Primera división: 20º (stagione 2001-02 e 2012-13)
^abcdefgCampionato diviso in gironi: le squadre meglio posizionate concludono con un girone di play-off. La vincitrice di questo è campione della Segunda División.
^Dal 1951 al 1968 i vincitori dei propri gironi vengono considerati campioni di categoria e non partecipano ai playoff con le altre squadre di Segunda División. Il primo nominato è il vincitore del girone A, il secondo del girone B.
^Non ottiene la promozione in quanto squadra B del Real Madrid.
^Vincitori dei gironi delle qualificate alla fase valida per la promozione.
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