Nem sokkal pápaságának kezdete után, 1692. június 22-én kiadta Romanum decet Pontificem kezdetű bulláját, mellyel a nepotizmust kívánta visszaszorítani: kimondta, hogy ezentúl minden pápa csak egy nepos bíborost nevezhet ki, akinek maximum jövedelmét 12 000 dukátban határozta meg. Intézkedései ellenére még három nepotista család alakult ki: XI. Kelemennel az Albaniké; XII. Kelemennel a Corsiniké és VI. Piusszal a Braschiké.
Incének sikerült rábírnia XIV. Lajost, hogy elhatárolódjék a gallikán egyháztól és törekvéseitől. 1699-ben a király fordult a pápához segítségért, az egyházfő eleget is tett kérésének, mely François Fénelonkvietista elveket valló könyvének indexre tétele volt.
A pápát foglalkoztatta a spanyol trónöröklés kérdése is. II. Károlynak, az utolsó Habsburgnak a spanyol trónon, nem született fia, országára pedig két rokona is bejelentette igényét: XIV. Lajos francia király és I. Lipót német-római császár. Károly az egyházfőhöz fordult tanácsért, aki azt javasolta neki, hogy a Wittelsbach-házból való József Ferdinánd bajor herceget jelölje utódjául, aki azonban váratlanul meghalt. Ince ezután a francia követeléseket támogatta, ezzel belekeveredve a Bourbonok és a Habsburgok között fellángoló összeütközésbe.